《明儒學案》62卷，係統地論述了明代19個學派、206人的學術思想，加上附記的2人，總共記了208人，基本上把明代三百年的學術思想脈絡都理清楚了。這是一部具有獨創性的學術史著作。它的特點大致如下：
一、強調了學術史應研究學派的宗旨。黃宗羲在《明儒學案發凡》中說：“大凡學有宗旨，是其人之得力處，亦是學者之入門處。天下義理無窮，苟非定以一、二字，如何約之使其在我？故講學而無宗旨，即有嘉言，是無頭緒之亂絲；學者而不能得其人之宗旨，即讀其書，亦猶張騫初至大夏，不能得月氏要領也。”這話的意思是說，每一學者或學派，必有一二個字可以概括的宗旨，如無宗旨，他或他們的學術思想也就是一團亂絲；而學者想要了解一個人或一個學派的學術思想，首先也必須把握其學術宗旨，否則，即使讀了他們的書，也是茫然無所得的。《明儒學案》就是按照學者們的學術宗旨來分列學案，所以才能對明代思想家做出係統的排比，進行係統的論述。
二、從各家的著作中摘要地介紹他們的學術思想。黃宗羲認為，以前的學術史著作摘抄學者的語錄，看不出其取舍的意圖。一個人一生的精神沒有透露，如何能看出他的學術宗旨。他自己編撰的《明儒學案》，都是從學者的全集中纂要鉤玄地把其學術精髓摘取出來，沒有承襲前人的舊本，所以自信是能把各家的學術思想介紹清楚的。還有一點是，黃宗羲把自己的評論與各家的學術思想清晰地區分開來，讀者一看就能知道哪些是學案案主的原意，哪些是黃宗羲的評論。
三、對每個學者的生平和每個學派的學說作全麵而扼要地介紹。《明儒學案》中為每個學者寫了小傳，扼要地介紹其生平事跡、師承關係、講學活動、學習往來。對每個學派則通過對其創立者的學術思想和後起者的繼承發揮作全麵的介紹，使讀者能了解這個學派“一本萬殊”的發展狀況。
黃宗羲於寫完《明儒學案》後，又構想了《宋元學案》的體係，準備介紹宋元二朝的學者，並已起草了部分篇章，但是沒有全部完成，後來經過他的兒子黃百家和後繼學者全祖望的努力，才最後完成。
《行朝錄》6卷寫的是南明史，是黃宗羲懷著悲痛的心情寫的明朝最後段亡國的曆史。所謂“行朝”，即國家淪陷，君主流離失所，隻好在不斷行動中建立的朝廷。是書卷1為《隆武紀年》、《贛州失事》、《紹武之立》，主要記載建立在福建和廣東的南明政權。卷2為《魯紀年上下》、《舟山興廢》、《日本乞師》、《四明山寨》，主要寫魯王政權和黃宗羲親身經曆的南明曆史。卷3為《永曆紀年》，主要寫建立在西南地區的南明政權。卷4為《沙定洲之亂》、《賜姓始末》，卷5為《江右紀變》、《張玄著先生事略》，卷6為《鄭成功傳》，這三卷主要寫鄭成功和張煌言的事跡。這部書除了《永曆紀年》這部分因得之傳聞，所記與事實略有出入，以及《張玄著先生事略》、《鄭成功傳》兩篇有人疑其為他人所托的偽作之外，其餘部分，特別是卷2記魯王政權和黃宗羲親身經曆的曆史，是十分可靠的。清代史學家李慈銘評論是書“議論慷慨，音節嗚咽，多可諷誦，往複頓挫，有良史之風。”這個評論是十分中肯的。
《明史案》240卷，可能是黃宗羲立誌撰寫明史所搜集的資料和若幹草稿。《宋史叢目補佚》3卷，是黃宗義準備改修宋史所搜集到的資料目錄。可惜這兩部書都早已散失。
除了上述史學著作以外，黃宗羲在史學方麵的貢獻還有許多值得稱道的，如：他本人雖然拒絕清朝政府請他去纂修《明史》的邀請，但是他派學生萬斯同和兒子黃百家前往，以布衣身份參加明史館的修史工作，不僅提供了修史資料，並且還幫助出了不少主意，對《明史》的修纂做出了一定的貢獻。黃宗羲很重視正史中的表誌，為萬斯同所編的《補曆代史表》作序，強調了表誌的重要性。黃宗羲也很重視地理誌和曆法的考證，著有《今水經》2卷和《曆代甲子考》1卷。他更重視鄉邦文獻的收集，作有《四明山水題考》、《東浙文統》等。他還寫了不少史論，對明代政治失誤和弊政作了深刻的揭露和批評。
綜上所述，黃宗羲實不愧為明末清初一位偉大的思想家和 傑出的史學家。尤其是他開創的清代浙東學派，以後人才輩出，如萬斯同、全祖望、章學誠等，都是浙東學派中之佼佼者，可以說都是在他的影響之下，通過他們自己的努力成長起來的。