吐穀渾亡國後，吐穀渾人一分為三，一部分降於吐蕃，一部分東遷內地，一部分仍留在故土。降附吐蕃的吐穀渾，後來逐漸融於以後的藏族。東遷至靈州（今寧夏靈武）的吐穀渾，後由於靈州又被吐蕃所占，又東遷朔方、河東（今晉陝境內）。此後唐又將居住在寧朔州（今陝西榆林）的吐穀渾遷移到夏州以西，使其得以返回河西一帶。這中間的一部分人繼續東遷或留在當地，融於漢族，一部分則又返回涼州靠近祁連山的地區及祁連山南的大通河流域。
從唐高宗鹹亨三年（672年）至唐玄宗天寶十四年（755年），吐蕃統治下的吐穀渾部落不斷降唐，被安置在河西涼、肅、瓜、沙等州之南祁連山一帶。唐王朝在涼州設置了一個吐穀渾羈縻州-黀門州（黀門州當在今武威以南的黀門川一帶）。此地正是今天祝土族聚居的地區。
唐之後，在五代十國期間仍有關於吐穀渾的記載。《遼史》上亦有對吐穀渾征討和吐穀渾朝貢的記載。北宋大中祥符年間，收複靈州，一部分吐穀渾人又返回了涼州地區。十三世紀，元滅西夏，吐穀渾人仍住在西夏境內。
從唐至元，留在涼州地區、鄯州境內、浩門河以南地區的吐穀渾就活動在這一帶，其中一部分遷移到今青海互助地區。所以民間有一部分吐穀渾從甘州（今張掖）、涼州到了威遠堡（今青海互助縣城威遠鎮）居住的說法。元朝興起，先後滅西夏和南宋，統一中國，此後的史書上“吐穀渾”消失了，而在吐穀渾故地，出現了“西寧州土人”。《明洪武家錄》上的“西寧州土人”與蒙、番、撒拉兒、回並列，專指河湟一帶的“霍爾”人。在《秦邊紀略》中，稱蒙為夷，稱藏為番，另有回回、土人等專稱。新中國成立後，黨中央、政務院根據土族人民的意願，正式定名為土族。
天祝沿大通河流域及祁連山一帶，為土族的故土之一。明清時，青海土族以土司、囊索統治其地，宗教上屬於西藏佛教勢力範圍。而天祝土族則屬於藏族千戶轄下的部落管理，同時受寺院和宗教上層的統治，因此，受藏族文化的影響較大。
20世紀30年代後期，馬步芳軍在朱岔、那威一帶大規模墾荒，遭到藏、漢、土族人民的反抗。40年代初，甘肅省政府為解決這一矛盾，以大通河為界，原河南屬甘肅之浪斯塘溝等地歸青海，河北屬青海的土族聚居地朱岔一帶則劃歸甘肅。抗日戰爭結束後，馬步芳大規模擴軍，互助、大通等地的一部分土族不願當兵而避居天祝。天祝土族大部分會講土、漢兩種語言，也有一部分人會土、漢、藏三種語言。
據第五次人口普查，2000年，全縣土族人口為12633人，占全縣總人口的5.7%。全縣大部分鄉鎮都有土族分布。至2005年底，全縣土族人口為12506人，占全縣總人口的5.87%。
第二節人口
一、曆代人口
曆史上天祝無完整戶籍可考。據《五涼考治六德集全誌》記載：清乾隆十四年（公元1749年）分布在武威、古浪、永登3縣（今天祝地區）的藏族共13280人；同治四年（公元1865年），各族人口發展到10餘萬人；同治五年（公元1866年）因兵亂災厄，人口減至千人左右；後經光緒十四年（公元1888年）招墾，逐漸達到460多戶。據宣統元年（公元1909年）莊浪茶馬廳統計：莊浪藏區36族，1306戶、4377人。民國16年（公元1927年）武威、古浪大地震，翌年大旱，四鄰部分災民移居天祝。民國25年（公元1936年）成立天祝鄉（屬永登縣）時，有8232人。民國32年（公元1943年），據永登縣統計：天祝36族共1190戶、7843人，其中男4489人，女3354人。民國35年（公元1946年）後，馬步芳擴軍抓兵，青海省化隆、樂都、大通、互助、門源和甘肅省永登、武威、古浪、民勤等縣的不少群眾逃離本土，避居天祝，使天祝地區人口急驟增加。至1949年，總人口達7萬餘人。