直至1904年，甘肅省府才下令敦煌的經卷就地保存。可遺憾的是，這一決定沒有得到貫徹和落實。
據後來的專家考證，敦煌莫高窟藏經洞原本並非用於藏經，而是用於紀念。原是附屬於第16窟的一個小洞，專家考證時被編號為第17窟。
藏經洞為正方形，邊長3米，四麵牆高2.6米，窟頂為覆鬥形，最高處離地約3米。洞內西壁南端有一龕，內嵌一座高1.5米、寬0.7米的石碑，俗稱“洪辨碑”。迎著洞門緊靠北壁的地上築有一個低壇，壇上放著一尊彩色僧人塑像，塑像背後的北壁上有壁畫。
這尊塑像是唐代洪辨和尚的塑像。塑像栩栩如生，連眼角魚尾紋都清晰可見，據推測，它是洪辨圓寂後弟子們依照其生前模樣塑造的真人像。那個低壇就是洪辨坐禪的禪床。因此藏經洞實際上是洪辨的影窟，相當於世俗的宗廟和祠堂，是為紀念而設。
洪辨和尚俗姓吳，即敦煌人俗稱的“吳和尚”。據史料記載，唐大中年間的848年，敦煌富紳張議潮聚結漢族、回紇族、羌族、吐穀渾族等各族受盡吐蕃欺淩的民眾，乘吐蕃內亂，一舉收複瓜州和沙州。後來張議潮歸順唐王朝，受封為節度使，而洪辨和尚也因功受到朝廷冊封，成為“河西都僧統”。
藏經洞出土文書多為寫本，少量為刻本，共有5萬餘件。其中，漢文書寫的約占六分之五，其他則為古代藏文、梵文、齊盧文、粟特文、和闐文、回鶻文、龜茲文、希伯來文等。文書內容主要是佛經，此外還有道經、儒家經典、小說、詩賦、史籍、地籍、賬冊、曆本、契據、信劄、狀牒等，其中不少是孤本和絕本。
這些藏品的製作年代上起東晉初，下至北宋中期，其中數量最多、價值最大的是古代經籍文書，被稱之為“敦煌文獻”。
敦煌文獻的內容，涉及到天文、曆法、醫藥、曆史、地理、政治、經濟、軍事、外交、宗教、社會、民俗、民族、哲學、邏輯、經學、諸子、文學、曲藝、戲劇、音韻、語言、文字、音樂、舞蹈、繪畫、書法、翻譯、王朝律令、地方法規、均田文書、爭訟、婚姻、結契、農業、水利、畜牧、獸醫、印刷、裝幀、商業、貨幣、會計、旅遊、紡織、冶鑄、建築、檔案、交通、通訊、占卜、相術、榜示、轉帖、印章、模拓、拓印、花押等等，範圍之廣，幾乎無所不包。
敦煌發現的這些典籍，是了解古代社會、文化和美術的重要依據。它博大精深，取之不盡，大大豐富了敦煌文化的內涵，在此基礎上，形成了一門新的學問，即敦煌學。
另外，藏經洞的文獻資料不僅限於我國和漢民族，還涉及到我國境內不少的古代民族，如匈奴、烏孫、羌族、樓蘭、龜茲、於闐、粟特、突厥、吐蕃、回鶻，以及印度、巴基斯坦、阿富汗、吉爾吉斯、哈薩克斯坦、波斯等國，具有極大的國際意義。