孝明天皇並不主張立即推翻幕府統治，在各派政治主張紛紜登台的幕末日本，孝明天皇的去世增加了日本前途的不確定感。一時之間，社會上關於孝明天皇的死因眾說紛紜。天皇原本患有惡性痔，但身體健壯，突然病亡讓人想起宮廷鬥爭常用的毒殺手法。1909年，成功暗殺掉伊藤博文的安重根就將毒殺孝明天皇的罪名安到了伊藤博文頭上，自此流言蜚語不斷。雖然在明治維新後皇國史觀統治下的日本，這是個禁忌的政治話題，但是到了1940年，在日本醫史學會關西支部大會上，京都婦產科醫生兼醫學史學者佐伯理一郎提出：被革職逃亡的岩倉具視趁天皇痘瘡發作，通過其妹妹——女官堀河紀子向天皇投毒。此後，學界說法也不斷湧現，但都不外乎開國派或倒幕派向天皇痛下毒手的政治色彩濃厚說法。總之，孝明天皇一死，德川幕府在朝廷中的精神支柱就徹底倒塌了。
三、王政複古與明治天皇
廣興公議，萬機決於公眾；公卿與武家同心，以至於庶民，使各隨其誌，人心不倦；破舊來之陋習，立基於天地之公理正氣。——明治天皇的登基誓言1867年，支持幕府的孝明天皇突然病逝。由於6個孩子中的5人都已夭折，一直被冷落的睦仁遂成為唯一的合法繼承人，他是孝明天皇的第2皇子，因此14歲成為日本第122代天皇——明治天皇。次年，明治天皇於1月3日發布《王政複古大號令》，廢除幕府，令將軍辭官納地。
將軍則在大阪宣布號令非法，於是薩摩、長洲兩藩主力開始了討伐幕府的“戊辰戰爭”。1869年，天皇軍攻占函館附近幕府的最後據點。戰爭中，討幕一方打出帶有日像和神號的“赤地大和錦禦旗”，以天皇的名義展開軍事行動，大大振奮了士氣。
明治天皇（睦仁）的生母是中山慶子（1836—1907年），號中山一位局，她是權大納言中山忠能（1809—1888年）的次女。中山慶子的母親是平戶藩主鬆浦清（靜山）的第11女愛子，祖母是鬆平定信的女兒。
明治天皇即位後，被尊為皇太後的是“英照皇太後”。英照皇太後是明治天皇的嫡母，入宮前舊名為九條夙子，她的父親是關白、左大臣九條尚忠。因為孝明天皇34歲時就去世，作為女禦的九條夙子在1868年未經皇後而直接被冊封為皇太後。
中山慶子17歲時，被召入宮中擔任典侍，賜名“安榮”。後得到孝明天皇的寵幸而有孕，於嘉永五年壬子九月二十二日（1852年11月3日），在娘家中山邸產下皇子祐宮（明治天皇）。中山慶子也撫養了嘉仁親王（後來的大正天皇，1879年生）。明治維新後，女院稱號被廢除，1900年中山慶子敘任從一位。
麵臨西洋壓力，政治變動使得合法與不合法轉瞬間鬥轉星移。對此，竹添井井曾在詩中道：“以弟討兄臣討君，六十餘州無大倫，徒將成敗論區直，孰是孰賊孰王臣。”因為幕府和倒幕的雙方都在爭奪天皇的旗號，以便決定誰是“官軍”，誰是“賊軍”。
明治天皇繼位時年僅14歲，他的教育成長環境是舊宮廷的傳統教育。“王政複古”以及“禦親征”的詔書，不過是依照討幕派的指示，以天皇名義進行。1867年10月，倒幕派的實力人物岩倉具視、西鄉隆盛等人迫使幕府將軍德川慶喜“奉還大政”。此後又借明治天皇的密詔，稱幕府“藉累士之威，恃闔族之強，肆意戕害忠良，數度棄絕王命，遂矯先帝之詔而不懼，陷萬民於溝壑而不顧。罪惡所至，神州將傾覆焉。”此後，倒幕派憑借天皇的大旗一舉擊敗幕府勢力，開始了效仿西洋的“明治維新”。並取《易經》中“聖人南麵聽天下，向明而治”的句子，改元“明治”。
到了1872年，宮廷進行了一次大的改革，撤除了天皇周圍的女官，代之以士族和儒學家、國學家及洋學家組成的“侍講團”，開始對天皇進行教育。由此，明治天皇開始對軍事和騎馬興趣大增。