2000年，西班牙鐵路公司開始修建高速火車，火車從馬德裏出發，經巴塞羅那直抵法國南部，計劃將兩地的旅行時間由原先的4小時縮減到2小時38分。火車進入巴塞羅那後將轉入地下隧道穿過市區，在修建計劃中，火車隧道將在聖家堂正門馬略卡大街地下約25.7米處經過。
這個修建計劃引發了聖家堂修築委員會的強烈反對。盡管施工方承諾將在隧道與聖家堂地基之間修築一道保護牆，並保證教堂不會有任何危險，委員會還是堅決反對，因為誰都不能保證這一舉動的風險為零。
聖家堂修築委員會認為，高速鐵路隧道將嚴重危及教堂的安全，因為規模龐大的聖家堂建在不穩定的地層上，地基以下是地下水和不規則岩層，持續28個月的工程將破壞教堂的地下環境，加上防護牆距離教堂地基過近，即使工程沒有對建築造成直接損害，通車後，每隔15分鍾呼嘯而過，時速高達250公裏的高速火車也將對教堂產生不可預計的影響，聖家堂甚至會有垮塌的危險。
聖家堂並不是唯一受到火車隧道影響的建築物，高迪的另一作品米拉公寓的地基也是高速鐵路的途經之道，區內許多同為加泰羅尼亞現代主義風格的建築物、一棟14世紀的大宅院和西班牙內戰時的避難所遺址也將受到不同程度的影響，連居住在馬略卡大街兩旁的普通市民，都擔心自己的住宅有坍塌的危險。
聖家堂修築委員會向西班牙國家鐵路公司和巴塞羅那市議會提出了抗議，世界各地的聖家堂捐獻者和高迪粉絲成立了諸如“SOS聖家堂”的組織，或發起簽名抵製活動，或組織示威遊行，有人甚至模擬了聖家堂因為火車經過而坍塌的視頻。
而議會則認為視頻製作者“是受操縱和明顯不負責任的”，目的在於“在社會上散布恐慌和不信任感”，並再次聲明，“高速鐵路的對接對巴塞羅那和整個加泰羅尼亞極其重要，任何關於聖家堂和其他建築在危險之中的說法都是謠言”。他們認為馬德裏開來的高速火車穿過巴塞羅那後，將往北通向法國南部的工業重鎮裏昂並接入歐洲高速鐵路網，此舉將使巴塞羅那成為連接西歐與南歐的交通樞紐，對整個加泰羅尼亞的經濟有極其重要的拉動作用。
隨著爭論深入，聖家堂問題也由建築遺產保護問題上升為城市規劃公眾議題，就在這時一個鮮為人知的秘密被解開了，修建時間超過100年，已經成為巴塞羅那標誌性建築的聖家堂，居然一直沒有建築許可證。據稱，盡管從1883年起，高迪三度向市議會提交建築計劃圖紙，卻一直沒有得到回複。1990年，聖家堂建築委員會再次向當時的巴塞羅那市長馬拉加爾提交了更新後的建築計劃，管理部門仍舊保持沉默。關於聖家堂的負麵消息還不止這些，聖家堂的鄰居們提出，多年來，他們深受遊客和工地施工的困擾，顯然他們不支持聖家堂的再建設。
爭論在持續，與此同時，火車隧道的建設也在緩慢推進，2009年初，巴塞羅那市議會宣布，經過聖家堂地下的高速鐵路隧道是一項嚴格受到控製的公共項目，為確保2012年高速火車可以直達法國，隧道修築計劃不會改變。但新的修築計劃將隧道和聖家堂地基的距離由75厘米增加到了3米，並提出將擬建的保護牆擴展為長240米、深40米的保護屏。然而，即便是這樣也不能保證聖家堂絕對的安全，於是聖家堂又一次向聯合國教科文組織及國際古跡遺址理事會提交了求救報告，在各方的斡旋下，隧道修築計劃再次被擱置。
如今，事情還沒有最終的結果，但主持者修建者博內特始終堅信聖家堂的抗爭會得到一個好結果。盡管他可能無法親眼目睹，但他相信聖家堂終將竣工，據估計，如果教堂遊行最終完成，將可以同時容納13000名信徒進行祈禱。但願事實真的如他所願。