李斯反駁，不對！趙高是個賤人，不懂事理，地位、權勢皆在一人之下萬人之上，此人卑鄙無恥貪得無厭，我認為他非常危險。
秦二世不但聽不進去李斯的話，而且擔心李斯會利用丞相之權殺死趙高，於是私下裏把李斯的話告訴了趙高。趙高聽後，對秦二世說，丞相最怕的就是我趙高。如果我趙高一死，丞相就真的成為齊國弑君奪位的田常了。
秦二世一聽趙高這話，立即下令逮捕李斯，並讓趙高審理李斯一案。
李斯一封實名舉報信讓他蹲進了秦國大牢。
李斯入之獄之後，悲憤填膺，仰天長歎，老淚縱橫。他此時的感情非常複雜：
一是冤屈。李斯出於對國難的憂慮才冒死進諫，當然這之中有自保的成分。但是，他沒有想到秦二世竟然是無道昏君，是殺關龍逢的夏桀，殺王子比幹的商紂，殺伍子胥的吳王夫差。而且，秦二世的昏庸超過了夏桀、商紂、夫差！
二是憤怒。秦二世殺兄弟，害忠良，大修阿房宮，橫征暴斂，天怨人怒。國家穩定在於安民，如今無限度擾民，天下百姓已經極度不滿。自己是為大秦帝國江山社稷考慮才冒死進諫，竟然被捕入獄，憤怒之情難以言表。
三是焦慮。李斯認為，天下造反者已經過半，但是秦二世仍不覺悟，仍重用趙高，殺戮忠臣，看來大秦帝國不久必亡。李斯是大秦帝國的創建者之一，大秦帝國的生死存亡又和他自己的身家性命息息相關，他能不焦慮嗎？
不管李斯如何一心為國，審理此案的趙高卻必致李斯於死地。
李斯不是一般的臣子，他是大臣重臣，以什麼罪名殺李斯呢？
李斯與他的長子李由謀反！
趙高以此為罪名，抓捕了李斯的宗族、賓客。趙高對李斯用毒刑拷打，李斯實在受不了酷刑之痛，隻好被迫承認謀反（責斯與子由謀反狀，皆收捕宗族賓客。趙高治斯，榜掠千餘，不勝痛，自誣服）。
這次和李斯一塊兒向秦二世進諫的還有右丞相馮去疾與將軍馮劫。但是，馮去疾和馮劫認為自己身為將相，義不受辱，未入獄就自殺了。隻有李斯一人人獄。
李斯為什麼不自殺呢？
李斯希望出現奇跡。李斯憑什麼希望出現奇跡呢？
一是他自負文才出眾，二是他自以為功勞很大，三是他確無反叛之心。
他希望像當年上《諫逐客書》一樣，說服秦二世，一書定乾坤。所以，李斯寧可入獄也不自殺。
李斯在獄中寫成了一封史上著名的奏書。
這封奏書，正話反說，列舉自己協助秦始皇的“七大罪狀”：
一是兼並六國統一天下；
二是南平百越北逐胡人；
三是善待功臣擁立皇帝；
四是建立社稷修建宗廟；
五是統一製度統一文字；
六是修築馳道大興樓觀；
七是輕刑薄賦獲取民心。
上述七罪，足以處死，僥幸至今，已是萬幸，希望陛下明察。
李斯自述的“七條大罪”實際上是其協助秦始皇統一天下的七件大功，但是，這封奏書可不像《諫逐客書》一下就打動皇帝，根本未起任何實質作用。
為什麼呢？這封奏書可是李斯力挽狂瀾的最後一搏啊！
因為秦二世根本沒有看到這封奏書。
李斯的奏書報上去之後，趙高說，一個囚犯怎麼能上書？於是，扣壓奏書不上報。所以，李斯傾注了全部心血的奏書根本沒有送到秦二世的手中。
趙高可以扣壓李斯的奏書，但是，李斯身為丞相，這麼大的案子可不是主審官趙高一人說了就算的，秦二世會派人複審。
趙高精通秦法，當然知道這是必過的一道坎。所以，趙高派他的門客十多人假扮成秦二世的禦史、謁者、侍中，輪流審問李斯。
這些門客假扮成秦二世的複審官，提審李斯，李斯信以為真，立即翻供，實話實說。趙高知道後就讓人再用嚴刑拷打李斯，李斯這才知道上了趙高的當。這種貓捉老鼠的遊戲可不止玩了一次兩次，而是玩了多次，每一次都讓李斯付出了血的代價。
當秦二世真派人去驗證李斯口供時，李斯反倒以為又是趙高的鬼把戲，不敢再翻供，而是認罪服罪。使者彙報秦二世。秦二世高興地說，沒有趙君，我幾乎被丞相出賣了（後二世使人驗斯，斯以為如前，終不敢更言，辭服。奏當上，二世喜日：微趙君，幾為丞相所賣）。秦二世再派使者到達三川郡調查李由時，李由已經戰死。
秦二世證實李斯承認謀反後，李斯的“夷三族”罪自然成立。
秦二世二年（前208）七月，李斯在鹹陽被“夷三族”，走完了他一生流血的仕途。
李斯是兩朝老臣，又曾經幫助秦二世登上皇帝的寶座，究竟是什麼原因導致李斯的非正常死亡呢？
有三大原因：一是遇到野心勃勃的趙高；二是李斯自身難辭其咎；三是難以抵抗皇帝製度。
先說趙高的野心勃勃。
趙高之所以能夠發動沙丘政變，很大程度上是因為得到了李斯的支持。
所以，李斯與趙高同因沙丘政變而受益。李斯原來是秦始皇的丞相，手握大權，沙丘政變隻是保住了李斯的丞相之位，其他無變化。趙高則不同，他在秦始皇手下雖受信任，但他是近臣而不是重臣。地位、權力、聲望都遠遠不及李斯。所以，趙高在沙丘政變中的受益遠遠大於李斯。沙丘政變之後他當上了地位特殊的郎中令。
但是，趙高的野心並未得到滿足，相反，他的野心越來越大，李斯也成為他“進步”路上的絆腳石。所以，趙高才設計陷害李斯，借此除掉他，以便取而代之。
趙高設了一個套，麵見李斯，建議他向秦二世進諫，這恰恰是李斯此時最願意向秦二世講的。所以趙高一說，李斯立即答應。之所以答應，一是李斯早有此念，二是趙高的恭維使李斯誤以為勸諫秦二世是身為重臣的自己最該做的事。但是，李斯萬萬沒有料到這是一個巨大的政治陷阱。趙高偏偏在秦二世和嬪妃們最親熱的時候通知李斯進諫，三次打斷秦二世的興致，惹得秦二世極為不滿，趙高的目的就是為了讓他憎惡李斯。
李由在戰場上的失誤給了趙高一個理由，最終成為除掉李斯的一個突破口。
李斯死後，秦二世拜趙高為中丞相，國事無論大小，一律取決於趙高。
趙高的目標至少是成為威震天下的權臣、重臣。李斯在位，趙高目的難逞，所以，不僅蒙毅、蒙恬兄弟在必誅之列，李斯也在必誅之列。但是，李斯直到趙高向自己開刀之時才發現趙高的陰謀，其時，李斯想通過以攻為守保全自己，但是為時已晚。
論政治才幹，趙高根本不能和李斯相提並論；論搞陰謀詭計，李斯遠不及趙高。趙高看出了秦始皇留下的政治漏洞，將胡亥、李斯一個個先後製服，實現了沙丘政變，最終又設計殺害了李斯。
再說李斯難辭其咎。
第一，他助紂為虐篡改遺詔。
人生在世不可能不犯錯誤，但是，有的錯誤可以挽回，有的錯誤則終生無法挽回。李斯在沙丘政變中背主變節，直接導致昏庸無道的胡亥繼承帝位。這一大錯一旦鑄成就難以改變了。李斯變節雖然出於無奈，但是，背主變節讓胡亥這樣一個人登上皇帝之位，鑄成大錯。胡亥殺扶蘇、誅兄妹、戮功臣，把李斯的政治盟友一個個送上了斷頭台。當趙高所有的政敵都被殺戮殆盡之時，李斯就成了他最後的屠殺對象。
李斯身陷囹圄之時，仰天長歎，慨歎人世不公，但是，與其詛咒黑暗，不如點燃光明。詛咒黑暗，並不能清除黑暗；點燃光明，方能使黑暗消失。