雖然我國能夠對網絡媒體進行管理的部委不下10個，但主要是4個部門在管理網絡媒體。網絡報紙、手機報、門戶網站的新聞內容由國務院新聞辦負責，網絡電視、網絡視頻、手機電視的內容管理由國家廣播電影電視總局負責，網絡出版、手機出版由新聞出版總署負責管理，內容涉及違法犯罪的由公安部門負責。
我國目前的網絡媒體管理製度存在的問題，其產生的根源在於沒有脫離傳統行政手段和行政意識的桎梏，沒有從促進產業發展的角度，沒有以側重保護網絡媒體的最終用戶為出發點。它在一定程度上限製了網絡媒體的新鮮活力及無限動力，束縛了新的媒體傳播方式所給新聞業帶來的勃勃生機。
2.網絡媒體管理實踐中的困惑
網絡媒體作為高新技術的產物，是在行業的交叉地帶發展起來的，橫跨多個行業，產業鏈條複雜，其發展速度之快，帶來的問題之複雜，超越了目前普遍的認知水平和管理水平，出現了管理責任不明、管理依據不足、管理力量薄弱等問題，也出現了行業發展受利益驅動明顯、知識產權保護不力、產業生態環境惡化等問題。
管理責任不明。網絡媒體管理涉及不同行業和產業部門，在管理上存在很多不明確的地方。比如，是按媒體屬性由意識形態主管部門來實施管理，還是按產業屬性由信息產業部門來實施管理？這些問題都還沒有準確答案，不少業務沒有明確的管理主體，沒有納入管理視野。
管理依據不足。以手機報紙、網絡電視為例，具有什麼樣的資格可以開辦手機報紙、網絡電視？是否現有平麵媒體都可以自動獲得這種資格？能否允許新的主體運營？如何對網絡媒體的內容進行把握和引導？網絡媒體的版權問題如何保證？
管理力量薄弱。一些新興的網絡媒體業務已發展到較大規模，但還沒有納入管理視野，形成管理真空地帶。
知識產權保護不力，侵權盜版嚴重。在網絡媒體的知識產權保護中，最大的問題是侵權存有零成本、隱蔽性、迅速性、全球性以及罪證難以收集等特點。簡言之，侵權非常容易而維權卻十分困難。
二、網絡媒體管理的變革
網絡媒體傳播信息數量龐大、內容繁雜、形式多樣，信息的發布、傳播、處理等具有隱蔽性、傳播快、影響麵廣等特點，信息的發布者、傳播者、接收者不容易掌握；參與網絡媒體新聞傳播業務的既有各類企業，又有新聞媒體，主體複雜。所有這些，都使網絡媒體傳播的內容管理更加複雜。
對網絡媒體，應當堅持發展與管理並重，通過科學規範的管理促進健康有序地發展；應當堅持趨利避害、為我所用，充分發揮這一新興傳播載體的獨特優勢。
1.明確網絡媒體定位
目前網絡媒體，缺乏作為一個真正意義上的媒體應該具備的豐富的原創內容、健全的采編體係、完善的運作機製、專業的從業隊伍，也缺乏作為一個真正意義上的媒體應該具備的公信力和社會地位。應該看到網絡媒體開展跨界技術整合和內容整合是大勢所趨，看到網絡媒體將創造出一個巨大的媒體市場，從而將網絡媒體作為一種獨立的媒介加以對待。要從政策上加以明確，從發展上加以引導，從管理上加以規範，打破不同行業和產業的壁壘，在通信業務與傳播媒體的互動、互補中找到新的合作和發展模式。
2.推動新聞媒體拓展新的發展空間
網絡媒體是一種全新的傳媒形態，新聞媒體正麵臨著發展壯大新聞事業的良好機遇和廣闊天地。當前整個互聯網正從門戶時代向服務時代過渡，從桌麵互聯網向掌上互聯網轉型，在移動互聯網實現終端融合、業務融合和網絡融合，預示著互聯網產業的重新洗牌，主流媒體完全可以有新的、更大的作為。主流媒體要努力適應形勢的發展變化，熟悉和掌握科技發展的最新成果，積極運用先進的通信手段，充分發揮自己權威的傳播地位、豐富的信息資源、良好的管理經驗、過硬的人才隊伍以及穩定的受眾群體等優勢，轉變觀念，創新思路，實現傳統媒體業務與新型傳播手段的有效結合，拓展新的發展空間。