格林斯基是伊凡的舅舅，他們在各地的苛捐雜稅、獨斷專行，全莫斯科人民怨聲載道。伊凡加冕後的第五個月，一場可怕的大火降臨了莫斯科。時值盛夏，久旱未雨，火勢勇猛，都市大部分被焚，1700被燒逝世，大批居民流離失所。這時流言四起，人們都說是格林斯基家族的人放的火。於是暴怒的大眾將憎惡都集中到格林斯基身上，他們衝進克裏姆林宮，找到格林斯基家族中的一人，就用石塊將其砸死。接著他們又將格林斯基家的住宅洗劫一空，並殺死了一切能找到的格林斯基的家族成員。麵對憤怒的大眾，沙皇伊凡四世立誓將懲辦格林斯基家族，這才平息了這場混亂。
這次的暴動嚇壞了伊凡四世，他得出一個教訓：必須親自行使權力來治理國家！然而一切都還是處於醞釀之中。
1560年，伊凡四世的皇後阿娜斯塔西·格林斯卡婭暴病身亡。實際上皇後死於投毒。400多年後的21世紀初，俄羅斯的科學家們打開了格林斯卡婭皇後的棺槨，采樣阿娜斯塔西的頭發進行了化學化驗，發現體內有大量的鉛、汞和砷，這就證明了伊凡四世的皇後確實是被投毒謀殺的。喪妻之後的伊凡四世對周圍近臣和貴族們逐漸變得憎恨起來。本來就時時盤算如何鞏固君權、削弱貴族勢力的伊凡四世變得煩躁暴戾，開始對大臣們斧鉞相向。
1562年，伊凡四世宣布“消藩”，直接剝奪了所有貴族的領地，宣布所有俄羅斯的土地為沙皇一人所有。此時的沙皇俄國是典型的封建製的君主集權國家，所有受分封的督軍、貴族各自代表沙皇統治自己的領地，這樣一來，失去領地的貴族們變成了依靠國家俸祿生活的“公務人員”，不但權力遭到剝奪，在經濟上也陷入受製於沙皇的境地。於是，這一舉動理所當然地招致了眾多貴族們的齊聲反對，在遭到鎮壓後很多貴族暗中聯絡波蘭立陶宛王國，甚至個別激進的貴族們策劃推翻伊凡四世，另立沙皇。這使得伊凡四世開始對貴族們采取嚴厲的鎮壓措施。
伊凡四世首先清洗了自己的近臣，提拔了一些本非貴族出身的大臣。正因為他們的非貴族出身，才獲得了沙皇的信任。而這批近臣也不遺餘力地依靠鏟除王公貴族和朝中大臣，來博得伊凡四世的信任與歡心。在這批近臣中，最出名的就是名為格裏高利·斯庫拉托夫的禦前侍臣，因其身材矮小，人送外號“矮子斯庫拉托夫”。
1564年12月3日，伊凡四世離開莫斯科，前往莫斯科附近的小城亞曆山德羅夫。在這裏，伊凡四世向莫斯科的宮裏發去手諭，指責莫斯科的主教和貴族們勾結波蘭立陶宛王國，指責他們叛國，聲稱自己因此深覺受辱，宣布退位，不再當沙皇。但同時伊凡四世又沒有指明誰來繼承皇位。手諭傳到莫斯科，朝中大臣們和主教均無言以對：眾人皆知，伊凡四世的所謂叛國指控純屬憑空捏造，宣布退位卻不指明繼承人，是明擺著在做出姿態。但這些大臣又不願做諂媚獻諛之徒，不願公開對伊凡四世歌功頌德，大表忠心，最後隻好沉默，不做應對。
莫斯科群臣的沉默激怒了伊凡四世，他把這種沉默看成是對其不忠的表現。之後，伊凡四世宣布建立消藩區，並在消藩區屬地挑選精壯青年，嚴加訓練，建立了沙皇禁軍。所謂消藩區，就是沙皇直轄區，在行政上直接受沙皇管轄。消藩區覆蓋了莫斯科周圍的幾個城市，還有莫斯科城內的幾條街道。在消藩區內，執行沙皇意誌的隻有禁軍，禁軍集司法、審判和執法於一身，而且隻向沙皇一人負責。這就使得伊凡四世可以隨時按照個人意願，逮捕任何一個人，不經任何司法程序隨意定罪，加以處置。
伊凡四世在基本清除了他認為的貳臣之後，又回到了莫斯科。這時候伊凡四世的獨裁權力達到了頂峰，全俄羅斯上下噤若寒蟬，無人敢於發表任何與沙皇相左的言論。
在貴族們集體失聲之際，隻有代表神權的教會，敢於公開反對沙皇。1568年，德高望重的都主教菲利普拒絕支持伊凡四世的消藩製度，並多次聲言沙皇的舉動是逆天而行，不符合基督教義。殘忍的伊凡四世並未因為都主教德高望重、以上帝名義代言就有所忌憚，暴怒之中下令將菲利普都主教投入監獄，次年被“矮子斯庫拉托夫”扼死在獄中。