在擊敗蔑兒乞人後，鐵木真和他的安答劄木合本打算共同開創事業，但兩個男人都是胸懷大誌的人，就像天上不能同時存在兩個太陽一樣，他們很快就分道揚鑣了。
說起來鐵木真和劄木合也算是親戚，不過沒有血緣關係。這就又要提到鐵木真的十世祖孛端義兒。鐵木真的這位靠吃狼食生存下來的祖先曾經劫來一位婦人做自己的老婆，可沒想到這位婦人在被劫時已經懷上了前夫的孩子。後來孩子生了下來，即是劄木合的祖先。因此在重視血緣傳承的蒙古民族中，無論劄木合領導的劄答闌部多麼出色，也難以服眾。
當時乞顏部和劄答闌部駐紮在一起。一天劄木合突然對鐵木真說：“咱們如今挨著山下，放馬的把帳房位挨著澗下，放羊的就有食物吃。”這一下把鐵木真弄糊塗了。他回到家裏把事情和母親、妻子說了。訶額侖沒有回答，孛兒帖卻說出了其中的含義。她對丈夫說：“人們都說劄木合安答喜新厭舊，如今說這話，區分放馬的、放羊的，分明是厭倦了和咱們在一起，說不定還想圖謀咱們。咱們還是早點離開吧，不要落入他的算計。”孛兒帖的話並非無的放矢，鐵木真也感覺到了劄木合對自己的態度日漸冷淡。這主要有兩方麵的原因，一是鐵木真在王罕的庇護下實力日漸強大；另一點則是鐵木真在部族內進行一係列的改革，集中了自己的權力，也消除了很多舊的部族製的傳統，這些都是劄木合不能接受的。鐵木真經過仔細考慮後，連夜率眾離開了劄答闌部，而劄木合也沒有去追鐵木真。就這樣，兩個生死朋友分道揚鑣了。
決裂後不久，鐵木真於1189年在“藍湖”的岸邊，召開了一次忽裏台大會，被推舉為汗，同時他表明了他想做全蒙古人領袖的願望。隨後鐵木真立即開始了他的“改革”。他將軍旅、後勤、民政等事務分設為十種職務，用他的弟弟和親信管理這些職務。這樣一來他的軍隊就更容易指揮作戰了。同時為了得到克烈部的支持，在就任汗位後，鐵木真馬上派人向王罕報告，取得了王罕的承認。
在劄答闌部中，半數的部眾是也速該的舊部，而鐵木真的追隨者又偏偏多是由劄木合的屬民投奔而來的，因此鐵木真的進一步強大就對劄木合構成直接的威脅。惱羞成怒的劄木合就派他的弟弟去搶掠鐵木真的馬群，不想卻被看守馬群的人給射死了。這一不幸的結果導致兄弟間的摩擦升級為不可調和的戰爭。劄木合聯合泰赤烏貴族，發兵3萬進攻鐵木真。鐵木真得到消息後，將部眾和各家貴族的兵力組成13個古列延（營或圈子）應戰。因實力相差懸殊，鐵木真率眾退避。但第13古列延的捏古思部未能走脫，遭到劄木合的血腥洗劫。然而在這場戰爭後，由於鐵木真對部屬采取仁義籠絡，而泰赤烏貴族卻多橫暴驕恣，歸附鐵木真的人反而多了起來。
1196年，金人發兵征討擾邊為患的塔塔兒部，傳檄草原諸部助討。塔塔兒部在今克魯倫河地區被金兵擊潰，餘部逃奔至斡裏劄河。鐵木真聽到這個消息後，和王罕合兵一處，協助金兵夾擊塔塔兒殘部，大獲全勝。這一舉動沉重地打擊了東鄰世仇——塔塔兒人，使其一蹶不振，並且為鐵木真在蒙古部中贏得了“為父祖複仇”的聲譽。在鐵木真地位大大提高的情況下，他乘勝消滅了親族中長支貴族主兒勤氏的勢力，為自己日後登上蒙古大汗的寶座掃清了道路。
與此同時，金人從1195年至1198年，對不服從其命令的塔塔兒、合答斤、撒勒隻兀惕、弘吉剌等部進行了三次大規模討伐戰。就在這些部落受到削弱的同時，金人也傷了元氣，不得不將防線內移，為鐵木真統一蒙古草原提供了極好的客觀條件。1200年，鐵木真與王罕的聯軍先後擊潰了泰赤烏、合答斤、撒勒隻兀惕以及朵兒邊、塔塔兒、弘吉剌等部的盟軍。1201年，鐵木真在海剌爾河支流帖尼火魯罕，大破由劄木合糾集的散敗部落所組成的盟軍。第二年的春天，鐵木真再次對塔塔兒人用兵，進行滅絕式的打擊。在出兵前，他頒布了一道重要的劄撒（命令）：“戰勝時，不許貪財，既定後均分。若軍馬退卻至原排陣處，要再次返回力戰，若至原排陣處不返回者，斬。”這條命令的頒布是一個標誌，說明舊式的部落聯盟式的軍事體製行將結束，而一支由統一汗權所指揮的武裝力量正在開始建成。這一年的秋天，鐵木真和王罕的聯軍又在闕亦壇的荒野，重創了乃蠻部和劄木合諸部組成的聯軍，自此徹底完成了對蒙古草原東部地區的控製。
看到鐵木真勢力的逐漸壯大，王罕也開始感到了恐懼。早在1200年，薩裏川與鐵木真聚會時他就想要除掉鐵木真，但陰謀泄露，未能成功。擊破乃蠻等部的聯軍後，鐵木真希望緩解和王罕之間的矛盾，於是派人為長子術兀，向王罕的兒子桑昆的女兒求婚，不想卻遭到了拒絕。這時候劄木合與其他受到鐵木真打擊的蒙古貴族，都投附到了王罕一邊。他們為了複仇，也力勸王罕攻打鐵木真。於是王罕父子和他們一起密謀，決定假許婚約，請鐵木真來赴宴，在宴會上乘機將他捕殺。就在鐵木真猶豫是否赴宴的時候，王罕做賊心虛，以為又一次泄密，竟然首先對鐵木真發動了攻擊。雙方在今內蒙東烏珠穆沁旗北境的合蘭真展開激戰。鐵木真戰敗，跟隨他逃出來的僅有2000餘人。他們在班朱尼河畔安下了營，靠打獵和喝渾水為生。這段時間，是鐵木真在統一蒙古過程中最艱苦的日子。他發誓要與一同飲過班朱泥河水的人同甘共苦、成就大業。當他完成統一大業以後，果然兌現了他的諾言，把“同飲班朱泥河水”的人都封為了功臣。