波山艇原為兩廣西江流域上的一種民用運輸船。船身堅實，艙麵平敞，兩旁多槳，駛行輕便。太平軍曾在波山艇上架設火炮，改成小型快戰船。
鳥船源於浙江。這種船“頭小身肥，船身長直，除設桅、篷（帆）外，兩側有櫓兩隻，有風揚帆，無風搖櫓，行駛靈活。而且櫓長、櫓快，船行水上，有如飛鳥。”（《浙江海運全案》）鳥船“堅利過拖罟，容大炮二十餘具，回旋中流，彈四射如散赤鳥。”（《中興別記》卷二四）
八槳快船一般船身長二、三丈，上有布篷，船旁畫龍，每船能容20～30人，船上無頂席，僅以巡江，不能遠航。
鹽船長十餘丈，立四桅，舳艫高聳，狀如仰月，是江船中最大的一種。
龜船這是太平軍水營船廠自行設計製造的。據周長勝的《六合記事》一卷記載：這種船“上施樓櫓，建瞭台，載糧糗，四圍障以牛皮，巨槳數十”。
簰這是一種太平軍水營曾廣泛使用的大型的作戰木筏。木筏上麵搭設板屋，並建有望樓，周圍開炮眼，安設炮位。為防敵軍火攻，簰上堆有泥垛。大簰周圍還環繞一些戰船或小簰，構成水上防禦體係。水營在天京、湖口、田家鎮等地江麵設過這種江上木城。
塔式簰蒸汽炮艇據史料記載，太平軍水營曾有過2艘。1艘是原“常勝軍”首領白齊文投奔太平軍時帶來的，曾在蘇州水麵活動，叫“高橋”號。還有1艘是英國友人呤喇等人從英國侵略者手中奪取的。原名“飛而複來”號，加入太平軍後改稱“太平”號。該艇裝有32磅炮1門、12磅炮1門。2艘炮艇均由太平軍中的外籍海軍官兵或商船水手負責維護和操縱，在蘇南水戰中顯示了很強的威力。後來，都在作戰中被敵人炮火擊毀。
太平軍水營在天京下關、安慶、九江、吉安、瑞州、巢縣、蘇州、福山等地設立過船廠，製造出八槳快船等戰船，並把一批民用船改造成戰船。從總體上看，太平軍水營自製的戰船缺乏規範，質量不高，性能遠不如湘軍水師戰船。
太平軍水營戰船上的火炮大部分為戰利品，種類繁多，大小不一，均屬於舊式前裝炮。太平軍水營在天京下關設過鐵匠衙，由1名跟隨唐正財參加太平軍的江西工匠負責，製造出九龍索子炮。這種炮每次可射出百餘粒彈丸，每粒彈丸如龍眼核大，四麵橫飛，具有較大殺傷力。缺陷是射程不遠，彈丸由於缺鉛而用錫代替，降低了威力。
現已發現的太平軍水營留下的火炮共有4門，從炮上的銘文看出，1門是水營十二副將軍製造的200斤銅炮，藏湖南博物館；2門是侍殿溧陽佐將馬某、程某和水師總提胡先奎製造的鐵炮，分藏於上海和南京太平天國博物館；1門是侍殿溧陽佐將程某和水師主將胡先奎合製的鐵炮，存浙江省博物館。太平軍曾設法購買外國的先進船炮，但未成功，少量的“洋炮”是在戰鬥中奪自清軍和外國侵略者的。
筏式簰
戰船落後和火力不足是太平軍水營後來敗於湘、淮軍水師的一個重要原因。為了改變水營的落後狀況，幹王洪仁王幹在《資政新篇》中提出要“興舟楫之利，以堅固輕便捷巧為妙……火船汽船，一日夜能行二千餘裏者，大商則搭客運貨，國家則戰守緝捕，皆不數日而成功，甚有裨與國焉”。但這幅理想的藍圖在當時的曆史條件下未能實現。
水營軍製
太平軍水營的軍製與陸營大致相同，也以軍為戰役單位。軍以下設師（有時稱營）、旅、卒、兩、伍。每軍設軍帥1人、師帥5人、旅帥25人、卒長125人、兩司馬500人、伍長2500人，每個伍長領兵4人。軍帥以上，還設有總製、監軍、將軍等官職。但這些官職通常是根據作戰需要而委派的，其所指揮的部隊臨時組成，並隨作戰任務的改變而改變，不像軍以下建製比較穩定。為與陸營區別，水營軍官職銜前都加有“水營”二官。水營的師帥比例比陸營高。據張德堅：《賊情彙纂》中稱：“多至六百人”。