《嘉靖以來首輔傳》是王世貞的力作，於此亦可見王世貞史學方麵的才能。該書8卷，起於楊廷和，止於張居正，共記嘉靖至萬曆曾為首輔者14人，附記張四維、申時行及議禮諸臣。書前有王世貞自序，他首先敘述了明太祖罷設丞相以後直到正德年間內閣的種種情況，然後提到“嘉靖入紹，盡掃其蠹而新之，歸政內閣。新都（楊廷和）嶷然，三輔鼎承，百辟風偃。雖不久而有所扼以去，然相形成而首次遂大分。”認為這畢竟是嘉靖帝的一種革新行為，而第一任首輔楊廷和也是高尚而善處事的。王世貞一一評論了楊廷和至張居正這些首輔們的政績與失誤，並指出他這些記載都是“及耳目之確者著之”的，決不是胡亂評點。書後有署為“野史氏曰”的論，大意是重述了對這些首輔的看法。王世貞的這部書，不光記事詳備而可信，並且評論允當，無私人成見，故清人李慈銘稱讚是書為“事多目擊，曲折詳盡，較史為備而可信”的一部史學著作。
除了上述幾部作品以外，王世貞的史學思想還表現在《讀書後》等零篇散作之中。他在《讀秦本紀》一文中說：“先王之法，有道窮而不得不變者，封建也，民之為君三年喪也；有勢窮而不得不變者，井田也，古文也；於古有益之而善者，紀元也；有損之而善者，肉刑也；有略而善者，氏族也。於乎！時哉宜哉！宜哉時哉!”這說明王世貞是具有曆史進化論觀點的。他在《讀宋史》一文中，認為宋不如晉，“晉之江左，其君忘中原矣，然未嚐不詔胡羯而賊之；宋之江左，其君日夕不忘中原矣,然未嚐不表金狄而君之，伯父之。晉之亡，猶有禪受之跡焉；宋亡而銜璧輿櫬，再辱王庭，抑何甘誌絀辱也。故宋之治，其於漢唐弟也，其統，於晉亦弟也。語統者仲宋則不得獨屈晉，屈晉則不能獨伸宋。且宋安能越晉而漢唐也。”王世貞這種看法，從晉宋的比較得出，既要講正統，那就不能片麵的揚此抑彼，應當仔細比較才行。在今天看來，也許可說是大漢族主義思想，而在當時他是站在維護民族尊嚴的角度來立論的，無疑是有一定道理的。
王世貞是位文史兩棲的學者，他的著作宏富，文學作品中也有史學思想的流露，而史學作品中則有文才的發揮。對於他的著作還需要花更多的功夫去鑽研，才能有更多的了解，這裏介紹的隻是一些大致情況而已。