災後72小時，全縣醫院收治重傷人數達到一周重傷員總數的96％以上。應急救治“黃金72小時”的有效工作，為降低死亡率、致殘率起到了至關重要的作用。
2008年5月，先後共有45支外援醫療隊、防疫隊伍和全縣幸存的394名醫務人員直接參加抗震救災醫療、防疫工作。截止目前，有國家和省市派駐的疾控人員275人參與北川的災後疾病預防控製工作，其中，國家CDC20人、江蘇CDC72人、河南CDC105人、山東CDC24人、北京CDC5人，省內市州CDC49人；部隊醫務人員308人參與北川的災後醫療救治工作，其中沈陽野戰醫院125人、昆明總醫院78人，452部隊醫院52人、77283部隊醫院53人。北川的醫務人員強忍失去親人的悲痛積極參與到抗震救災工作，在災後的第一時間搶救傷員達700餘人。
5月12日災害發生後，北川衛生局機關首先進行了自救，到下午3點，衛生局成立了臨時指揮部，在縣城內設立了四個醫療救治點，分別在縣政府門口、職業中學門口、縣衛生局門口、北川中學操場。救治點的設立，力所能及地實施了衛生救護工作，共搶救傷員3000餘例，並將災情通過各種方式向上級進行了彙報。13日，配合各進駐部隊搞好傷病人員的救護和轉運工作，提出了醫療救治、疾病控製和轉診意見。衛生係統領導小組最後一個撤離縣城，並及時通知相關醫務人員回衛生局報到，分別成立了醫療救護組、疾病控製組、綜合協調組和健康教育信息組。截止16日，共救治各種輕重病人8000餘人，危重病人4000餘人。
到20日，醫療救援已覆蓋6個鄉（曲山、擂鼓、香泉、陳家壩、桂溪、通口），14個鄉未覆蓋（壩底、青片、馬槽、白什、禹裏、墩上、桃龍、小壩、開坪、都壩、片口、貫嶺、漩坪、白坭），但部隊已全部進駐，並帶有醫務人員。各鄉鎮醫務人員均在崗，解決災民的救治問題，沒有安全事故發生。
截止5月22日，共有成都軍區昆明總醫院、42醫院、452醫院、江蘇醫療隊、第四軍醫大醫療隊、內蒙古醫療隊、綿陽市三醫院醫療隊、沈陽軍區醫療隊、昆明總醫院醫療隊等到進駐北川，分別出動了4支醫療小分隊向全縣各鄉村輻射。同時，海軍總醫院、四軍醫大、海軍武漢醫院、總後醫療救護隊、省市醫療機構、各級紅十字會醫療機構和全縣幸存醫務人員，共計670餘名醫務人員，自帶設備、藥品，在任家坪、北川縣城、安縣、綿陽等地設立20餘個醫療救護點，共救治傷員8900餘人，其中危重傷員4100餘人，所有傷員均已轉往外地救治。