1942年，國民黨中央訓練團音樂幹部訓練班學員結業後，教育部將任教該班的教師（主要成員皆是來自原國立上海音專的師生）接收，並在重慶鬆林崗成立了國立音樂院分院。抗戰勝利後，青木關國立音樂院遷往南京，鬆林崗分院則遷往上海，並改稱為國立上海音樂專科學校。原設幼年班遷到了江蘇省常州市。
在戰火紛飛的年代，盡管經費困難、設備簡陋，教學活動難於正常開展，有的學校甚至被迫停辦，但新的音樂院校與係科，依然不斷興建，說明音樂與抗戰關係之緊密，同時也體現出專業音樂教育之所以有如此進展，乃是時代潮流的需要。這一時期相繼新建、影響較大的專業音樂教育機構主要有：1940年秋在福建永安縣創辦了福建省立音樂專科學校，1942年改為國立，後遷往福州；曾出版有《音專通訊》及《音樂學習》（月刊）。1943年，西北音樂院在西安創立，首任院長是聲樂家、指揮家趙梅伯；這所私人音樂學校於1945年底停辦。1946年在長沙創辦國立湖南音樂專科學校；1946年成立廣東省立藝術專科學校音樂係，由馬思聰、黃友棣負責。這些學校為中國社會培養了一定數量的專業音樂人才。
與此同時，由中共中央領導的國統區新音樂運動對一切具有進步傾向的音樂事業和活動給予了積極的支持，教育家陶行知於1939年7月在重慶郊區創辦了一所聞名中外的育才學校。這所半耕半讀的學校裏，設有文學、戲劇、音樂、繪畫等七個專業，學生從10歲左右的流亡兒童中選拔，入學後因材施教。賀綠汀曾應聘擔任音樂組第一任主任，任虹、任光、李淩、黎國荃、範繼森等音樂家曾先後在該校任教。其後，音樂界一些知名人士對育才學校音樂組的教育工作給予了不斷支持和幫助。音樂組的專業教育以基礎課為主，同時按個人條件，逐步引導向弦樂器（主要為大、小提琴）、鋼琴、聲樂、作曲等專業方向發展。通過創作、演出實踐和深入煤礦、農村組織群眾歌詠活動，鞏固提高所學知識技能，加深對社會的認識。這種教學方法和途徑，正是一種適合於抗戰時期推行社會音樂教育的方式。育才學校音樂組培養出一批音樂人才的事實，充分體現了這種社會音樂教育方式的優越性。1947年5月，育才學校遷往上海大場，留下來的以本地為主的部分師生，成立了重慶分校。
為了提高音樂工作者的專業水平，並擴大新音樂隊伍，新音樂社1942年建立了函授學校性質的“通訊研究部”，並在各地建立了二百多個“研究小組”。進行音樂函授教育，還出版了一些普及性的音樂叢書和創作技術手冊，如《自修音樂讀本》、《簡譜樂理讀本》、《和聲原則》、《曲調與和聲》及《簡易對位法》等，受到了廣大音樂愛好者的歡迎。
其後，在陶行知倡議和支持下籌辦了上海星期夜大學，後於1946年擴編成“中華音樂學校”，以後又在香港成立了“中華音樂學院”，由馬思聰任院長，設有理論作曲、提琴、聲樂和鋼琴等組，並在新加坡、越南西貢設立了分院，先後培養了七百多名演唱、演奏及指揮作曲等方麵的人才，加上通過各歌詠團鍛煉培養的大批歌詠幹部，為新音樂事業輸送了骨幹力量。