魏晉南北朝時期也是一個長期的戰亂年代，漢末的戰亂，三國的紛爭，西晉統一不久發生的“八王之亂”，西晉的滅亡與晉室的東遷，接下來北方十六國的混戰，南方東晉王敦、桓玄等人的作亂，北方北齊、北魏、北周等朝代的一次次更迭帶來的鬥爭，南方宋、齊、梁、陳幾個朝代的更迭帶來的爭鬥，以及梁末的侯景之亂，再加上東晉、南朝的北伐，北朝的南攻，在三百多年裏，幾乎沒有多少安寧的時候。戰亂和分裂，成為這個時期的特征。這與春秋戰國時代相比有過之而無不及，但是，我們從這時期最顯著的思想也就是玄學來看，不管是世界觀還是人生觀都是對先秦道家思想的發揮，沒有擺脫掉老莊思想的影子，也就算不上獨創。
別樣地看待詮釋人生的佛教，的確與先秦諸子百家的思想大相徑庭。但這種外來宗教思想，更算不上中國本土思想的建樹了。但佛教的普及速度和為人民接受的程度實在是其他思想所不及的，因此，在玄學佛教興起的時代，儒家的正統地位一度受到挑戰。
很多學者說，唐朝是思想平庸的盛世。沒錯，原因很簡單，因為魏晉南北朝儒學的發展已經為唐代準備好了思想工具，李氏家族要做的就是整理和施行罷了，這才有了孔穎達編著的《五經正義》作為唐代國家思想，《五經正義》中的思想大多由漢晉大儒完成，尤其是鄭玄的功勞最大。唐初與明初比較類似，國家在做的是執行前哲的思想。而佛學思潮在唐朝達到了鼎盛時期，道教被奉行為國教，儒學思想的地位受到威脅。此時，古文運動興起，代表人就是韓愈，他排斥佛教思想，倡導恢複中國儒家思想的傳統，其門人李翱在作品《複性書》中以《中庸》的理論為基礎，提出“性善情惡”的人性論，認為隻要加強道德修養，消除情欲的幹擾，便可恢複人的本然之性，便可成為聖人。我們可以看到，儒學的發展越來越精微，但是這也是對於前哲的繼承而已。大唐盛世，是一個和平年代，所以沒有新思想誕生的土壤和機遇。
最值得我們再驕傲一番的，就是宋明（包括元清）理學的產生，其中對後世影響最深的一個派別就是程朱理學。其由北宋二程（程顥、程頤）兄弟開始創立，其間經過弟子楊時，再傳羅從彥，三傳李侗，到南宋朱熹完成。程朱理學在南宋後期開始為統治階級所接受和推崇，經元到明清正式成為國家的統治思想。二程把“理”或“天理”視作哲學的最高範疇，認為理無所不在，不生不滅，不僅是世界的本原，也是社會生活的最高準則。在窮理方法上，程顥“主靜”，強調“正心誠意”；程頤“主敬”，強調“格物致知”。在人性論上，二程主張“存天理，滅人欲”，並深入闡釋這一觀點使之更加係統化。二程學說的出現，標誌著宋代理學思想體係的正式形成。
南宋的朱熹認為，太極是宇宙的根本和本體，太極本身包含了理與氣，理在先，氣在後。太極之理是一切理的綜合，它至善至美，超越時空，是“萬善”的道德標準。在人性論上，朱熹認為人有“天命之性”和“氣質之性”，前者源於太極之理，是絕對的善；後者則有清濁之分，善惡之別。人們應該通過“居敬”、“窮理”來變化氣質。朱熹還把理推及人類社會曆史，認為“三綱五常”都是理的“流行”，人們應當“去人欲，存天理”，自覺遵守三綱五常的封建道德規範。朱熹學說的出現，標誌著理學發展到了成熟的階段，建立了一個完整而精致的客觀唯心主義的思想體係。
宋元明清時期，曆代統治者多將二程和朱熹的理學思想扶為官方統治思想，程朱理學也因此成為人們日常言行的是非標準和識理踐履的主要內容。在南宋以後六百多年的曆史進程中，程朱理學在促進人們的理論思維、教育人們知書識理、陶冶人們的情操、維護社會穩定、推動曆史進步等方麵，發揮了積極的作用。同時，它對中國封建社會後期的曆史和文化發展，也有巨大的負麵影響。不少人把程朱理學視為獵取功名的敲門磚，他們死抱一字一義的說教，致使理學發展越來越脫離實際，成為於世無補的空言，成為束縛人們手腳的教條，成為“以理殺人”的工具，從而反映出它的階級和時代的局限性。
不難看出，程朱理學是以儒學為宗，吸收佛、道，將天理、仁政、人倫、人欲內在統一起來的學說，是儒學發展的重要階段，適應了封建社會從前期向後期發展的轉變，也是封建專製主義進一步增強的需要。程朱理學使儒學走向政治哲學化，為封建等級特權的統治提供了更為精細的理論指導，成為南宋之後的官學。