永樂年間，“鄭和下西洋”、修建紫禁城、《永樂大典》無疑給後人留下了不可多得的珍貴文化遺產。除去其皇位得來不正、好殺戮外，朱棣也算是個著名的好皇帝。但其生母是誰，卻留下了頗多疑點。朱元璋一生26個兒子，說是其中好幾人不知生母是誰。但是，朱棣不一樣，他做過皇帝之人，世人當然更喜歡追問他的身世。
那麼，先看一下朱棣自己是怎麼說的，他曾自稱是孝慈高皇後馬氏的兒子，“朕高皇後（即馬皇後）第四子也”。
而據正史記載，明太祖朱元璋共生有26個兒子，前五子都是馬皇後所生。在清人朱好陽編纂的《曆代陵寢備考》中記載：“後生懿文太子、泰王樉、晉王桐、成祖、周王”。《太祖實錄》、《太宗實錄》、《靖難事跡》、《玉牒》等正史均做如此記載。但也有史學家認為，這些記錄都是被明成祖的禦用文人粉飾過的。
但朱棣繼位後，也曾在南京修建了大報恩寺，聲稱是“欲報高皇帝深恩”、“揚先皇太後之德”，表示自己對父皇母後的感念。但也有秘史稱，馬皇後根本就沒有生育能力，不可能生子。正史中記載的所謂馬皇後的五個兒子都是別人所生，馬皇後隻是他們的養母。
在朝鮮使臣的記錄中，也可見此事的不尋常的端倪。洪武二十二年，朝鮮使臣權近一行曾在北京拜見過燕王，權氏的《奉使錄》有記載：“到燕台驛，進見燕府。先詣典儀所。所官入啟，以是日先太後忌日，不受禮。命奉嗣葉鴻伴接到館。七月十五日也。”當時馬皇後確實已經去世，但她的忌日是八月初十，而不是七月十五，這就表明朱棣在用這種方式紀念其他人。
正史、野史、外族人史各執一詞，如果正史被當朝官員粉飾過，而這樣做又是何居心呢？
據現在的史學家研究得之：朱棣的生母實為碽妃。其主要依據是《南京太常寺誌》的記載：“孝陵祀太祖高皇帝、高皇後馬氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦湣王、晉恭王；左二位皇妃，生楚王、魯王、代王、郢王、齊王、蜀王、穀王、唐王、伊王、潭王；左三位皇貴妃，生湘獻王、肅王、韓王、沈王；左四位皇貴人，生遼王；左五位皇人，生寧王、安王；右一位碽妃，生成祖文皇帝。”
明朝實行兩京製度，遷都北京以後，北京有太常寺，南京也有太常寺。太常寺是管祭祀禮儀的，皇家宗廟的祭祀都在此進行。但為什麼西邊隻擺了碽妃一個人的牌位呢？據此世人推測出：因為她與眾不同，她生了大明朝的第三位皇帝朱棣。正如有人記載說“高後配在天，禦幄神所棲。眾妃位東序，一妃獨在西。成祖重所生，嬪德莫敢齊。”
而碽妃是高麗選送給朱元璋的女子。據說，碽妃生朱棣時尚未到預產期，是一個早產兒。但因此朱元璋便懷疑碽妃與人私通，給自己戴了綠帽子。於是，龍顏大怒，賜碽妃“鐵裙”之刑。所謂“鐵裙”，就是用鐵片做成裙子給人穿上，然後把人放在火上烘烤。就這樣，孕育了一代君王的女人死了。如果朱元璋的懷疑是真的，那大明朝豈不是落入了“外人”之手？
此派學者認為朱棣興建大報恩寺塔，是在報答生母碽妃，隻是對外則宣稱“欲報高皇帝深恩”、“揚先皇太後之德”。而大報恩寺塔屬“禁地”，常年大門緊閉。據說，有人悄悄進去過，發現裏麵供奉的就是碽妃像。明末清初的錢謙益和李清見到這樣的記載也無法判斷真假。而當時，錢謙益是南明弘光朝的禮部尚書，李清則曾任大理寺左丞。於是，兩人利用職務之便，於弘光元年借祭祀孝陵之機，悄然打開孝陵寢殿，“入視果然，乃信”。
這種說法的依據主要是《南京太常寺誌》，而這本史書本身的真實性都遭到質疑。比如，《明史》等史書都稱朱元璋有26個兒子，一般對此事沒有異議。但《南京太常寺誌》卻記載說，朱元璋有22個兒子。同時這本書並未流傳下來，因此這種說法也難以考證。但是，有人考證，朝鮮向中國稱臣送貢女是在1365年，而朱棣卻生於1360年，那時朱棣已5歲。這樣看來，說碽妃生了朱棣也就更不靠譜了。
另有說法，更加讓人猜疑。就是說朱棣並不是朱元璋的兒子，而是元順帝的兒子。按這種說法，朱元璋明知朱棣不是自己的親生兒子，還用心栽培並封為藩王，這顯然不符合朱元璋的做法。朱元璋作為明朝的開國皇帝，怎會留前朝皇帝的兒子在自己身邊呢？從他分封藩王，全由他朱姓一家執掌天下來看，對統轄下朝臣尚不信任，更何況前朝仇人之子了。
其實這說法是傳於朱元璋攻下大都後，發現了被元順帝丟在宮裏的洪吉喇氏。洪吉喇氏長得非常漂亮，於是朱元璋就把她擄來當妃子。但當時洪吉喇氏已經懷有七個月的身孕，入明宮後，她便生了一個男孩，就是明成祖朱棣。