紅巾軍大起義爆發以後，元政府派出了大量的軍隊圍剿和鎮壓起義軍。隨著起義軍力量的逐漸削弱，元軍各部將帥之間也開始出現了軍閥割據和相互攻殺的局麵。朝廷無法控製這些驕兵悍將，不能有效地調動和指揮他們。這樣，一方麵是給南方各割據政權進一步發展壯大的機會；另一方麵也是在內部的相互殘殺中削弱自身的統治力量。其結果是加速了元朝滅亡的進程。
1357年（至正十七年），河南平章答失八都魯死後，其子孛羅帖木兒被任命為河南行省平章政事。於是孛羅總領其父的軍隊繼續在河南鎮壓紅巾軍。孛羅在衛輝擊敗劉福通部後，屯兵真定。又自武安發兵經由彭城（江蘇徐州）邀擊沙劉二的軍隊，隨後又攻下曹州。孛羅的勢力逐漸強大起來。1359年，朝廷命令孛羅帖木兒移鎮大同，以加強大都外圍的防禦。同時朝廷又設置了大都督兵農司，分為十道，專門督管屯田，以孛羅帖木兒總領諸道屯田事宜。
1360年（至正二十年），孛羅帖木兒與察罕帖木兒開始爭奪山西之地，雙方攻戰不息。察罕帖木兒，沈丘（今安徽臨泉西北）人，祖籍是畏兀兒別失八裏（新疆吉木薩爾北破城子）。1352年開始組織地主武裝，與羅山（今屬河南）地主武裝首領李恩齊等攻破羅山紅巾軍，升為汝寧府（今河南汝南）達魯花赤，李思齊為汝寧知府。其後察罕在河北河南地區屢敗紅巾軍，以功累官至河北行樞密院事。1357年，率兵救援陝西，在鳳翔打敗紅巾軍，收複關中。次年領兵人援京都，並分兵屯守晉南、太行山諸關隘。進官至陝西行省右丞兼陝西行台侍禦史，同知河南樞密院事。1359年，攻占大宋紅巾軍都城汴梁，然後回師山西。由於山西晉、冀之地都是察罕帖木兒率軍平定的，而這時孛羅帖木兒卻奉命駐兵大同，並想進一步吞並和控製晉冀之地，因此雙方產生了矛盾，展開了爭戰。為了避免衝突擴大，朝廷於8月下詔讓孛羅守石嶺關（山西陽曲東北）以北；察罕守石嶺關以南。9月，孛羅帖木兒又調集兵力，自石嶺關南下直抵冀寧（山西太原），包圍冀寧城三日，然後退兵屯駐於交城。察罕帖木兒也發兵拒戰，抵禦孛羅的南下勢力。這時朝廷遣使調解，諭令二人講和。不久，朝廷又下令將冀寧劃歸孛羅，引起了察罕的不滿。察罕遣部將瑣住領兵前來爭奪冀寧城，雙方戰於東勝州等處，朝廷再次派人調解，雙方這才各領兵還鎮。
1362年，察罕帖木兒在山東被害之後，其子擴廓帖木兒代其職任。這時孛羅帖木兒結納了張良弼，再次想吞並晉、冀，於是領兵侵掠擴廓帖木兒分地，10月，進據真定路。而陝西行省右丞答失鐵木兒也與行台擴廓有矛盾，他擔心陝西也將被擴廓所有，遂在暗中與孛羅勾結。1363年，孛羅乘機派遣竹貞襲據陝西。擴廓帖木兒遣部將貊高聯合李思齊的兵力攻打竹貞，竹貞投降。
這時，朝廷內部也出現了激烈的鬥爭。順帝在位時間已久，皇太子也早已長大成人，所有軍國大事基本上都是太子處理。皇後奇氏也不甘寂寞，想謀求順帝將皇位內禪給太子。奇氏遂派宦官樸不花將其想法透露給丞相太平（即賀唯一）。太平不同意，遂被罷官，流放吐蕃，後來死於途中，搠思監為丞相後，與資正院使樸不花表裏為奸，左右朝政，賣官鬻爵，盜用錢鈔。各地上奏朝廷的報告被他們扣壓，不讓皇帝知道。從而引起了朝廷內外憂憤。宣政院使脫歡也與他們結成死黨，狼狽為奸。於是監察禦史也先帖木兒、孟也先不花、傅公讓等彈劾樸不花、脫歡等人，禦史大夫老的沙將其事奏上，而皇太子不予處理，皇後更加庇護這些人。結果禦史官員們全都被降職遷官。1363年12月，皇帝以老的沙是母舅，曾經被封為雍王，因此罷其官職後，遣他回歸封國，安置於東勝州。老的沙行至大同時，留在了孛羅帖木兒軍中。皇太子多次派人前來索要，孛羅始終不放。從此孛羅與朝廷中太子一黨的勢力形成了尖銳的矛盾。皇太子急於想取得帝位，在朝廷內就依靠搠思監、樸不花、脫歡等人加緊活動，在外部就以擴廓帖木兒的力量為應援。孛羅帖木兒滯留老的沙不遣，使太子感到對自己是一個嚴重的威脅。搠思監、樸不花等人揣知太子意圖，便誣告孛羅與老的沙圖謀不軌。1364年3月，下詔削奪孛羅帖木兒官爵，解除他的兵權，讓他歸於四川。孛羅拒不受命。4月，朝廷又下詔命擴廓帖木兒出兵討伐孛羅。孛羅得知討伐他的詔命都是搠思監幹的後，也下令禿堅帖木兒舉兵向關。於是禿堅帖木兒領兵直入居庸關，知院也速、詹事不蘭奚等人率軍迎戰不利。皇太子見局勢不妙，率領侍衛兵出光熙門，東走古北口，奔往興（河北承德）、鬆（遼寧建平）一帶。禿堅領兵至大都城下，傳令索要搠思監、樸不花。順帝不得已，下令拘執二人送至軍前。隨後又恢複孛羅帖木兒的官爵。讓他總領兵事。而且又加孛羅為太師，仍舊守禦大同。禿堅帖木兒為中書平章政事。5月，皇太子出奔至路兒嶺，皇帝下詔令其還宮。太子盛怒未解，遂命擴廓帖木兒調集矢力，分為三路征討孛羅。東路由白鎖侄領兵三萬守禦京師；中路以貊高、竹貞領兵四萬；西路由關保領兵五萬。諸路大軍並進，關保軍先逼近大同，孛羅見擴廓大軍前來圍攻，隻留部分兵力守禦大同，而自己領兵與禿堅、老的沙等再次進入居庸關，直接向大都進軍。6月，擴廓部白鎖住軍至京師。7月，孛羅前鋒軍入居庸關。皇太子親自領兵抵禦，然而軍無鬥誌，太子被迫急忙還入都城。白鎖住領兵入城後，扈從太子由雄州、霸州、河間而奔往冀寧。孛羅軍順利進入都城。隨後，孛羅入見皇帝，皇帝就以他為中書左丞相，後又進為右丞相，節製天下軍馬。以老的沙為平章政事，禿堅帖木兒為禦史大夫。