在對南部的態度上，阿克巴與之前的孔雀、笈多、哈爾吉和圖格魯克等王朝的統治者一樣，他們都是抱著建立一個全印度帝國的理想，要把南部印度並入帝國版圖。另外，阿克巴還打算利用他對南部印度德幹廣大地區的控製，爭取把葡萄牙人趕回大海，當時阿克巴與葡萄牙人的關係在表麵上看還算比較友好，但他並不想因此就與葡萄牙人一起來享受印度的資源並聽任他們幹預印度的政治。
印度南方的各個蘇丹國，在麵對莫臥兒王朝的領土擴張時並沒有多少辦法自衛。1564年到1565年之間，它們曾經暫時聯合起來對付過砒闍耶那伽羅國，但那以後大家就爭吵成一團，在相互攻擊中元氣大傷，成了一群習慣於相互頂撞的綿羊。
阿克巴沒有直接派兵，而是先禮後兵，在1591年派出了一批大使，分別到各個王國中去，想使那些國家迫於壓力正式承認莫臥兒對南部印度的宗主權。但是除了坎德什明確表示拒絕之外，其他所有的蘇丹國都是含胡其詞，試圖蒙混過關。
阿克巴非常失望，他首先派出阿卜杜爾·拉希姆將軍和穆拉德王子率領一支大軍討伐艾哈邁德納加爾，這個王國由於內部衝突實力已受到了削弱。雖然莫臥兒王朝的軍隊由於兩位統率之間的分歧影響到了攻擊行動，但還是在1595年包圍了艾哈邁德納加爾。比賈普爾的王太後金德·比比站了出來，她帶領王國軍隊堅決地保衛自己的土地。1596年的時候，攻守雙方打得都很疲憊了，就坐下來締結了和約，根據和約金德·比比把貝拉爾地區割讓給莫臥兒王朝，王國答應承認阿克巴的宗主權。莫臥兒軍隊得到了滿足之後就離開了，之後金德·比比不再掌權，艾哈邁德納加爾的另一派不顧她的忠告，於第二年撕毀了和約，並向莫臥兒進攻，想以武力奪回貝拉爾。
既然還想打架那就繼續吧，莫臥兒人的軍隊又被調了回來。1597年2月，莫臥兒王朝軍隊在戈達瓦裏河邊的蘇帕取得了勝利，擊敗了對方。艾哈邁德納加爾不僅前方失敗，內部傾軋得也更加厲害，金德·比比也被謀殺了，混亂之中，艾哈邁德納加爾也在I600年的8月，被阿克巴的軍隊輕而易舉地攻下來了。
坎德什王國的統治者米安·巴哈杜爾沙當初就拒絕了阿克巴，在解除了西北方麵烏茲別克人的威脅之後，阿克巴在1599年7月親自率領王朝大軍南下，他要親自征服這個米安·巴哈杜爾沙，看一看這個狂妄的人到底有多麼強硬。一交戰，阿克巴就攻占了坎德什王國的都城布爾漢普爾，並圍困住了阿西爾加爾這座要塞，米安·巴哈杜爾沙就在要塞裏指揮著抵抗。
敵國的都城雖然能被輕易地占領，但對付這座要塞卻並不像想象得那麼容易，要塞非常堅固，裏麵配備有不少大炮、軍需品和給養。雖然在戰爭過程中，被圍困的守軍還經受了一場可怕的瘟疫而削弱了戰鬥力，可坎德爾軍人們還是頑強地保衛著這座要塞，盡管阿克巴在六個月的時間裏使用了很多手段，還是難以實現目的。
後來，阿克巴以保證人身安全的諾言，把米安·巴哈杜爾沙請到莫臥兒兵營談判，然後把米安·巴哈杜爾沙給扣留下來，強迫這位國王寫信給他的將軍們，讓他們交出要塞，但要塞裏麵的守軍仍然堅持抵抗。這真是太少見了，阿克巴多年的征戰過程中見過的抵抗太多了，可是這麼頑強的還真沒見過幾個。硬的不行就來軟的，阿克巴就在坎德什的官員中分發金錢，用財富來引誘他們。最後阿西爾加爾的大門終於被金鑰匙給打開了。
對坎德什的征服行動，也是阿克巴的最後一次征服。
阿克巴把新征服的地區組成三個省，分別稱為艾哈邁德納加爾、貝拉爾和坎德什，他委任了達尼亞勒王子為南印度和西印度副王，來管理這三個省以及馬爾瓦和古吉拉特。安排完這裏的事務之後他就在1601年5月返回阿格拉，因為他不聽話的兒子迫不急待地想做皇帝，起兵叛亂了。
阿克巴通過在印度南方的一係列軍事行動，成功地把莫臥兒帝國的邊界從納爾馬達河推進到了克裏希納河的上遊。
阿克巴的“神聖宗教”
阿克巴這個人對於宗教信仰非常感興趣，他曾經研讀印度的《摩訶婆羅多》，以了解印度的信仰文化。有一段時間他還接受了業報輪回的理論，在出席公開場合的時候，他在前額印上印度宗教的標記，來表達他的觀念。
阿克巴的宗教政策是相當寬容的，為了討好耆那教的信徒，他就不再打獵，還宣布禁止在一些日子裏殺害牲畜。
當阿克巴得知占領印度東部果阿地區的葡萄牙人傳來了基督教時，就給那裏的教會寫信，請他們派兩位有學問的教士到阿格拉來，他要親自了解基督教，並叫學者們把《新約聖經》翻譯出來。他還給予基督徒們充分的信仰自由，允許教士們開展傳播工作。
那時，世界上各個角落發生的宗教迫害事件是司空見慣的。而阿克巴卻邀請了印度所有宗教的代表們，來到他的王廷裏進行交流，阿克巴向大家宣布，各種宗教要和平共處，對各種宗教的教義與活動同樣容許。
為了證實信仰自由的觀念，他還娶了印度教、佛教以及伊斯蘭教的女子為妻。這娶妻是阿克巴收攏人心的一個常用的措施，就如同他把拉其普特女子娶來一樣，目的是相同的。
為了促使莫臥兒王朝的統治和諧持久，阿克巴很重視利用宗教這個手段，他經常與各個派別的教士們一起聚會討論宗教方麵的問題。
有時不同教派間也會產生分歧和矛盾，基督教和伊斯蘭教的教徒發生爭執時，一些伊斯蘭教徒就建議采用古時裁判法來驗證合理性：讓一位伊斯蘭教教士手執《古蘭經》，一位基督教教士手執《聖經》，兩人同時跳進火裏，誰能毫無燒傷地從火中走出來，就說明誰掌握真理。而基督教教士卻反對這樣的建議，他們說這樣是對神的冒犯，因此不能用這個辦法，雙方為此爭得麵紅耳赤。有人把這事講給阿克巴，促使阿克巴頒布了一個他考慮了很久的想法，這個想法就是創造一個可以包含不同信仰的新宗教。
阿克巴的新宗教名為“神聖宗教”，他頒布法令宣布他本人就是這個教會的首腦。他還曾下令在法塔赫布爾西格裏和平宮的中心，修建了一座聯合宗教的大廟。由於阿克巴擁有的絕對權威，因此大家為了奉承他，就信奉了他的“神聖宗教”。可是當大家聚集在新宗教的祭祀活動場所時，心裏堅持的卻仍然是他們曾經的信仰。
“神聖宗教”是不成功的，隨著阿克巴的去世，“神聖宗教”也就消失了，但是這個舉動也曾經取得了政治和諧等一些有利的結果。對普通印度人來說，他們更歡迎的是阿克巴取消了人頭稅與朝聖稅，允許信仰自由，因此阿克巴就贏得了臣民的忠誠。雖然人們並沒有在根本上接受他的新教義，但他的政治目的卻在一定程度上達到了。
偉大的皇帝
叱吒風雲的阿克巴大帝，到了人生最後的時期卻是非常地痛苦。
在阿克巴的晚年，他兒子賈漢吉爾王子背叛了他。這位王子抱怨他父親統治王國40年，時間太長了。作為兒子，他見到阿克巴的身體總是那麼強壯，不知道什麼時候才能把王位交給他，令他急得無法忍受。
既然在歲月上熬不過阿克巴，無法期待他早死，那就選擇造反吧。於是賈漢吉爾王子就組織親信，籌集了3萬騎兵，以這些兵力作為本錢宣布自立為王。
這位王子是阿克巴僅有的一個兒子，他的兩個兄長都已經去世了。阿克巴本來是想把王位傳給他，也是比較愛這個兒子的，因此他就規勸對方投降。後來王子投降了，阿克巴對他的反叛行為也是既往不咎。
1605年的秋天，阿克巴患上了嚴重的痢疾，不久就於10月17日逝世了。據說阿克巴去世時僅有很少幾位親近的人在身旁，他也沒有能夠得到任何教派的祈禱，更沒有任何人在簡陋的葬禮上去悼念他。他的子孫後輩與大臣們，雖然在葬禮當天都穿上了喪服，可是活動結束後就立即脫掉了，馬上就追隨新皇帝參加慶祝活動去了。
阿克巴是個無畏的戰士，為莫臥兒王朝的強盛起了決定性的作用，在印度曆史上被看做是阿育王之後，最開明最有作為的一位君主。繼承他王位的賈漢吉爾在回憶錄中說，他父親“一舉一動都不像個凡人，在他的身上顯示出真主的靈光。”
阿克巴這個人一直在野心勃勃地進行征服活動，通過不停地征服，把莫臥兒帝國的統治範圍擴張到前所未有的程度。但他並不是一位絕對任性的獨裁者，他所設計的莫臥兒帝國政治結構、行政製度，一直力求建立在民眾合作的基礎之上。作為一個穆斯林政權統治者，他並不虐待占人口絕大多數的印度教徒。他吸取舍爾沙的有利之處，像蘇爾王朝一樣公平地對待印度教徒，還請印度教徒擔任王朝的要職，而且還努力消除穆斯林與非穆斯林之間的差別。
阿克巴沒有他的祖父和父親一樣的學識，也許他並不知道如何閱讀和寫作，但卻不能說他沒有文化修養。事實上他的學習能力非常強，他對於各門學科，像哲學、神學、曆史和政治學等都是感興趣的。有意思的是，這位被稱為“文盲帝王”的人還建有一座藏書樓，藏書樓裏麵裝著各個門類的書籍。他喜歡跟各個方麵的學者們交往，通曉伊斯蘭蘇菲派、基督教、佛教、印度教的作品，並且還被人們認為在火繩槍的製造方麵有許多發明和改進。