辛酉政變後，清王朝為了樹立“正人立朝”的形象，不遺餘力地提拔所謂“理學名臣”。理學家倭仁在1862年一年內3次升職，從擢工部尚書、授協辦大學士，再升至文淵閣大學士，並當上了年幼的同治帝的師傅，掌管翰林院，一躍而成為清王朝的內閣揆首和最高理論權威。倭仁當上帝師後，還輯錄古代帝王事跡及古今名臣奏議，編成《啟心金鑒》，用這部滲透著程朱理學“君明臣良”思想的讀本，來教導同治皇帝。其他理學家，李棠階入軍機，李鴻藻為帝師兼尚書，吳廷棟官刑部。理學官員在朝中已經榮登顯要，具有舉足輕重的地位。
理學家們試圖通過澄清吏治、興辦洋務、開辦團練、興辦學堂、控製基層等方式，對社會施加全方麵的影響。同治，社會出現了短暫的穩定，其中也不乏理學家們不懈努力的結果，不過，這一時期社會秩序相對穩定的主要原因有三：第一，中外反動勢力聯合鎮壓了太平天國運動後，國內不安定因素暫時被抑製下去，反清運動出現了短暫的低朝；第二，西方列強貪婪的胃口暫時得到了滿足，他們還沒有得寸進尺的要求；第三，慈禧與奕的後王政治格局還處在較為密切的合作期。可以說，所謂的“同治中興”隻是被一些士大夫津津樂道，被清統治者大加頌揚的一相情願的事情。這一時期隱含的複雜矛盾並沒有解決。
首先，洋務運動難堪大任。
洋務運動是鴉片戰爭失敗後，一批掌有實權、頭腦清醒的清朝官員認識到了西方列強“堅船利炮”的威力，“師夷之長計以製夷”，倡導並主持了以引進西方科技、機器生產的富強、自救運動。它對傳統中國開啟發展近代工業之門有一定的影響。但是，洋務運動沒有、也不可能把學習西方的運動推向經濟製度和政治製度方麵的變革。
應該說，由奕主持的洋務運動在開啟民智、打開中國近代化的大門方麵做出了積極的嚐試，但其中包涵了太多不穩定因素，甚至是消極與反動的因素。總理衙門在協調與西方列強方麵發揮了重要的作用，也使中國喪失了大量的主權；走向國門、培養洋務人才，至少開拓了眼界，積蓄了力量；興辦洋務，創辦了中國近代第一批機器大工業，成績有目共睹，但距近代化的路子確也相距甚遠。尤其是當洋務運動變成清廷爭權奪利的工具時，洋務運動的命運注定被抹上濃重的悲劇色彩。
同治時期的宮廷鬥爭主要表現在慈禧太後和恭親王奕之間的鬥爭，具體表現在前者對後者的排擠和打擊。洋務運動是在清政府的倡導下展開的，最初的支持者是恭親王奕，並得到了慈禧太後的默許。他們之間的矛盾對洋務運動的推進產生了極大的消極影響。
隨著慈禧的高度集權的建立，抵製洋務派的隊伍越來越大，洋務運動很難向縱深發展。同治年間出現的所謂“中興”隻能是曇花一現。
其次，西方列強的步步滲透。
同治時期，列強在侵略中國的政策上達成“合作意向”，互相支持以適應中國環境，以便盡快、平穩地獲取在華利益的最大化。他們還與清政府采取主動合作的態度。清政府為應對與西方列強的關係，成立了總理各國事務衙門，而英、法、俄、美等國相繼在北京設立公使館，逐步向清政府施加壓力。1865年，清政府在北京成立總稅務司署，名義上隸屬總理衙門，而海關的行政、用人等大權完全掌握在英籍總稅務司赫德手裏，列強宣稱應當保持中國海關機關的“國際性”，以阻止中國人任何形式的“排外情緒”。同治十二年（1873年），中國海關行政部門共有93名外國人，其中英國人58名，美國人8人，法國人12人，德國人11人，其他各國人4人。他們利用洋務派急於發展“近代工業”的心理，步步滲透，在鞏固和擴大經濟利益的同時，攫取政治利益。為下一步展開全麵的對華侵略準備條件、積蓄力量。因此，可以說，同治時期是外國侵略者在華政治、經濟勢力激劇擴張的時期，雖然不像軍事侵略那樣驟風暴雨，但對中國人民造成的傷害逐步加深，清政府一步步淪為外國列強侵華的工具，同治朝的外交是建立在屈辱和不平等的基礎上，這一點是不能回避的。
第三，後王政治格局的瓦解。
所謂“後王政治格局”是指“祺祥政變”後，清中央形成的以兩宮皇太後垂簾聽政和以恭親王奕輔政的聯合執政模式。在此格局中，兩宮皇太後（主要是慈禧握有實權，具有野心）代表皇帝掌握皇權，恭親王奕則以議政王的頭銜在軍機處和總理衙門這兩個最重要的行政機構處於領袖地位，掌有實權。在皇後和親王派係之中又有像文祥等這樣的官員從中維係與通融。
“後王政治格局”是在鹹豐帝死後，新主年幼，各派政治勢力皇權鬥爭的結果，然而，這種聯合執政在專製主義盛行的晚清注定是不可能長久的。隨著慈禧統治地位的日益穩固，善於玩弄權術的她想獨攬大臣，排斥和打擊奕的勢力。1865年（同治四年），慈禧利用編修蔡壽祺的一份並無確鑿證據的彈劾奏折，以“目無君上”和“暗使離間”等罪名，下詔革去奕的一切職務，不許其幹預公事。眾多大臣莫名其妙，紛紛上書呼籲收回成命，慈禧見時機不成熟，不得不恢複奕在軍機處和總理衙門的職務，卻借機取消了他的議政王稱號。經此打擊，奕變得小心翼翼，不敢放手做事。慈禧的膽子則越來越大，利用複古勢力打擊以奕為首的洋務派勢力。