L-39機身設有許多檢修門，這種檢修門均為快卸口蓋，能夠迅速拆裝，並設在便於接近的地方，采用簡單的維修設備就能在野戰機長對飛機進行檢修。飛機的各個部件都有很好的互換性。機體的大修時間為2000小時，發動機的大修時間是1000小時。飛機的服役壽命是6000小時。
L-39有下列改進型別：L-39C是基本教練型，有兩個外掛點；L-39V單座拖曳靶機型，用於高射炮兵的訓練；L-39ZO，機翼加強，用作武器訓練；L-39ZA是對地攻擊/偵察型，機身下有機炮吊艙，加強的機翼下有4個武器掛架；L-39ZA/MP裝備了西方電子設備和平視顯示器，是一種多用途型號。
ZA型為串列雙座，可進行所有機動飛行、攻擊和投彈訓練，並可完成一定的攻擊任務。該型機翼下有4個武器掛點，裝備有GSH-23機炮和帶有平視顯示器的現代航空電子設備。
L-39最新的改型為L-59和L-139.L-59即L-39MS，是改進的高級教練型，換裝了新的發動機和電子設備。L-59E是出口埃及的外銷型號，采用斯洛伐克的DV-2渦扇發動機，但是該發動機故障較多。L-139安裝了美國的航空電子設備。
2002年1月捷克空軍成功進行了從L-159高級教練/攻擊機上發射美國雷聲公司AGM-65B“小牛”導彈的試驗。L-159是L-39、L-139係列的最新改型，增加了“小牛”導彈的使用能力後對外銷能力大有幫助，且也有助於捷克作戰飛機進一步融入北約武器係統。
實際上L-159電子係統集成製造商就是美國波音公司。波音提供的成套電子設備包括一個平視顯示器HUD、多功能顯示器、前上方駕駛儀表板、裝有雷達高度表的內嵌式GPS/慣性導航係統、Dynamic Controls公司的外掛物管理係統SMS、大氣數據計算機、數據傳輸係統、超高頻/甚高頻無線電收發機和霍尼韋爾敵我識別係統。因此L-159已經具有了世界先進輕型攻擊機的部分特點。
2003年5月，捷克空軍公開宣稱L-159的檢修率太高，嚴重影響了該機的出勤率。捷克空軍目前有60架L-159，但是能夠正常執行任務的卻隻有17架，捷克空軍要求每10飛行小時的檢修次數不能大於1次，但是L-159卻達到3.68次。由於L-159檢修率太高的問題，捷克的飛行員訓練也受到了嚴重影響。
2003年8月，俄羅斯“伊爾庫特”公司表示已製訂了俄軍L-39型教練機的改進計劃。改進後的L-39將成為具有作戰能力的攻擊教練機，能完成空地、空空作戰訓練。改進計劃主要包括更新機載設備和加固機身結構。在完善機身結構後，可在改進型飛機的機翼下掛載重達900千克的炸彈和導彈。機載設備的改進包括更新駕駛艙的信息控製係統，配備先進的導航係統。在新型BREK-39型機載無線電電子係統中包括NK-39型導航係統、SVR-39型電視錄像係統、SOI-39型信息顯示係統和無線電通信設備。
2004年4月，L-159B的監視係統中正式采用BiTMICRO網絡公司的E-Disk技術標準。該監視係統可進行遠程數據獲取、燃料數據控製以及空中加油和視頻/音頻記錄管理。因為所有信息都儲存於係統內，飛機監視係統成為飛行和維護人員用來管理飛機安全信息的可靠工具。由於采用E-Disk技術，該係統更加靈活，可以輕易地在地麵進行直接任務總結數據和綜合飛行數據評估。除了具有高性能、機型小巧、高密度、可靠和精細的特點外，E-Disk固態移動存儲設備還提供額外的安全和數據保護功能。
2007年3月，為捷克空軍提供的4架L-159T1教練機的首架在布拉格附近的機場上進行了首飛，飛機的飛行高度達到了1.01萬米。這種雙發教練機采用了新的主機身，但機翼和機尾采用了庫存的L-159A先進輕型作戰飛機。
捷克空軍在1999年到2004年間共接收了72架的L-159A，但目前使用中的僅有24架。這些教練機將提高捷克空軍的訓練能力同時為航空沃多霍迪公司L-159A飛機出口提供幫助。
L-39機翼展9.46米，機長12.13米，機高4.77米，機翼展弦比（包括翼尖油箱）5.2，機翼麵積18.8平方米，主輪距2.44米。
空重3440千克，正常起飛重量4720千克，最大起飛重量5670千克；載油量（機身油箱）824千克，（翼尖油箱）156千克。
最大平飛速度755千米/小時，最大爬升率22米/秒，爬升到5000米/6分鍾；實用升限11500米，航程（帶副油箱）1800千米，續航時間4小時，起飛滑跑距離400米，著陸滑跑距離930米。