武器方麵，雖然還是保留了550毫米魚雷發射管4具（艦艏2、艦尾2）；但是重點在首尾各設置一座雙聯裝50倍MK14203毫米（8英寸）火炮；2座扼利恐20毫米機炮防空。但是配備新的火控和隨動係統。讓MK14的的精度和射程有了不錯的提升，203毫米炮榴彈最大29公裏，具備一定的支援兩棲登陸、炮擊城市的可能。3－4發每分鍾的射速還是不錯的作為襲擊艦的主要手段。新的控製技術和裝備讓下潛時間由伊－400的56秒提高到30秒，吃水為23英尺。設計潛深150米。裝備的新式搜索及火控雷達讓炮擊潛艇的破交效率提升了幾乎N倍，四艘艦艇協同搜索的海域超過原先德國二戰海浪戰術的兩倍，超過輕型巡洋艦的打擊火力足夠應付任何形式的武裝貨船及驅逐艦以下防衛力量。
雖說火炮射程最大29公裏，打擊大陸沿海城市是可能的，不過在大陸的安防體係下風險也太大，為了更好的炮擊城市，製造反攻大陸的恐慌。在蔣公子的提議下，另外一型被稱為“海蛇”級的火力打擊潛艇則采用了戰術火箭作為主要打擊手段。這種戰術火箭是美國道格拉斯公司人提供的最新的改進型“誠實約翰”對地戰術火箭彈，該火箭彈的編號為XM50。1958年6月，XM50開始進行飛行測試，並一直持續到1959年7月。在1960年，原來M31A2誠實約翰的生產線開始轉而生產XM50，1961年，第一支裝備XM50的部隊開始運轉。作為花了大價錢的美對台援助，蔣公子對外可沒少吹噓他和美國軍界的關係如何如何，也沒有少提當年當巴頓恩師的那一段奇遇。甚至到了80年代，他還打算資助拍一部自己的名為《從蒙斯特到諾克斯堡——我與巴頓的師亦師亦友的日子》的傳記電影片，都談好了由當紅的演員馬印九主演，後來因為其兄幹涉最後作罷。
美國這次提供的1962年才裝備的MGR－1C（原序列號為M50A1）的誠實約翰改進型可謂是煞費苦心。相較於之前MGR－1A（原序列號為M31及其全部改進型），其明顯改進了的固體火箭發動機，該發動機更輕、推力更大，並且有著全新的控製麵，以提高飛行穩定性。這些改進讓該火箭彈的射程幾乎增加了一倍，達到60公裏，並極大的提高了火箭彈的精度。美國雖然提供的最新的戰術火箭僅限於常規戰鬥部，但在必要的時候（大陸攻台時）提供戰術核武器戰鬥部，有效的幫助國軍抗擊登陸，或者在反攻大陸時殲滅守灘部隊。
每艘“海蛇”級終端，橫置兩排每排兩枚耐壓倉中共裝載4枚MGR－1C誠實約翰改進型戰術火箭。這些固體導彈平時裝載於艇上的耐壓機庫中，一支訓練有素的隊伍可以在七分鍾內調整好發射準備，並在2分鍾之內發射完畢。這個設計讓蔣公子相當滿意。這準備時間和打擊速度遠超使用飛航式導彈水麵發射的美蘇巡航導彈潛艇的準備時間。雖然滿載排水量8000多噸的大型潛艇看起來還是有些笨拙。但裏子和實際戰鬥力還是相當不錯的。
兩型超級武器，“海豹”級主要襲擊大陸商船隊，“海蛇”級可以在大連、青島、天津、上海、廈門、廣州等一係列具有政治影響力的海邊城市進行戰術火箭襲擊。製造要反攻大陸的氣氛，以鼓舞國內的那些為黨國大業潛伏的特務和其他勢力。
好的想法結合現成的技術，在島上強人的推動下，東灘－吳港軍事工業體對這個大單自然是快上加快。在美國資本家的幫助下，那些來自於退役封存巡洋艦的MK14艦炮馬上運到日本，MGR－1C誠實約翰改進型也由道格拉斯公司盡快、且優先改出了適合狹小密閉空間的改進型。終於，在1964年3月，4艘“海豹”和兩艘“海蛇”從吳岡海軍基地開到基隆。相應的訓練成軍被蔣公子壓縮到10個月。也就是務必在1964年完成他的計劃。
國軍海軍雖無能，但給到蔣二公子少許底氣的是訓練人員到是相對給力。因為台灣從1956年6月1日就秘密成立了“武昌艇隊”，暗中求助於意大利，同年在台灣淡水裝配了2艘SX—404級衛星潛艇，潛艇人才培養方麵可為不短。1961年國軍實施了“水性計劃”，挑選官兵成立“海神班”，分兩批赴美國受訓的骨幹成為了“海豹”“海蛇”兩級潛艇的中堅。
閉門沉思數月的蔣二公子甚至提出了依據鄧尼茨的狼群理論以及費希爾潛水炮艦強襲計劃中推出的利用現代化技術的
“艦炮海狼戰術”與“遊擊打擊基地”理論，讓這一支新時代的“水下巡洋艦部隊”去完成的。
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