關於六世達賴喇嘛倉央嘉措 (1683—1706)的身份的爭議 ,導致了和碩特蒙古人對西藏的占領 (1703年)。 和碩特蒙古首領拉藏汗罷黜了六世達賴喇嘛 ,於1707年把自己的候選人推上了這個位置。康熙皇帝最終支持了拉藏汗的選擇 (1710年),但庫庫諾爾的蒙古首領支持的是另外一個年輕人 ,他被確認為西藏聖主真正的轉世者。這一爭議為準噶爾入侵拉薩提供了借口。拉藏汗請求清軍援助 ,但在清軍做出反應之前 ,他就去世了。第一次遠征以清軍的失敗告終 ,然而 ,第二支軍隊於 1720年抵達拉薩 ,趕走了準噶爾人。清朝利用這個機會進一步擴大了自身的利益。盡管他們立即宣布庫庫諾爾的蒙古人支持的候選人為 (七世 )達賴喇嘛,但實際權力操之於由諸大臣組成的一個委員會。西藏東南部的康區和安多被分離出來 ,置於四川省管轄之下。和碩特蒙古首領羅卜藏丹津的叛亂 (1723年)是由於羅卜藏丹津認為清朝拒絕履行把西藏的控製權交還給和碩特蒙古人的承諾而引起的。羅卜藏丹津被打敗以後 ,清政府把他的領地劃給他的競爭對手 ,並明確宣布了對庫庫諾爾 (改名為青海 )的宗主權。1725年,皇帝把康區分為兩部分 ,把西半部分置於西藏政府的控製之下 ,東半部分則由當地部族首領統治。
清朝對西藏事務的控製最初是非常間接的。清廷指定的一個管理委員會中的西藏貴族之間的敵視最終引發了內爭 (1727—1728),內爭的勝利者在清朝的支持下統治西藏,直到他於 1747年去世為止。1750年,當其繼任者被皇帝派駐西藏的兩名大清大臣 (昂邦)殺害後,兩名大清大臣自己也被西藏的亂民擊殺。清政府再次進行幹預,加強了皇帝特使的權力。清朝曾在西藏派駐漢軍,初派於1721年,但分別於1723—1728年和1748—1750年撤回。此時再次恢複駐軍,由駐紮於西部的軍隊中抽調15000名八旗軍和綠營軍組成。
清朝的保護
滿洲對藏傳佛教的支持和保護始於1621年,當時努爾哈赤委任一名喇嘛為滿洲政權的國師,從而為他的繼承人開創了先例。後來的幾代帝王與藏傳佛教的幾個互相敵對的教派都保持著友好關係,直到乾隆朝為止。皇太極邀請達賴喇嘛訪問盛京,並於 1642—1643年盛情款待了他的使者,但是,他最值得紀念的行動———崇拜瑪哈嘎拉———支持了薩迦派高僧。1653年,順治皇帝在北京接見了達賴喇嘛,但是,正如王湘雲指出的,1732年果親王允禮邀請與格魯派相互競爭的噶瑪派的兩名喇嘛前來北京參加佛學爭論,表明格魯派尚未在清廷贏得壟斷性的地位。
皇太極遵循忽必烈和林丹汗的前例,信奉瑪哈嘎拉。尊奉本尊的儀式把瑪哈嘎拉———名叫護法 (佛法)神的一位全副武裝的戰神———的權力轉交給了皇太極。塞繆爾·格魯普注意到了皇太極此舉的政治意義:“通過密宗祭獻儀式……阿巴亥成功地突破了神學限製,登上了內亞的政治頂峰:成為蒙古皇帝。”清朝接受蒙古人創造的主權理念,使蒙古人對滿洲的臣服變得 “非常容易”了。
皇太極的瑪哈嘎拉廟———實勝寺———建成於1638年。1643—1645年,在它的周圍又建成4座廟,用以供奉另外4個神。這個寺廟群是 “佛教的宇宙秩序在建築上的體現”,是完全由神保護的區域。1694年,瑪哈嘎拉的塑像從盛京移至北京,供奉在原為多爾袞的王府中。 17776年經過修繕後,普渡寺裏配備了蒙古喇嘛。到了晚清,它是北京唯一的一座所有佛事都由蒙古人舉辦的藏傳佛教寺院。
康熙、雍正和乾隆皇帝在北京修繕或新建了32座藏傳佛教寺院,在每個寺院都立起了記述各寺院曆史 (有些可追溯到遼朝)的多語種石碑。第一個寺廟是黃寺,是專為 1653年到京城訪問的五世達賴喇嘛及其隨從修建的。最著名的一坐寺廟是雍和宮,位於內城的東北角 (參閱圖二)。這原是雍正登基前的王府,1744年被他的兒子改建為喇嘛廟。一般情況下,雍和宮不對公眾開放, 由理藩院管理。雍和宮後來成為黃教的教學和研究院。18世紀至 19世紀中葉 ,雍和宮裏常有五六百名蒙古、滿洲、西藏喇嘛 ,以及一些宮廷太監 ,從事誦經活動 ,舉辦各種儀式。喇嘛也隨軍隊出征。在20世紀的北京老百姓眼裏 ,雍和宮的喇嘛是以每年年底舉行三天的《跳布紮》(蒙麵舞 )聞名的。在清代 ,滿族王公貴胄、蒙古人和旗人都觀看這種儀式。
清朝皇帝在承德修建了 11座喇嘛廟。普陀宗乘之廟是模仿達賴喇嘛在拉薩的府第 ———布達拉宮而建的一座廟。須彌福壽之廟是為 1780年來承德的六世班禪喇嘛羅桑華丹益希 (1738—1780)而建的。此廟依照班禪額爾德尼的住宮紮什倫布寺而建 ,成了紮什倫布寺喇嘛宣化經咒的中心。