奎章閣下設藝文監，專門負責將儒家典籍譯成蒙古文字，以及校勘。同年編纂《元經世大典》，兩年後修成，為元代一部重要記述典章製度的巨著。元文宗在位期間，丞相燕帖木兒自恃有功，玩弄朝廷，導致大元朝政更加腐敗。
元文宗於1332年去世前，遺詔立年僅7歲的懿璘質班為帝，是為元寧宗。但元寧宗僅在位不到兩個月即去世，不久後燕帖木兒也去世。元明宗的長子妥歡貼睦爾被劄牙篤汗皇後卜答失裏從靜江召回並立為帝，是為元惠宗，又稱“元宣仁普孝皇帝”。
蒙古統治階級內部卻在為爭權奪利而互相征戰，也加速了帝國的衰落。此外，由於元朝後期，蒙古統治者變本加厲向漢人收取各種名目繁雜的賦稅，漢人被壓迫得更為嚴重，導致了各地的起義。
1351年，元惠宗執政時，派賈魯治黃河，欲歸故道，動用民夫15萬人，士兵2萬人。而官吏乘機敲詐勒索，造成不滿。
於是，白蓮教首領韓山童、劉福通等人決定在5月率教眾發動起事，但事泄，韓山童被捕殺，劉福通帶韓山童之子韓林兒殺出重圍，指韓山童為宋徽宗八世孫，打出“複宋”旗號，以紅巾為標誌。
其後，江淮地區的紅巾軍領袖郭子興等人也紛紛加入。彭和尚也在湖北扶助徐壽輝起義。至此揭開了大元滅亡的序幕。
蒙古政府派兵鎮壓各地紅巾軍，一度取得了很大的勝利。至1354年，脫脫率軍圍攻高郵起義軍張士誠部，被朝中彈劾，功虧一簣。
1356年至1359年，朱元璋繼承了病逝的郭子興的地位，並不斷擴充自己的勢力，擊敗陳友諒等其他南方起義軍和南方大元勢力，攻占了江南的半壁江山。
1367年，朱元璋開始北伐。在大將徐達、常遇春等的協助下，於1368年8月攻克通州。元惠宗於此前倉皇北逃，次年4月病死於應昌。徐達率軍攻陷元朝首都元大都，標誌著元朝作為全國性政權結束。
元朝經濟整體生產力雖然不如宋朝，但在生產技術，墾田麵積，糧食產量，水利興修以及棉花廣泛種植等方麵都取得了較大發展。
為了適應商品交換，元朝建立起世界上最早的完全的紙幣流通製度，是我國曆史上第一個完全以紙幣作為流通貨幣的朝代，然而因濫發紙幣也造成通貨膨脹。商品交流也促進了元代交通業的發展，改善了陸路、漕運，內河與海路交通。
元朝有名的天文學家有郭守敬等人。郭守敬等人修改曆法，主持編訂的《授時曆》，沿用了360多年，這是人類曆法史上的一大進步。
元朝文學以元曲與小說為主，戲曲、小說第一次取得了主導地位。元曲興盛，最後成為與漢賦、唐詩、宋詞並稱的我國優秀文學遺產。江南則出現以浙江為中心的文人階層，孕育出《三國演義》和《水滸傳》等長篇小說，自由奔放的文人如倪瓚等人。