從1949年開始到解嚴（從1949年開始，根據國民黨《動員戡亂時期臨時條款》，為了抵抗共產主義，時任台灣省主席的陳誠宣布在台灣地區實行戒嚴，至1987年蔣經國宣布同年7月15日起解嚴為止，共持續3年零56天之久。在台灣曆史上，此戒嚴令實行的時期又被稱為“戒嚴時代”或“戒嚴時期”。）為止，台灣的政治結構是特殊時代的特殊安排。一方麵，蔣氏政權必須要依靠大陸上選出來的“國民大會”和“立法院”，以不斷延長“萬年國會”（指國民黨在1947年所選出的第一屆“國民大會代表”、“立法委員”、“監察委員”等“中央民意代表”。此屆“中央民意代表”直到1992年才全麵改選，因此遭到民主派及反對派人士譏評，稱之為“萬年國會”。）的方式，維持其政權的合法性；另一方麵，又要以戡亂時期的非常條例，以威權體製，維持政權的穩定。一方麵，它要排除台灣本身的不安定因素；另一方麵，又要防止大陸滲透台灣，在台灣內部造成顛覆。在威權體製之下，軍警和特務的權力是極大的，不必經過法律程序，隻需經過軍法和戒嚴時期的法律條例，他們就可以拘捕所謂的“可疑人物”。
1946年10月，蔣介石偕同宋美齡首次飛抵台灣。
在這一段“白色恐怖”的時期，威權的陰影籠罩著所有地方。威權時期，雖然大陸來台人士和台灣本地人士都有人受害，但前者可能比後者麵臨更多的傷害。所謂政治犯，很大一部分是蔣氏軍警認為靠不住的分子，他們被稱為“異議分子”，其中以外省知識分子為多。甚至，有些人僅是因為有共產黨嫌疑，或親友有共產黨嫌疑，就被逮捕。台灣同胞之中有本土意識的，則被稱為“分裂分子”，往往也會受到迫害，因為台灣本身的“獨立運動”或“本土化運動”，都會威脅到蔣中正帶來的國民黨政府體製的合法性。
二十五年之久，威權政治雖然有逐漸減弱的趨向，但其陰影卻從未消失。遭受厄運的人，往往不經法律程序，就被情治單位拘捕，有些人從此被長期監禁，有些人喪失性命。那一段時期，以我所見所聞，著名的冤獄有雷震（雷震（1897-1979）國民黨內的開明人士。1949年去台灣後，與胡適等人創辦《自由中國》雜誌，尖銳批評國民黨政治、軍事、經濟方麵的腐敗現象。1960年，台灣當局以“包庇匪諜”“知匪不報”等罪名逮捕了雷震，隨即由軍事機關判處徒刑10年。“雷震案”在台灣內外引起強烈反響。）、孫立人（孫立人（1898-1990）曾任台灣“陸軍總司令”兼“保安司令”。其間，孫大事改革，影響到蔣介石及其子蔣經國對軍隊的控製。1955年8月,因其原部屬郭廷亮擬發動“兵諫”，國民黨當局將他軟禁，直到1988年5月才解除軟禁。）、柏楊（柏楊（1920-2008）原名郭定生，1960年開始以筆名“柏楊”撰寫雜文，批判中國傳統文化、民族性格的病態以及台灣社會的黑暗麵。1968年被捕入獄，長期囚禁於火燒島。1977年獲自由。代表作有《中國人史綱》、《柏楊版資治通鑒》、《醜陋的中國人》等。）、餘登發（餘登發（1904-1989）台灣地區的政治人物，被稱為“台灣野生的政治家”，也是台灣地區第一位非國民黨籍縣市長。1979年，餘登發與其子餘瑞言因“涉嫌參與匪諜吳泰安叛亂”罪名遭逮捕。語言。但推行“國語運動”，又和日本殖民時代推行日語（當時也稱為“國語”）有些類似，勾起台灣同胞當初被迫使用日語的痛苦回憶。）等人，都是因莫須有的罪名，失去自由。大多數蒙冤受害者，可能因為言辭不慎，或者被人誣告，或者因為親友犯了事無故被牽連。甚至，隻因為參加一些社團，如學校中的合唱團、讀書會，就被當作可疑分子。綠島（火燒島）拘留的人犯，大多是如此無辜蒙難的。二十五年來，白色恐怖的受害者，為數也以千計。