《南齊書》有誌十一卷，分為八目，大體上與《宋書》相同，隻是沒有《律曆誌》，卻加了一個《輿服誌》。八誌中的《百官誌》和《州郡誌》二誌比較好。特別是《百官誌》簡明扼要，條理清楚，一些重要官職的述說除設置情況以外，還伴有官職的變遷情況。《州郡誌》對當時郡縣的設置的記述也較為詳細，頗有實用價值。但是，《南齊書》同《宋書》一樣，都沒有《食貨誌》，這是一個很大的不足。
《南齊書》列傳四十卷，作法與《宋書》大致相同，但有的類傳在名目上也有改動，如改《宋書》的《良吏》為《良政》，改《隱逸》為《高逸》，改《恩幸》為《幸臣》，改《索虜》為《魏虜》等。在立傳中所用“帶敘法”和“類敘法”，是對《漢書》的發展。使用這種方法，“其人不必立傳，而其事附見於某人傳內者，即於某人傳內敘其履曆以畢之，而下文仍敘某人之事”，“既省多立傳，又不沒其人”（《二十二史劄記》卷十九，《宋齊書帶敘法》），好處很多。特別是《南齊書》使用類敘法，“每一傳輒類敘數人”，比《宋書》更為簡潔。如《褚澄傳》既敘述褚澄精於醫道，但在其傳中也敘述徐嗣醫術更為高明，《劉善明傳》所說的十一件事，皆引用其語，而敘述張欣泰的十一件事，隻引用其中一句。此外《南齊書》另立《文學傳》，記載史家文人，對文學史，史學史的研究頗有用處。不過，《文學傳》中所敘述的十位文人，皆不是什麼著名的文學家。但令人欣慰的是把我國著名的大科學家祖衝之收進去了。傳中較為詳細地記載了祖衝之上《大明曆》表以及造指南車、千裏船、水碓磨等事跡，為我們提供了重要的科技史料。蕭子顯不僅為祖作紀，還為其父立傳。按一般道理，蕭嶷是蕭道成的兒子，他的傳本應列入高帝諸子之中。但蕭子顯沒有那樣做，而是將蕭嶷單列一傳，擺在文惠太子之後，為《南齊書》第三篇列傳，而高帝諸王則另為一傳，排在列傳的第十六篇。蕭子顯為其父豫章王蕭嶷作傳，是極盡褒美頌善之能事，傳文也拖到七千餘字，可說是挖空心思，別出心裁。蕭子顯這樣利用修史為自己家庭樹碑立傳，以示尊顯，多為後人所非議。應該指出，《南齊書》中作者由於本人篤信佛教，因而不僅在本紀中大談“天意”，佞佛崇老，宣揚“天命”論調，強調輪回報應，在列傳中也大談禪理。《高逸傳·論》就盛誇佛教，自稱“史臣服膺釋氏，深信冥緣，謂斯道之莫貴也”。這話不僅是為取悅君王，更是南方士族精神空虛的自白。
《南齊書》以當代人記當代事，雖有諸多回護溢美之處，但能流傳後世，說明其自有一定價值。特別是《南齊書》言簡意賅，記載尚實，是一大優點。唐初史家李延壽撰《南史》時，對《宋書》刪節較多，而對《南齊書》則是有增無減。當然，由於多方麵的原因，《南齊書》有些地方如《蕭嶷傳》就繁冗鋪張。同時，蕭子顯還仿效範曄《後漢書》的作法，在各篇之後既有“史臣曰”即傳論，又有用韻語寫成的讚，有的誌和類傳前麵，還有序。從論、讚、序中雖然可以考見作者的思想和史學觀，但頗覺繁蕪。記載南齊的史書，現存最早的隻有《南齊書》，其它均已散失。《南齊書》保存最早的版本為宋蜀大字本，《百衲本二十四史》中的《南齊書》，也采用這個版本。中華書局1972年以此作為底本，參校其他各種版本，整理出版了點校本《南齊書》，是現今一個較好的本子。