1220年2月，成吉思汗和他小猛兒拖雷的主力軍抵達布哈拉城下。此城是花剌子模帝國三大都市之一（另兩個是撒馬爾罕和玉龍傑赤），也是穆斯林世界最大的城市之一。城內建有不少宏偉的清真寺，還有很多公園、商場、集市、工廠，一派繁華興盛之貌。蒙古大軍的到來，意味著這座富庶城市美好時代的徹底終結。
殘酷的攻城戰開始了。
從不做折本買賣的成吉思汗把抓來的當地百姓變成炮灰，下令蒙古兵用刀劍逼著他們衝鋒在前。連攻三天，布哈拉守將信心破滅棄城出逃，城內的一些有影響的“文化名人”（學者、教長之類）獻城投降。當時城內尚有一個堡壘的守軍頑強死守，蒙古軍架起投石器將堡壘砸爛，接著衝進去將城堡內的軍民全部殺死，同時又焚燒了整個市區。昔日繁華的布哈拉被蒙古軍摧殘得僅剩下一堆磚石……
一個月後，其富庶繁華程度比布哈拉還要牛叉的大都市撒馬爾罕也遭遇了同樣的劫難。
參與進攻撒馬爾罕的不但包括成吉思汗指揮的軍隊，還有前來與老爸會合的察合台與窩闊台，這倆猛兒子在蹂躪了訛答刺城後給老爸帶來了禮物——一大幫俘虜。成吉思汗很欣慰，他強迫這幫俘虜穿上蒙古士兵的裝束與撒馬爾罕城守軍打頭陣，接著又讓正牌的蒙古軍將撒馬爾罕士兵分割圍殲。幾天後，又是一幫文化人（撒馬爾罕城的教長、法官等）獻城投降了。蒙古軍如蝗群一般衝進城內，“啃咬”著他們所能看到的一切。沒幾天，撒馬爾罕城內漂亮的清真寺、商場、街道、花園、噴泉、水渠、工廠……全部消失了。
國土大片淪喪，城市化為廢墟，軍隊全麵崩潰，百姓生靈塗炭，花剌子模帝國已是千瘡百孔奄奄一息，而那位曾經大膽地摸老虎屁股叫板蒙古大汗的摩訶末國王此時幾乎被嚇成了神經病，他不但不給自己的臣民鼓勁加油，反而幫他們泄氣、到處製造頹廢氣氛，無論走到哪裏都念叨著：“蒙古軍隊是無法抵抗的，蒙古軍隊是無法抵抗的……”
78. 所有生物全宰光
摩訶末雖然膽氣大喪，但摩訶末的兒子也就是花剌子模的王子紮蘭丁比老爹有種，他給老爹建議把分散在各地的花剌子模軍隊召集起來主動進攻，但是摩訶末已經徹底絕望，這位曾經夢想建立一個超級穆斯林大帝國的國王選擇的唯一道路就是——逃跑。他像一隻被追殺的可憐兔子一樣，當第一個城市陷落時，他蹦到第二個城市，當第二個城市淪陷時，他蹦到第三個城市……就這樣，一直蹦到了裏海的一個孤島上。1220年，慘到家的摩訶末鬱悶帶重病，一命嗚呼。其子紮蘭丁繼承了花剌子模的皇位。
1221年初，成吉思汗的三個猛兒子術赤、察合台和窩闊台率軍殺到花剌子模帝國繁盛的商業中心玉龍傑赤城下。由於這座城市四周都是沙漠和沼澤，所以蒙古軍找不到石頭用以進行炮擊（投石器），隻好改用桑木替代。玉龍傑赤的守軍十分英勇拚死反擊，蒙古軍損失慘重。再加上攻城期間術赤和察合台兄弟倆天天吵架導致蒙古軍紀律鬆散軍令混亂，七個月（一說四個月）下來，玉龍傑赤城依然在蒙古軍麵前巋然挺立。
成吉思汗當時正在攻打塔裏寒寨（今阿富汗境內），聞聽術赤和察合台的表現後十分生氣，他下令攻打玉龍傑赤的行動由聽話的窩闊台全權指揮。知子莫若父，窩闊台果然有本事，他先以溫柔的方式勸說大哥術赤和二哥察合台和解，又以殘酷的方式（噴射石油燒城內街區）攻占了全城。蒙古軍入城後將工匠和婦女兒童全部掠走，成年男子全部殺光，據說每名蒙古士兵都被規定必須殺死24人。