二是光學選擇性，生物世界是一個不對稱的世界，就好比我們的左右手在空間上無法完全重合，但左手和右手的鏡像卻能重合。這種現象在化學中被稱之為“手性”，幾乎所有的生物大分子都是手性的。比如，組成人體的糖類一般是右旋的，而構成蛋白質的氨基酸都是左旋的。而左旋的糖和右旋的氨基酸，幾乎不能被人體利用。一般認為，在非手性的環境中不能產生手性化合物，而隻能產生外消旋體，即等量的右旋和左旋體構成的混合物。現代不對稱合成化學通常采用昂貴的手性催化劑，才能使反應按照人所期望的方向進行，得到單一的手性化合物。在米勒的實驗裏，所有得到的氨基酸都是外消旋體。眾所周知，最簡單的蛋白質是胰島素—51肽，那麼由自然界隨機地從20種天然外消旋體中選擇合成一個51肽，得到全部由左旋氨基酸構成，具有生物活性的胰島素分子的幾率有多大呢？簡單的數學計算可以證明是1/40的51次方。而在實踐中，其幾率是零，根本就不可能發生。米勒的實驗帶給進化論者的並不是福音，而是更加劇了其深刻的危機。
進化論認為人類是在偶然中產生，進化無目的又無方向。進化論者已變成狹隘的信仰者，喪失了科學的探索精神，甚至拒絕對任何進化論體係外的現象進行觀察和研究。他們認為科學是研究存在和獲取知識的唯一途徑，凡是現代科學無法證實的，無法研究的，都是不真實的，進化論就是絕對的真理。某大學的一位教授斷言，根據進化論的結論，人隻是複雜的生物機器，沒有任何特殊的意義。道德，信仰都不存在，也沒有任何自由意誌，這完全回到了19世紀的機械唯物主義，是人類思想的重大倒退。
不改變思想，不創新就不會有發展。如今，人類已經步入一個新的世紀，人們要勇於打破固有的觀念與框框迎接新科學的曙光。
達爾文進化論雖然有些缺陷，但總的來說是科學的。達爾文進化論主要包括共同祖先學說和自然選擇學說：共同祖先學說揭示了生物進化的事實，指出物種是可變的，所有的生物都來自同一祖先，生物的進化是一個樹枝狀的不斷分化的過程；自然選擇學說提出了解釋生物是如何進化的一個機製，認為自然選擇是生物進化的主要方式，是對生物適應性的合理解釋。這兩個學進化樹說表明，生物的進化是從共同祖先開始的，在自然選擇作用下的多樣化過程。生物的進化模式是沒有預定方向的，呈樹枝狀不斷分化，而不是像以前的進化論先驅理解的那樣是從低級到高級的有預定方向的直線式進化。生物的進化是漸變式的，是在自然選擇作用下累積微小的優勢變異的逐漸改進的過程，而不是躍變式的。達爾文進化論為生物學提供了大理論，奠定了現代生物學的基礎。但是達爾文進化論的影響絕不局限於生物學界，甚至也不局限於科學界，它具有深遠的思想意義和社會影響。生物進化論的創立也表明，達爾文領導了人類曆史上最為偉大、影響最為深遠的一場理性革命。這場革命統一了生命與非生命兩個世界，提供了一種全新的世界觀、生命觀、宇宙觀和方法論，波及到幾乎所有的科學和人文領域。
共同祖先學說解釋了生物的起源和屬性，自然選擇學說解釋了生物的適應性和多樣性。神創論認為神不僅創造了生物，而且精心設計了生物。複雜的生物體構造和對環境的巧妙適應一直被當成神創論的主要證據，也使從前反對神創論的人感到困惑。把生物體的複雜結構簡單地解釋成是自然隨機形成的，並不能讓所有人信服，把它們解釋成是有意識的智能設計的結果，似乎更為合理。因此，在達爾文之前，雖然休謨等人已抨擊過這個所謂“來自設計的論證”，但是幾乎沒有起到的作用，因為他們不能解釋如果不借助超自然的力量，又怎麼可能出現適應性構造。即使那些不相信神創論的人，也往往認為在冥冥之中有一個神秘的目的指導著生物的進化。達爾文首先指出，自然選擇可以令人信服地解釋生物體的適應現象，既無需求助於智能的設計或神秘的目的，也不必歸功於隨機因素。自然選擇並不是一個隨機的過程，它實際上包含了兩個過程：第一個過程是隨機的，變異在群體之中隨機地出現；第二個過程是不隨機的，自然選擇就根據這些變異的適宜度改變它們在群體中的頻率。自然選擇並非一蹴而就，它實際上是把一個概率很小的事件分解成了許多概率很大的步驟而逐步完成的。針對這一點，神創論者認為，生物體的結構複雜而完美，無法簡化，不可能經由一係列較簡單的、不完美的過渡形態進化而來。他們經常用人的眼睛舉例，人的眼睛如此完美，哪個部分都缺不得，怎麼可能由不完美的眼睛逐步進化而來？不完美的眼睛能有什麼用？達爾文在《物種起源》中專門用一節回答這個問題：“不完美的眼睛當然有用，而且在生物界屢見不鮮，把不同生物的眼睛從簡單到複雜、從不完美到較完美排列起來，就大體可以推測人眼的進化過程。”但是，自然選擇學說能夠合理地解釋生物適應現象的由來，隻是證明了自己存在的價值，並沒有推翻神創論足夠證據，因此我們還必須證明神創論不能合理地解釋生物適應現象的由來，理由就是生物的適應往往是非常不完美的，例如人的眼睛其實並不那麼完美，而是存在許多缺陷，最明顯的一點是，它的視網膜結構采取的是一種奇怪的倒裝方式，光要穿過血管、神經才能抵達感光細胞，不僅光線的質量下降，而且血管的影子會影響我們的視覺，加重了大腦處理信息的負擔，還容易導致一係列疾病。在人體上還有許多這樣的不合理的，例如人的脊椎構造為什麼與猿猴那麼相似？這種構造很適合四足行走，但是對直立行走卻存在很大的缺陷，給人類帶來了許多不必要的痛苦。但是如果人類是從四足行走的動物經自然選擇進化而來，這種結構相似性和由此帶來的缺陷，就很容易解釋了。自然選擇對我們祖先的身體結構做了一些修改，使人類能夠直立行走，但是這種修改是無意識地做出的，而不是有意識地重新全盤設計，因此難免會有一些缺陷。