達爾文用科學的理論，推翻了神創論，也拒絕了目的論，因而否定了所有的超自然現象和因素。由於達爾文進化論，科學的、自然主義的世界觀和生命觀才成為可能。達爾文的共同祖先學說不僅深刻地揭示了所有生物的起源，而且牢固地確立了人類在自然界中的位置。達爾文在《物種起源》中避免討論人的進化問題，隻在結束語含蓄地提了一句：“我看到在遙遠的將來會有廣闊領域供重要得多的研究。心理學將會建立在一個新的基礎之上。人類的起源及其曆史將會得到闡明。”但是其結論是很明顯的，在《物種起源》發表後不久，赫胥黎、海格爾等人就開始著手闡明這個問題，12年後達爾文出版了第一部研究人類進化的專著《人類的由來與性選擇》（1871年），決定性地證明人類是從猿類進化而來，並在確認了大猩猩和黑猩猩是最近似於人的動物之後，準確地預言人類的故鄉在非洲。這是對傳統的人類中心說的重大打擊。偉大的哲學家，像亞裏士多德、笛卡
5萬～7萬年前非洲人向西亞遷移科學家們稱人類共同祖先是非洲人兒和康德等人，不管他們的哲學觀點是多麼不同，也都堅持人類中心說，認為人與其他動物存在不可逾越的鴻溝。達爾文進化論則指出，人類是生物進化的偶然產物，是大自然的產物，是大自然的一部分，人類與大自然是同一的。今天的一切生物都是人類的親屬，人類與其他生物、特別是類人猿並無本質的區別，我們認為是人類特有的屬性——例如智力、道德觀等精神因素，也能在其他動物中找到雛形，也必定有其自然的起源。達爾文進化論讓我們更深刻地理解了人類與大自然的關係，更深刻地理解了人性。
自然選擇學說為科學方法和哲學思想提供了一個嶄新觀念。在達爾文之前，幾乎所有的思想家和科學家都是決定論者，認為自然現象是可以用普適定律加以精確的描述和預測的，在初始條件確定之後，在定律的作用下就必然會出現確定的結果。而自然選擇不是一個確定性的定律，它是偶然性和必然性的統一，自然選擇的產物是偶然的、無方向性的變異和必然的、適應性的選擇的結果，是概率性的，無法做出絕對的預測。在達爾文之前，幾乎所有的思想家和科學家也都是本質論者。他們認為各個物種（或屬、科等）各有固定的、獨特的本質，彼此之間存在著無法彌合的鴻溝。在他們看來，本質才是關鍵，值得重視、研究的；而個體差異是偶然的、無關緊要的。但是達爾文卻強調個體的差異和這種差異的重要性。自然選擇學說就是建立在這種“群體思維”的基礎上的，它認為所有的生物群都是由獨特的個體組成的群體，每一個個體都是獨特的，個體差異是變化的基礎，群體的差異不具有本質的差異，隻有統計的差異，群體的組成將隨著時間的推移發生變化。群體思維不僅對以後的科學研究有重大的指導意義，而且改變了社會觀念。掌握群體思維有助於指導我們恰當地處理族群與全人類、個體與群體的關係，學會寬容、尊重不同的文化，正視、尊重、利用人類個體的多樣性。