李舜臣的受誣去職，為日本侵略者拔除了一根眼中釘。1597年2月，豐臣秀吉借口和談破裂，再次派遣14萬大軍侵犯朝鮮。當時的形勢對朝鮮極為不利：陸軍在四年和談期間絲毫沒有加強；新任的海軍將領又是一個昏庸無能之徒。結果，在很短時間內，朝鮮陸軍被擊敗，海軍幾乎全軍覆沒，大片國土又被日軍占領。
在這國破家亡的嚴重關頭，朝鮮舉國上下都希望李舜臣能出來領導抗日。許多愛國將士聯名上書，要求恢複李將軍原職。朝鮮政府在全國輿論壓力下，隻得重新任命李舜臣為水師將領。
李舜臣複職以後，留給他指揮的隻是殘存的12隻龜船和100多名士兵。李舜臣重新整頓水師，團結堅持抗日的將士，開除和懲罰那些膽小怕死的軍官，吸收忠勇的農民加入水師，並且動員大批人力物力，加緊製造龜船。經過一段時間的努力，一支強大的水師隊伍又成長起來了。
與此同時，中國明朝政府應朝鮮政府要求，再一次派來了大批援軍。由陳、鄧子龍率領的中國水師，奉命與李舜臣將軍會合。朝、中水師聯合作戰，屢敗日本侵略軍。
1597年冬，朝、中聯軍和日本侵略軍展開了一場激烈的大決戰。先是朝鮮陸軍分成左中右三路，向日本的三個大據點進攻，很快形成了緊密的包圍圈。日本陸軍向海軍求援。李舜臣得到消息後，立即將朝鮮和中國的水師布置在日本海軍必定要經過的露梁海麵上。
這天夜裏，500多艘日本兵船駛抵露梁海麵。李舜臣一聲令下，朝、中水師立即發起進攻，幾十條龜船猛烈轟擊，並用尖杆撞破敵船。海麵上烈火衝天，如同白晝。有許多戰士還勇敢地跳上敵船，殺得敵人橫屍滿艙。
日本海軍損失了40多艘戰船，準備逃跑，朝、中水師緊追不放。李舜臣親自率領10幾艘龜船，命令槳手全力劃動船槳，準備超過敵船，截住敵人退路。敵人見難以逃脫，便集中火力向李舜臣的指揮船射擊。
在密集的炮火中，李舜臣鎮定地指揮作戰。忽然，他發現中國水師將領鄧子龍的指揮船被敵人圍困，就立即駛船去解圍。不幸途中左胸中彈，鮮血直往外湧。將士們見他身受重傷，趕緊圍了上來。
“將軍，怎麼啦？快到後艙去！”兩個士兵搶上前去，用手扶住將軍。
“戰鬥正緊，不要管我，也不要聲張，免得影響士氣。你們要繼續奮戰！”說罷，他把軍旗交給一個部下，囑他代施號令，然後安詳地合上眼睛，永遠離開了人世。
在這次戰鬥中，70多歲的中國水師將領鄧子龍也英勇犧牲。
“誓向敵人討還血債！”朝、中將士個個義憤填膺，振臂高呼著。戰鬥一直進行到第二天中午，朝、中水師共擊沉、擊毀敵船450餘艘，殲滅日軍15000人。剩下的日軍殘兵敗將，迫於朝、中聯軍的強大攻勢，也不得不逃離朝鮮。持續6年之久的衛國戰爭，終於勝利結束了。
這場戰爭是在1592年開始的，這一年朝鮮和中國的傳統曆法是壬辰年，所以朝鮮曆史上把這保衛祖國的兩次戰爭通稱為壬辰衛國戰爭。“壬辰衛國戰爭”粉碎了日本的狂妄侵略計劃，中朝人民用鮮血譜寫了偉大的友誼。