梅瓦爾之戰很大程度上打擊了各個獨霸一方的拉其普特大小諸侯們的信心，那些長期以來公然與阿克巴對立的拉其普特酋長們，為奇托爾堡壘的陷落感到驚恐，因此陸續對阿克巴表示歸順。
1569年2月，蘭桑波爾地區的拉伊·蘇爾賈納·哈拉把他的要塞交給了阿克巴，歸入了莫臥兒體係之中，從此開始為帝國效勞。同一年，本德爾汗德地區的卡林賈爾酋長羅闍·拉姆金德也投降了阿克巴。
1570年，比卡內爾地區和賈薩梅爾地區的拉其普特首領也歸順了莫臥兒王朝，阿克巴為了使聯盟關係更加長久、穩定，還把他們的女兒娶進王宮。
拉其普特各個酋長們一個接一個地承認了莫臥兒的統治，但是梅瓦爾這塊硬骨頭仍然拒不就範，他們雖然失去了都城但還是保持著獨立。1572年3月3日，懦弱的烏代·辛格在位於烏代普爾西北的戈貢達去世以後，梅瓦爾終於出現了一個真正的抵抗領袖，這個人就是烏代·辛格的兒子普拉塔普，他繼承了拉那·桑加的精神基因，對入侵者毫不妥協，也從不退縮。他的國家失去了都城同時又勢微力薄，他的很多同族都放棄了抵抗而與莫臥兒王朝結盟。普拉塔普與阿克巴對抗就好像驢子與大象較量一樣，但是，對於這位普拉塔普來說，戰鬥意誌比實力更加重要，隻要拉其普特傳統精神還在就沒有什麼可以畏懼的。
1576年4月，為了掃除梅瓦爾的抵抗力量，阿克巴派他的部屬曼·辛格和阿薩夫汗兩人指揮的軍隊，向普拉塔普進行攻擊，他要徹底打敗對方，讓那裏的局勢獲得永久的穩定。在戈貢達附近的哈爾迪加特山，莫臥兒軍隊找到了普拉塔普，雙方進行了一場激烈的交戰。普拉塔普戰敗了，他的堡壘一個接一個的被莫臥兒軍隊攻占，而他本人則幸得逃生。經過這一戰，普拉塔普的處境就更加困難了，但他仍然不願意投降。
以後多年間，阿克巴一直安排對普拉塔普進行打擊，他不能絲毫放鬆對這個強大反抗者的壓力，即使是這樣，普拉塔普還是陸續收複了原來屬於他的許多要塞。1597年1月19日，普拉塔普57歲時逝世，臨終前他還強令他手下的酋長們起誓永遠不得背棄他們的國家。
攻占古吉拉特和孟加拉
1569年，莫臥兒王朝兼並了蘭桑波爾和卡林賈爾地區之後，就把古吉拉特作為下一個征服目標。由於古吉拉特地區擁有富庶而又繁榮的港口，特殊的商業地位和經濟價值一直以來就是北部印度各個統治者想要吃掉的美味。
先前胡馬雍曾發兵占領過這裏，但隻是短暫的，不久又失去了。阿克巴也早就認識到占領這個省份對帝國利益的重要性，當他觀察到古吉拉特在國王穆紮法爾沙三世的統治下疲弱不堪時，就在1572年率領大軍親自出征，那裏的將領可沒有梅瓦爾普拉塔普一樣的鬥誌，他們的抵抗輕而易舉地就被阿克巴給化解掉了。那裏的國王穆紮法爾沙三世實際上是個沒什麼本事的傀儡，他見王國的將領們有的被阿克巴給收拾掉了，有的歸順了，自己也就不想再撐著了，於是就乖乖地領取了阿克巴發給他的養老金，退位了。
之後阿克巴率兵進攻蘇拉特，並在1573年2月26日攻占了蘇拉特城，但是這時傳來古吉拉特發生暴亂事件的報告，阿克巴的幾個堂兄弟也參與了暴亂。對此阿克巴非常憤怒，他立即起兵前往艾哈邁達巴德，並且傳下命令要求全軍要以最快的速度用最短的時間趕路，他要打對方一個措手不及，大軍星夜兼程，用了11天的時間迅速趕到了戰場。I573年9月2日，在艾哈邁達巴德附近，阿克巴指揮軍隊徹底平定了這裏的叛亂。
自此古吉拉特就納入到了阿克巴的統治範圍中，成為帝國的一個重要組成部分。穩定下來之後，阿克巴立即對古吉拉特的財政和稅收體係進行了整頓，把這個省份變成了王朝最主要的收入來源地，為他下一步發動征服戰爭提供更強大的動力。
征服古吉拉特，也標誌著阿克巴的王朝進入到了一個更加強盛的時期。王朝除了獲得商業資源的支配權，還獲得了到達海洋的通道，但是莫臥兒並沒有建立海上霸權的嚐試，在這方麵阿克巴的眼光就差了很多，讓印度失掉了這方麵的發展機會，而歐洲人則抓住了機會，為以後在印度次大陸的經營打下了基礎。
接著，孟加拉也成了阿克巴的盤中菜，對阿克巴的王朝來說，孟加拉與古吉拉特同樣重要，他是一定要拿下的。
上一個時代的強人舍爾沙離去之後，他的蘇爾王朝就變成了一片散沙，各個割據勢力星星點點地散布在印度各處。在穆罕默德·阿迪勒沙時間不長但政局混亂的統治期間，孟加拉地區宣布獨立，並且一直統治到了1564年。
在1564年，南比哈爾的總督蘇萊曼·卡拉拉尼，利用孟加拉發生動亂國王被殺的時機，把他的統治範圍也擴展到了孟加拉。蘇萊曼這個人對形勢一直看得很清楚，他明白這個時代印度次大陸的主人是阿克巴，在阿克巴的麵前他是沒有機會的，所以自己應該做的是順從阿克巴以保存利益。因此直到1572年他去世之時，都正式承認阿克巴的宗主地位，並且跟阿克巴保持長期友好的關係。但是，他的兒子達烏德就沒有他那麼明白了，這是一位對政治藝術一竅不通的人，他即位不久就拋棄了父親一向審慎的措施。
達烏德招致阿克巴憤怒的原因，就是他狂妄地宣布獨立，而且還進攻帝國東部邊境的紮馬尼亞。在對方不停地挑畔下，阿克巴再也不想容忍，決定對這個瘋狂的家夥下手。1574年，阿克巴集結大軍，他要親自討伐這個放肆的孟加拉總督。戰爭行動在雨季期間展開，達烏德哪裏是阿克巴的對手，阿克巴的部隊攻勢如潮，一下子就把達烏德打敗了，在連續的攻擊行動中把達烏德從巴特那和哈吉普爾地區打跑。
到了1576年的7月，在拉傑馬哈爾附近，阿克巴的軍隊又趕上了達烏德，並且在這次戰役中把達烏德殺死，此後，孟加拉就真正變成了莫臥兒王朝的一部分。
安定西北
米爾紮·穆罕默德·哈基姆這個人是阿克巴的異母兄弟，這是一個非常有野心的人。哈基姆在喀布爾有著很強的勢力，一直以來，他和帝國東部各省份的一些貴族首領經常串通，與王朝管理財政的重要大臣赫瓦賈·曼蘇爾等心懷不滿的官員們也是常有往來。為了實現篡位的野心，他甚至帶兵入侵了旁遮普地區。
對這位兄弟的行為，阿克巴早就看在眼裏，在哈基姆占領旁遮普之後，阿克巴覺得不能再縱容他了，否則他就真的成氣候了。於是在1581年的2月8日，親自帶領5萬騎兵、500頭戰象和大量步兵，從首都出發向阿富汗挺進，打擊哈基姆。一聽說阿克巴帶領軍隊來了，哈基姆就立即從旁遮普跑到了喀布爾。跑回老家也不行，阿克巴就跟著哈基姆在1581年8月9日也進入了喀布爾。阿克巴並不想清理哈基姆，他隻是要教訓一下這個不聽話的兄弟。在哈基姆發誓效忠阿克巴，再也不叛亂之後，阿克巴就把喀布爾還給了他，讓他繼續統治他的屬地，自己則在1581年12月初率軍返回德裏。自此，阿富汗的局勢就穩定下來，1585年7月哈基姆去世以後，咯布爾就正式被並入了阿克巴的王朝。
西北方麵自古以來就是一個令印度統治者頭痛的地方，每一位國王想求得政權的長期穩定，不解決好西北邊境的複雜問題是不行的，因為這個地區在經濟、軍事戰略上都占有重要的地位。
在阿克巴時代，坎大哈也是一個重要的貿易中心，從亞洲各地來的商人們，都聚集在這裏進行商品交易。這個時期荷蘭、葡萄牙人控製了海洋，波斯與阿克巴的關係又不友好，因此各種對外的貨物貿易，都要比從前更加頻繁地經過坎大哈從印度運往亞洲的其他地區。如果西北地區各種不友好的政治勢力長期存在，對王朝的政治和經濟都會產生威脅。
為此，阿克巴派兵在西北邊境地區發動了一係列的攻勢，清理了有可能對王朝造成威脅的一些地方勢力。還委派了巴格萬·達斯和卡西姆汗兩位將軍，率領5000士兵去征服克什米爾。1586年，他們打敗了克什米爾的蘇丹尤蘇夫沙及其兒子亞庫卜，把克什米爾兼並到帝國版圖之中。信德和俾路支也分別在1591年和1595年被阿克巴征服。
1595年，坎大哈的波斯總督給阿克巴送上一份好禮，由於他長期受到來自烏茲別克人等各個方麵的騷擾，在權衡利弊之後，把坎大哈交給了阿克巴，以求自保，就這樣坎大哈被阿克巴和平地占領了。看上去這是坎大哈總督的主動奉獻，其實則是阿克巴在當地施加壓力，憑著強大的實力所收獲的長期經營成果。
由於阿克巴在西北邊境所采取的成功策略，不僅讓帝國增加了地位重要的領土，還鞏固了西北邊境的秩序，阿克巴王朝的整體實力更加強大了。到了1595年，除了有限幾個地區之外，阿克巴把從喜馬拉雅山到納爾馬達河，從興都庫什山到布拉馬普特拉河的廣大地域都變成了莫臥兒王朝的土地，他則成了帝國毫無爭議的統治者。
在南方的行動
一位雄心高漲的征服者，在他最強盛的時期是不可能輕易停下腳步的。在鞏固了對北印度和中印度的權力之後，阿克巴就決定把他的統治範圍向南部印度擴展。