事實上，在莫理循為袁世凱如何體麵地當上總統而殫精竭慮之時，唐紹儀早已和袁世凱達成默契，在議和當中尋求使袁世凱當上總統的辦法。唐紹儀在第二次會議上，曾坦率地告訴伍廷芳：“黃興有電致袁內閣雲：若能讚成共和，必可舉為總統。此電由汪君轉楊度代達袁氏，袁氏謂此事我不能為，應讓黃興為之。是袁氏亦讚成，不過不能出口耳……今所議者，非反對共和宗旨，但求和平達到之辦法而已。”
唐紹儀的辦法就是召開國民會議公決政體，而他們明白政體已無疑是“共和”，不過這樣可使袁世凱免去“從孤兒寡婦手中取得天下，為後世所詬病”的心病。但1912年1月1日孫中山就任中華民國臨時大總統，打亂和阻礙了袁世凱的如意計謀。這時，蔡廷幹告訴莫理循，袁世凱對於莫理循提議的反映是：“十分激動。因為按照你的建議，由朝廷宣布建立共和體製，既符合中國的傳統禮教，也維護了朝廷和袁的麵子，這可能是解決目前紛爭的最佳途徑了，這一途徑有利於新政權盡快得到外國列強的認可。對於朝廷任命的駐各國使節來說，他們也就不便拒絕由朝廷委任組建的新政府了。這樣，一個新的共和政權就合法、正當、而有組織地建立起來。”
顯然，莫理循的這一提議得到袁世凱的讚賞。袁的左右負責詔書起草的人，如梁士詒等不時邀請莫理循共同商議具體內容，蔡廷幹更不時向他透露有關詔書的消息，作為對莫理循如此熱心相助的回報。
在清帝退位詔書中，有這樣一句話：“袁世凱前經資政院選舉為總理大臣，當茲新舊代謝之際，宜有南北統一之方。即由袁世凱以全權組織臨時共和政府，與民軍協商統一辦法。”《三水梁燕孫先生年譜》是這樣解釋的：“此詔……乃張季直手筆。經袁左右增加授彼全權一筆而發表。”而當時“袁氏昔時幕府散在四方，倉促未集，致政務軍務須先生兼為之處理。先生（指梁士詒）不得已，乃引葉君恭綽，施君愚，蔡君廷幹等共參機要，而仍由先生總其成”。袁的左右中必有蔡廷幹是無疑的。那麼，莫理循的提議或是正中袁世凱下懷，或是與袁世凱不謀而合，或者給袁氏以啟發。莫理循在這一點上有可能參與了決策。
（六）反對遷都南京，提出獨創性計劃。
1912年1月22日，孫中山通過全權代表伍廷芳，向袁世凱提出解決國事的五點建議，其中有臨時政府成立地點須在南京的提議，並且派蔡元培等人為專使北上迎袁南下。袁世凱一方麵極其熱情地歡迎專使，一方麵采取拖延的方式，以借機行事。對此，莫理循的反應是：“談判遇到了嚴重的挫折。孫中山背棄了他的許諾。他同意關於皇帝退位和建立共和國的各項解決辦法後，現在又提出下列不可能實施的新建議：不能在北京建立臨時政府。”2月14日，袁世凱召見莫理循，把孫中山要他南下的電報給莫看，並說他不會去南京。莫理循立刻心領神會，在通過報紙等一係列活動抨擊孫中山的同時，又開動腦筋，提出了一個有獨創性的計劃——策劃各省會都要求作為帝國的定都點。他是這樣描述他的計劃的：
現在黎元洪拍電報來說應該在武昌建都。我認為還會收到從濟南府、開封府、河南府、西安府、成都和廣州發來的電報，提出每座城市作為未來的政府所在地的優點。在這些城市中至少有三個城市具有提出這種要求的優越性，因為在早先的朝代曾在那裏建都。當你們收到十幾個省要求把它的省會作為這個帝國的首都時，各省或許會把北京作為第二位的選擇地點。在這種情況下，首都將定為北京。
莫理循從古希臘馬拉鬆之戰的曆史中為他的計劃尋找根據，但蔡廷幹僅僅回了一封信，對他表示感謝。這一計劃在袁世凱看來或許是幼稚可笑，不值得考慮的。袁世凱對任何棘手事宜采取的一貫做法是“等一等”。他手下將領馮國璋在去鎮壓武昌起義前，他就指示在局勢未明之前，要“慢慢走，等等看”。但他手下的另一將領曹錕的第三鎮卻以一種鹵莽、野蠻和直截了當的方式實現了袁世凱留在北京的目的。對這場兵變，莫理循是無法接受的。他感到“痛心以極”，“人們在過去的幾個月裏見到我一直把袁世凱說成是大局的唯一希望，我真不知道人們會怎麼想”。
當時有一部分在華外國人懷疑此事為袁世凱幕後指使，如上海工部局的卜祿士、英國駐上海總領事法磊斯和《泰晤士報》駐南京記者福來薩等。莫理循積極為袁世凱開脫，予以否認。“怎能想象，還有比認為袁世凱為了抵製遷都南京而策動兵變的看法更荒謬的事呢？”但他提不出有力的證據，唯一的證據是“直覺”。就像他直覺認為濮蘭德和巴克斯合著的《慈禧外紀》中的《景善日記》是假的一樣。從1911年11月16日至1912年2月29日兵變之時，莫理循與袁世凱關係密切，對袁世凱有一定的了解，正像他了解唐紹儀與袁世凱之間的默契一樣。作為一個西方人，他不了解袁世凱表麵不接受總統職位的隱衷，但他內心完全清楚袁世凱已經深入地介入共和運動。此次兵變，莫理循也是憑直覺認為非袁世凱指使。但他沒有證據。據徐世昌回憶：“中山推薦項城為總統，力持建都南京，選出後南方派蔡元培等來京歡迎項城到南京就職，不料北方軍人憤憤不平。其某公子與左右親昵者，密謀由曹錕所統第三鎮駐京各營撞入東華門，強挾項城入宮正大位。惟不敢與馮國璋所統之禁衛軍接洽，二十九日夜發動後，為禁衛軍所遏，不得逞，遂搶燒東華門一帶……實則事前項城毫無所聞，人謂出於項城指使者，非也。”一些學者也否認袁世凱指使兵變，如美國學者恩斯特·楊認為：“盡管不可能證明袁世凱對嘩變沒有責任，但有證據表明，沒有他的鼓動，嘩變也是很容易發生的。”台灣學者吳相湘先生推論：“袁既留戀老巢，則更加鞏固之，比較唆使兵變以破壞之，要為得計。且北京、天津、保定等地自經1900年拳亂及八國聯軍大破壞，創痍滿目元氣迄未恢複，黃台之瓜豈堪再摘？抑袁在民間之信仰，即由1900年拳亂時能獨肩維持治安之責任。南北和議之成功，民間對此種信賴心理尤為重要因素。英國之促成和議亦因體認袁強有力可以控製局勢不致發生擾亂，是則無論對內對外，袁及袁之謀臣於此均不應忽視或違背，若謂小試其計可資藉口即適可而止，則未免視袁若神能放能收，而不知星星之火可以燎原。兵猶火也，能輕視乎？”
順帶一提的是，莫理循兩次見證了在北京發生的變亂。一次是袁世凱遇革命黨炸彈襲擊，另一次就是這次兵變，並且都留下了詳細的記錄。1912年1月16日，袁世凱晉見隆裕太後，以當時的形勢說明清廷大勢已去，要隆裕太後召開皇族會議，“速定方針”，隱含著威脅他們及早退位。當他晉見完畢經東華門大街回家時，在王府井丁字街遭遇了革命黨人的炸彈。張先培、楊禹昌等革命黨人不滿袁世凱與清廷拖拖拉拉的談判，企圖暗殺袁世凱，迫使清帝退位。莫理循住在東華門大街附近，當時他和秘書站在他們的寓所外等待袁世凱的馬車通過。突然傳來爆炸聲，街道的一角頓時冒出滾滾濃煙。莫理循馬上意識到有人投擲炸彈。他成為親曆這場炸彈襲擊案的外國人。他寫道：
一匹馬衝過追趕的人，片刻沉寂之後，隻見袁世凱乘坐的馬車在衛兵的保護下迅速從出事地點衝出來。袁世凱的馬車從我們麵前一晃而過，看到他坐在裏麵……感謝上帝，他安然無恙……我迅速向出事地點的街角跑去。被炸斷的電話和電報線散落在地，糾纏在一起。士兵和警察迅速控製了出事地點，一隊士兵向靠近街角的第三所房子衝過去……一個衛兵倒在馬路正中間……一股股鮮血不斷湧出……一名肇事者很快就被逮捕了……一個來自蒙古賣聖經的商人和我是現場的第一目擊證人星、竇坤譯：《北京的莫理循》第345～346頁。福建教育出版社，2003年版。
炸彈案加劇了清廷皇族的恐懼心理，也為清帝早日退位起了助推的作用。2月12日，清朝皇帝下詔退位，統治中國267年的清王朝結束了它的曆史。這時國都的地點問題成為了需要麵對的議題。北洋軍第三鎮的兵變正是為此而來。
2月29日傍晚，莫理循正要離開俱樂部時，突然聽到一陣槍聲，他聽到有人說“哈德門發生了槍戰”。莫理循奔回寓所，隻見“傭人們站在門口，情緒相當激動……看見躁動的士兵從我的門前向北跑去。街道西邊我住所北側的大雜院著火了，整個街道布滿了士兵，而所有的警察都不見蹤影。第三鎮士兵發生了兵變並實施搶劫，他們正對這座古老的城市進行洗劫。到處都是呼嘯的子彈，但似乎沒有人受傷。後來我們才明白開槍隻是為了恫嚇而已”。
這場兵變的結果是，袁世凱取消了南行，且得到南方革命黨的認同；確定北京為臨時政府的地點；袁世凱在北京宣誓就職。3月10日，袁世凱在外交部禮堂就任中華民國臨時大總統。下午2點，莫理循應邀參加了就職典禮，見證了這一曆史性的時刻。1913年10月10日，袁世凱就任正式總統時再一次邀請莫理循蒞臨，莫理循作為見證人保留了發給他的邀請券。
從莫理循在辛亥革命爆發後對中國政局的作為觀察，他所做的這六件事。可以說有的起到了一定的作用，他關於由清廷自己支持任命袁世凱當總統的提議有可能也對袁世凱有所啟發。但是，作為一個記者，他主要依靠的還是《泰晤士報》，也就是通過新聞報道實現他對袁世凱的支持。新聞報道是他的職業，也最能體現其自身價值。這也可以說明為什麼袁世凱在會見他時“以感激的心情談起《泰晤士報》給予他的協助”，並說自己能夠當上總統多虧了莫理循的幫助。