也有學者提出，食菜事魔教的信仰者並不會誤讀佛經，《雞肋篇》等史籍這樣描述起義農民對佛經的錯讀，實是對方臘起義的誣蔑。
四是方臘起義失敗被誰擒獲。許多學者根據蘇州靈岩山《韓忠武王世忠中興佐命定國元勳之碑》，認為方臘就擒於韓世忠。碑文詳細記載了方臘在青溪幫源洞被俘的經過：韓世忠時為王淵裨將，率軍潛行溪穀間，詢問村婦路徑，終於到達洞口。即挺身仗戈而前，越險數裏，直搗巢穴，先抓縛八大王，格殺數人後，遂擒獲方臘，並縛俘以出。這段碑文收入《名臣碑傳琬琰集》，與《容齋逸史》的記載也可相印證。後來，《宋史·韓世忠傳》、《宋史紀事本末·方臘之亂》以及《續資治通鑒》諸書都采用這一說法。
然而許多史籍卻說方臘為陝西名將辛興宗等捕獲。《東都事略·徽宗紀》載，宣和“三年……夏四月，庚寅，童貫以其將辛興宗與方臘戰於青溪，擒之”。《宋史·徽宗紀》亦載：“忠州防禦史辛興宗擒方臘於青溪。”《續通鑒長編紀事本末》卷一百四十一載，官軍合圍擊敗方臘起義軍，在“翌日搜山”中“王稟、辛興宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。《皇朝編年綱目備要·徽宗皇帝》也說：王“稟尋及辛嗣宗、楊惟忠生擒方臘於幫源山東北隅石澗中”。此“辛嗣宗”應是“辛興宗”之誤。應該說，載“辛興宗擒方臘”的史籍並不少於載“韓世忠擒方臘”者，是否因為韓世忠以後成為中興名將，後人便將此功往名將身上攬呢？然而《宋史紀事本末·方臘之亂》又這樣講述：韓世忠率兵入洞“擒臘以出，辛興宗領兵截洞口，掠為己功”。《續資治通鑒》也采此說法。當時辛興宗為剿方臘官軍的主將之一，而韓世忠隻是裨將，那麼是否主將在掠取裨將之功呢？
有學者根據《桂林方氏宗譜》所載徐直之的《方庚傳》，認為方臘是為方庚所誘捕。其如是說：宣和三年四月，起義已大部被官軍鎮壓，就是沒有捕得方臘。不離方臘左右的方京，一次出洞尋食品，被方庚抓住，方庚以利誘之，使方京回去騙方臘，說：“剛出洞，就看到兩個太陽在相鬥，天象如此，不是在說聖公要東山再起嘛！”並請方臘出洞觀看，方臘以為是真的，便走出幫源洞以觀日影，方庚正埋伏了打手，將方臘生擒，獻給官軍。這簡直就是一篇傳奇小說的片斷，你覺得可信嗎？而清人方象璜的《重修桂林方氏宗譜敘》是說，方庚奔命江淮，迎領官軍，為韓世忠軍向導，乃誘擒方臘，並其黨羽。方庚本人在《上鄭寺丞劄子》中也說：“投身軍前，為之鄉導，大破賊徒，安複州縣，立功非一。”這好像有一些可能，然也隻是韓世忠軍的向導，其作用有多大呢？
有學者根據範圭《宋故武功大夫河東第二將折公（可存）墓誌銘》，認為也可能是折可存捕獲了方臘。銘文說：折可存率三將兵，奮然先登，將士用命，方臘被擒，遷官武節大夫。有學者指出，據《宋史·楊震傳》，楊震雖“從折可存討方臘”，但折可存當時率軍是在浙東一帶鎮壓呂師囊等部，沒有參加圍剿幫源洞的戰鬥，所以銘文不可信，不如理解為：方臘起義被鎮壓後，折可存官升武節大夫。另外，《輿地紀勝》卷八說：“宣和初，臘陷睦州，命劉光世、姚步仲擒之，斬於都下。”似乎方臘是被劉光世、姚平仲二將擒獲的。其實，查有關史籍可知，劉光世當時正率部攻打衢、信等州，俘獲鄭魔王，後又攻下龍遊、蘭溪、婺州等地。姚平仲也正率部征討浙東一帶，四月下旬才攻下浦江縣。兩將都不可能參加四月下旬圍剿幫源洞的戰鬥。
此外，據《嚴州府誌》等書記載，擒獲方臘者，還有王馬、餘木杓、餘宗德諸將，但也均沒有多少確鑿的證據。另有方臘就擒於宋江說，由於宋江是否投降官軍都還存在疑問，所以此說更懸，且看另一專節的分析。
《容齋逸史》究竟是誰做的
“容齋”是南宋著名學者洪邁的號，所著《容齋隨筆》，史料價值頗高，曆來為史家所重。《容齋逸史》記載了方臘起義過程中的兩件重要史事，多年以來，人們一直以為《容齋逸史》也是洪邁的作品。20世紀70年代開始，史學界有人懷疑它的可靠性，認為它可能是一部偽作。
《容齋逸史》是宋方勺《青溪寇軌》附載的兩則文字。一則是記載方臘起義的始緣及其被官軍鎮壓的經過，其中對方臘“漆園誓師”的演說與經過，描述得非常生動而具體。另一則是記載宋代摩尼教的有關情況及其與方臘起義的關係，其中對該教的一些教規和習俗進行了頗為詳盡的介紹。如談到其教“又謂人生為苦，若殺之是救其苦也，謂之度人，度人多者，則可成佛。故結集既眾，乘亂而起，日嗜殺人，最為大害”。令人毛骨悚然。
懷疑論者認為，從未見洪邁使用過“容齋逸史”這個名稱，他本人更沒有提到過有這本著作，在他的《容齋隨筆》和《夷堅誌》中也找不到相關文字的記載。洪邁作為洪皓的兒子，又累官中書舍人、翰林學士，學識博洽，論述弘富，曆宋徽、欽、高、孝、光宗五朝，享年八十，在南宋時名聲已很大，其議論、記事常為史家所采摘引用。然而，南宋以來許多曆史著作記述方臘起義事跡，多引用方勺《泊宅編》的材料，《容齋逸史》中這些極其重要的記載卻從未被轉引過，或者說此書在南宋時竟無人知曉。再者，《容齋逸史》中方臘在“漆園誓師”的演說詞，不像是一個普通傭工的口吻，倒像是士大夫的一篇政論。其後麵談到方臘起義與摩尼教的密切關係，但在其鼓動起義的演說詞中卻毫無相關的宗教內容。誓師時還“椎牛釃酒”、“飲酒數行”，與其信奉的食菜事魔教的教規不符。此外，其中對某些基本史實也有說錯，如寫到方勺著《泊宅編》時，韓世忠“猶未知名”。實際上當時已是南宋紹興年間，韓世忠已為戰功顯赫的中興名將了。總之，從種種跡象看，《容齋逸史》不是洪邁的作品，既然作者是偽托的，其前一則史料的可靠性就要大打折扣了，而其後一則史料其實主要是節錄自南宋莊綽的《雞肋篇》。