元代實行四等人製和戶籍製度，四等人製是按種族劃為四個等級。色目人中即包括回回，是元代四等人中的第二等，當時回回的地位一般高於漢族。這種特殊的政治地位，以及元代對少數民族的寬鬆政策，都促進了回回人的壯大。元代回回人與唐宋“蕃客”最大的差別在於，元代回回人以中國為家的觀念大大增強。元中期後，回回人改用漢姓的逐漸增多，普遍學習漢文、漢語，阿拉伯語和波斯語隻作為官方語言和宗教語言。
元代時期，回回人在政治、經濟、文化方麵出現了一大批傑出人物，為元代作出了重要的貢獻。回回人在元朝立國的90多年中，擔任過朝廷宰相（包括左右丞相、平章政事、左右丞、參知政事等）的就有16人，擔任過各行省官的多達32人。
回回中的貴族、官宦、學者及商人的活躍，對於元朝的開國和中西交通的開拓，以及軍事、政治、經濟諸方麵都有很大影響。因為回回人在政治、軍事、經濟、學術上都有相當高的地位，這一階段，他們在中國各地的分布和在各項事業中為自己的長期發展打下了根基，回回群體在這時都不再以客人自居。同時因為他們的宗教信仰是伊斯蘭教，進而使伊斯蘭教隨著他們的定居而在中國本土上紮了根。
元代是回回人不斷融合其他民族擴充本民族的時期，也是中國回族共同體逐漸形成的時代。早期中國回回人隻限於中東地區阿拉伯人和波斯人，但共同的伊斯蘭信仰和文化，使回回人的範圍擴大到伊斯蘭化的突厥人中去，進而使一些原先不信仰伊斯蘭教的阿速人（原居於北高加索的伊朗人，綠睛回回）、吉普賽人（羅哩回回）、猶太人（術忽回回）、蒙古人（阿難答部眾）加入了回回人的行列。
蒙古人因皈信伊斯蘭教而融入回回人的例子中，阿難答是一個很好的實例。據《多桑蒙古史》記載，元世祖忽必烈之孫阿難答，自幼為一穆斯林撫養長大，信仰伊斯蘭教並潛心研究《古蘭經》和攻讀阿拉伯文，至元十七年（1280年）繼安西王位之後，在其轄地河西、關隴地區及所部蒙古軍民中傳播伊斯蘭教，廣建清真寺，實施回回曆，“所部士卒十五萬人，聞從而信教者，居其大半。”
此外，北宋從印度孟買等地區來中國經商僑居開封的猶太人，因其習俗與伊斯蘭教有相似之處，又以青布纏頭，被稱為“青帽回回”或“藍帽回回”。蒙古族西征時，征服了講波斯語的部落阿速人。阿速人原信奉東正教，進入中原後組成阿速軍，被稱為是“綠睛回回”。
在曆史的長河中，相當一部分少數民族融入到了今天的回族當中，尤其是當時的猶太人，由於宗教上的親近關係，後來成為穆斯林的較多。同時其他一些被稱為回回人的基督教徒、祆教徒也改信了伊斯蘭教，成了今天回族的早期先民之一。
在回族的族源上，還有許多非阿拉伯、波斯和中亞的人種，比如“羅哩回回”，這是元代對吉普賽人的稱呼；另有宋元時寓居在占城（今越南中南部）的穆斯林即“占城回回”，後來許多也遷居中國；而“昆侖回回”（“黑回回”）則是對今中印半島南部和南洋諸島上屬於馬來人種的穆斯林的稱呼。
在元朝中期後，回族的特點和生存成長條件處於不斷形成完善之中，回回人為適應社會生存發展需要，開始采用漢姓、漢名，並在日常生活中使用漢語。與外族通婚十分普遍，由於不斷融合外族和自身的繁衍，在人數上不斷增多，在中國本土出現了“元時回回遍天下”之狀。在元代，回回人事實上成了在中國居住的信仰伊斯蘭教的各色人種的總稱。
（三）明代時期（1368～1644年）中國回族共同體形成
明朝是中國曆史上傳統的君主宗法達到頂峰的時期，在經濟上，出現了許多近代化的因素。明朝人思想空前解放，追求權利，追求個性，追求功利，對傳統社會構成了巨大的衝擊。
明朝科學文化上也達到了前所未有的高峰，中國醫藥學的百科全書《本草緝目》、農業的百科全書《農政全書》、音樂十二平律的《樂律全書》、中國文學的傳世經典小說《西遊記》《三國演義》《水滸傳》等都誕生在明朝，還有奇書《金瓶梅》……都對人類文明文化作出了巨大貢獻。
“治隆唐宋，遠邁漢唐”這八個字是清康熙皇帝手書，刻在南京明孝陵朱元璋陵墓前的石碑上。在曆史上，明朝朱元璋是一位傑出的皇帝，有自己的治國理想，他建立的政治製度，不僅維係了明朝277年的統治，而且為清朝所繼承，影響深遠。中國漢唐當時的影響力遠播於疆土之外，漢唐普遍被人們稱為盛世，但明朝對世界各國的影響力遠遠超過漢唐。永樂皇帝在位期間，30多個國家的使團追隨我國回族穆斯林傑出人物鄭和的腳步來到中國，許多國家的親王、使臣長期居住在中國，甚至老死埋葬在中國的土地上。當時的中國對世界產生了巨大影響。據史記，當時全世界每年出產的白銀，有三分之二都流進了中國。“遠邁漢唐”並不是一句空話。
明代，中國的社會經濟得到了極大的發展，散居在全國各地的回回穆斯林社會經濟狀況也相應發生巨大變化。在內地，陸續出現了一批回回穆斯林聚居村，大部分是由元人以來軍屯的回回官僚田莊發展而來的，有的則是因為人口繁殖而自然形成。
明末中國的封建農業經濟已經發展到較高水平。在一些交通沿線的城埠裏，回回人的手工業同傳統的商業相結合，發展迅速。例如製瓷業、製香料業、製藥業等十分興旺發達，並逐漸成為了中國回回穆斯林的一種傳統行業。在明代社會經濟發展的同時，回回穆斯林內部也開始貧富分化。農村中出現了地主與貧困的農民，城鎮中既有富商大賈，也有手工業者貧民。有的人在朝廷中做官，地位顯赫，有的人則參加科舉成了舉人、貢生、進士，從事政治文化活動。
在明代，許多傑出的回回穆斯林人物脫穎而出。開國功臣有胡大海、馮國用、馮勝、常遇春、沐英、藍玉、丁德興等人，抗擊外侵的有麻英、達雲等戍邊名將，世界著名的傳奇航海家鄭和，剛直不阿的著名清官海瑞，反對封建禮教的著名思想家、文學家李贄，兵部尚書和吏部尚書馬文升，文化名人還有丁鶴年、馬自強、金大車、金大輿、馬繼龍、閃繼迪、馬上捷、馬錦等等。值得一提的是，回族這時湧現出一批傑出的伊斯蘭學者。除了經堂教育創始人胡登洲外，還有以漢文譯著聞名於世的王岱輿、張中、伍遵契等人，他們的眾多著作對我國回族穆斯林社會的影響十分深遠。
明代雖然對漢族以外的其他部族作了種種限製，但對於回回穆斯林之信仰還是非常尊重的。這可能是因為回回穆斯林對明王朝的建立作出重大貢獻的結果。他們有的運籌帷幄，有的轉戰南北，為明朝的建立立下了卓越功勞。當時民間經常演出《十回保朱》的戲劇，反映元末一大批回回穆斯林擁戴朱洪武開創明代的故事，他們都是名載史冊的回回穆斯林傑出人物，民間傳說認為明朝江山是回回穆斯林打下來的。
明王朝前期統治者對回回穆斯林予以了許多優待，如對甘肅回回穆斯林免稅，將西北地區的一些回回穆斯林遷徙到較富庶的華北、江南一帶，並吸收他們的上層人物到朝廷任職。明王朝統治者希望廣大回回穆斯林能夠按《古蘭經》的意旨去“導引善類”“敬天事上”“益效忠誠”。
明太祖朱元璋當政在位時期，他任命回回穆斯林大師爾某等為翰林院翻譯，專職編輯伊斯蘭教經典，曾禦書百字讚美伊斯蘭教的創始人穆罕默德，並敕修大清真寺於西安、南京以及滇南、閩、粵諸地。
有中外學者甚至認為，朱元璋本人就是回族，明王室信仰伊斯蘭教。大多數明史研究者認為，朱元璋是回族，明王室信仰伊斯蘭教似乎很難站住腳，但說朱元璋和明王室與回族關係密切卻是可以使人相信的。因為學術界比較一致的看法是朱元璋的馬皇後本人就是回族，而明朝武宗也曾納回回女為妃，在回回遍天下的時代，回族人在皇宮內院的估計也不會隻有一兩人，因而皇室家族個別人會在某些方麵保留一些回族習俗甚至信仰伊斯蘭教似乎也是完全可能的，這也可以回答明史上的許多史料疑點，同時也從一個側麵說明了伊斯蘭教和回族人在明代社會，尤其是明皇室中確有較大影響。