第一，改革政治製度。
商鞅變法是一場政治製度的深刻變改，這種製度變革在商鞅變法中表現在四個方麵：
1.中央集權製的雛形
商鞅在秦孝公的支持下，合並鄉邑為縣，每縣設立縣令、縣丞，在全國設立了三十一個縣，每個縣又都安排了縣令、縣丞（集小鄉邑聚為縣，置令、丞，凡三十一縣——《商君列傳》，《秦本紀》是四十一縣），縣令、縣丞必須由國君直接任命。
這項製度看起來並不起眼，隻是合並了一些行政區劃，但是，它的內容絕非那麼簡單。把國家的基層政權設置為縣，由國君直接任命縣令、縣丞，這一套基層政權的建製剛好是秦始皇統一帝國後在全國範圍內設立郡縣製的雛形。此項措施具有兩個劃時代的重大意義：一是基層政權的長官由國君親自任命，而國君直接任命從中央到地方的官吏，是中國兩千多年中央封建集權製的肇端。二是它初步打破了世卿世祿的世襲製，直接催生了官僚製。
2.官僚製的雛形
西周、東周時期，從天子、諸侯到卿大夫、士，他們的爵位、封邑、官職都是父子相承的，這項製度被稱為世襲製，它的基礎是血緣宗法關係。其中，爵位和官職的世襲叫世卿，封邑的世襲叫世祿。世卿是政治地位，世祿是經濟地位。世卿世祿製和分封製、宗法製是三位一體、相輔相成的。
這種世襲的次數從理論上講是無限的，除非改朝換代或者擁有這個爵位、官職的家族在政治鬥爭中失敗。但是，世卿世祿製度存在著很大的弊端。
世卿世祿製度嚴重阻礙了優秀人才進入高官階層。在世卿世祿的製度之下，貴族享有世代任職高官的特權，不少優秀人才無法脫穎而出，一直沉淪下僚。一個沒有社會精英不斷補充進來的政權，一個沒有新鮮血液的政權，必然不可能是高效的政權。數代世襲的領導者遂大多泯為平庸無能之輩，而一旦精明強幹的卿士出現，則國君的權威有可能被消解。
世卿世祿的結果是，產生了一批尾大不掉的卿士，他們把持朝政，瓜分國君的權力，成為不少諸侯國分裂的根源，比如晉國的六卿，相互吞並為韓、趙、魏三卿，最終韓、趙、魏三家瓜分了晉國。一個強大統一的晉國消失了，代之而起的是三個小國。強大而統一的晉國擋住了秦國的東擴之路，而代之而起的三晉，由於相互之間的爭奪，相互之間的消耗，誰都沒有能力阻擋秦國的東擴之路。如果秦國不施行商鞅變法，也可能出現尾大不掉的世襲卿士，最終將秦國瓜分為若幹個小國，那麼，秦國的東擴隻能是一種夢想。幸運的是，商鞅變法催生了中央集權製，從中央大員一直到各級地方官員，都不可能成為擁有權力瓜分秦國的卿士。
3.軍功爵製
廢除世卿世祿製度建立官僚製絕不是一件輕而易舉的事，它有兩個重要問題：一是利益受到直接損失的世襲貴族會竭力反抗，二是究竟是否有一套合理的可以代替世卿世祿的配套製度，這也正是商鞅改革的關鍵所在。
商鞅采用了當時最能調動全國人才積極性的軍功爵製代替世卿世祿製。
商鞅製定的軍功爵共十八級（也有學者稱二十級），從最低的功士到第十八級的大庶長（第十九級是關內侯、第二十級為徹侯）。“有軍功者各以率受上爵”，這個“率”怎麼計算呢？就是以敵人的首級為標準，獲取了敵人的首級就可以得到上一級的爵位。
軍功爵製具有雙重效力。一方麵，“宗室非有軍功，論不得為屬籍”。所謂“論不得為屬籍”，就是貴族若沒有軍功就不能成為宗室成員；另一方麵，平民有了功勞，也可以獲得相應的爵位。這樣，既限製了宗室貴戚的勢力，又為社會下層的人打開了一條通往上層社會的可行通道。
由於軍功爵製向所有的人敞開了一條晉升大道，人人都可以通過獲得軍功爵而進入官僚階層，所以，它得到了大多數非貴族階層人群的堅決擁護。
由於有了軍功爵製，在政治上，按照爵位的高低分別貴賤（明尊卑爵秩等級）；在經濟上，按照爵位的高低分配財富（各以差次名田宅，臣妾衣服以家次）。即使是貴族，也隻能是“有功者顯榮，無功者雖富無所芬華”。這種製度的建立使得社會財富的分配有了一個嶄新的標準。
對於出身下層社會的人來說，軍功。爵製為他們提供了一個通向權力與富貴的道路；但對於舊貴族來說，軍功爵製限製了他們僅憑血統就可以享受特權的待遇。因此，商鞅施行的軍功爵製受到秦國舊貴族激烈的、不遺餘力的反抗。
但是，從總體上說，軍功爵製激發了整個秦國社會潛在的巨大活力。
4.連坐製
商鞅變法是一場波及麵相當廣泛的社會變革，它不僅削弱了貴族的世卿世祿製度，同時也大大強化了對全國百姓的監管。具體措施是連坐法，即全體居民每五家編為一伍，十家為一什，一家犯法，十家連坐（令民為什伍而相收司連坐）。各家之間要相互監督，告發奸人，告奸者和殺敵者賞爵相等。如果不告奸人，則以腰斬處死（不告奸者腰斬，告奸者與斬敵首同賞）。反之，掩護奸人的人和戰場上投敵的人受到一樣的處罰（匿奸者與降敵同罰）。
這種連坐製是以什伍株連的恐怖手段恫嚇全國百姓，將全國百姓都編織在同一個政治密網之中，便於施行中央集權。
商鞅變法十年，“道不拾遺，山無盜賊”，“鄉邑大治”。這是在強大的政治高壓下出現的整個社會井然有序的麵貌。
第二，經濟製度。
商鞅變法首先是從富國開始的，也就是從經濟製度的變革切入的。商較怎麼樣讓秦國富起來呢？封建社會的經濟在於農業，所以商鞅首先從土地改革入手。
唐人杜佑《通典》（卷一）對商鞅變法的土地製度有一段經典的評述：
鞅以三晉地狹人貧，秦地廣人寡，故草不盡墾，地利不盡出。於是誘三晉之人，利其田宅，複三代無知兵事，而務本於內；而使秦人應敵於外。故廢井田製阡陌，任其所耕，不限多少。數年之間，國富兵強，天下無敵。
商鞅認為，韓、趙、魏三國（三晉）人多地少；秦國和他們相反，是人少地多，所以，秦國的土地沒有最大限度地發揮“地利”。應該如何解決這個問題呢？以利誘之。商鞅認為，用利益引導韓、趙、魏三國的人到秦國來，給他們土地、住宅，而且免去他們三代人服兵役的勞役，使他們專心務農。原來秦國的農民，讓他們當兵。當兵可以殺敵獲得軍功，比起種田來說利益大得多。
這樣做有什麼好處呢？
首先，打破井田製，使國家富強起來。
井田製是商周時代的土地製度。這種土地製度一是土地為國家公有，二是把方圓九百畝的土地按“井”字形劃分為九區，中間一區（百畝）為公田，其餘八區（八百畝）為私田，分授給八家農戶。公田首先由八家農戶集體種植收獲全歸國家，每家農戶再種植自己的百畝土地。西周時期實行這種製度，是因為生產力低，生產工具不發達，農戶也沒有更多的力量來耕種更多的土地。到了戰國時期，鐵製農具大大提高了生產力水平，而井田製限製了每戶農民的土地數量，他們不能多種地多打糧食，因此，也就抑製了農民的積極性。這種土地製度是和領主製度相配合的。
商鞅變法，首先是改一百步一畝為二百四十步為一畝，大大擴大了每戶農民的受田麵積。秦國“為田開鞅陌封疆，而賦稅平”。“阡陌”是井田的界線，“開阡陌封疆”，就是徹底改變原來的井田製；“賦稅平”，就是減稅，農民的負擔大大減輕。這樣做的結果是大大調動了農民種田的積極性，地種得好，帛產得多，還可以受獎賞（耕織致粟帛多者，複其身）。努力務農、精耕勤織而獲得糧食、布帛豐產的，可免除本人的徭役或賦稅。農民的生產積極性空前高漲。