在各地經版運抵金陵刻經處以前，最初進行的是刻經處自刻經版的清點整理。按照刻經處流通書目所載經籍，整理經版入架計47421塊，計93303葉，僅缺版40餘塊，幾乎近於完整。雖有蟲蛀180餘葉，但尚能印刷成書。徐平軒：《在政府機關領導協助下金陵刻經處完成經版等整理工作》。1959年前後經再次清點整理，有經版48102塊、無頁碼經版879塊、圖像版112塊，共計49093塊。這是金陵刻經處自同治五年（1866年）成立以來，見存的自刻經版。
隨後進行的是全國各地刻經場所經版的接收和清點工作，在數十年中，各地經版逐漸運抵刻經處保管，部分進行印刷流通。
至1964年，刻經處又新刻《玄奘法師譯著全集》、《大毗如遮那成佛神變加持經義釋》、《普賢行願頌疏》、《觀藥王藥上二菩薩經義疏》，補刻《釋迦譜》、《佛祖曆代通載》、《增一阿含經》、《大智度論》、《中峰廣錄》、《法句經》、《求法高僧傳》等30種經籍，計版1738塊數據來源見武延康《楊仁山與金陵刻經處》（未刊稿）。，加上補刻經版和補修經版，總計收藏全部佛教類經版數目為155549塊，其他版片6600塊，總計收藏版片數目為162149塊。由於刻經處經版房不夠，這15萬餘版片分為刻經處內二十間經版房和毗盧寺齋堂兩處保管（“文化大革命”期間，毗盧寺齋堂保管的近3萬塊版片全部被毀）徐平軒1962年12月《金陵刻經處1962年業務工作總結報告》。。另外，在紙版保存方麵，除原有《藏要》紙型2642片外，增加上海運來《普慧藏》紙型6943片，合計9585片徐平軒1962年2月在中國佛教協會第三屆全國代表大會上彙報金陵刻經處情況的書麵發言。。
經過近十年對近現代佛教經版的收集整理，金陵刻經處經版達155549塊。
其次，促進了佛教學術的開展。1956年10月，周恩來總理轉達錫蘭總理之托，請中國佛教協會承擔《中國佛教百科全書》編寫任務，成立籌委會，組織佛教學者編寫條目。中國佛教協會接受錫蘭佛教界請求，成立中國佛教百科全書編纂委員會，開始著手英文佛教百科全書中國部分的編纂工作見趙樸初1962年2月13日作《中國佛教協會第二屆理事會工作報告》，載《現代佛學》1962年第2期。。
中國佛教協會組織的中國佛教百科全書編纂委員會南京編輯小組於1956年設於刻經處內，由呂澂擔任副主任，田光烈、郭元興、李安為編輯，事務由刻經處代管見徐平軒《金陵刻經處》。。經過近五年的努力，截至1962年2月，中國佛教百科全書編纂委員會南京編輯小組不但為錫蘭的大百科全書“撰寫330篇，約150餘萬言。英譯工作，也將在最近期間全部完成。這是一件極有意義的佛教學術上的國際合作”，還“協助編纂了我國一部百科辭典——《辭海》的佛教的條目”見趙樸初1962年2月13日作《中國佛教協會第二屆理事會工作報告》，載《現代佛學》1962年第2期。全部漢文文稿至1980年方結集出版，即《中國佛教》四冊。。該小組完成編輯百科全書工作後，編輯遊俠、田光烈調任《現代佛學》研究員，助理編輯李安則在金陵刻經處任職。另外，自1960年起，因編寫寺廟（含金陵刻經處）曆史，徐國治留意在各類書報刊物、碑石殘篇和有關奏疏及日本書刊中搜集有關金陵刻經處的史料，並向有關人士通信或訪問征求，曆時五年，搜集相關史料249篇，於1965年10月主持編成《金陵刻經處曆史資料點滴》（內部資料），油印出版，分訂五冊，以資編寫《金陵刻經處史誌初稿》的初稿見徐平軒1960年4月6日《編寫寺廟（包括金陵刻經處）曆史提綱座談會的筆記》和1965年10月作《近編金陵刻經處的幾件史料文稿》。。但隨著1966年“文化大革命”開始，刻經處被強行解散，成為白下區紅衛兵司令部，經版幾乎被焚毀，文物搶掠殆盡，研究人員被遣散勞改李安：《金陵刻經處補記》，刊《江蘇省文史資料選輯》第十輯。，《金陵刻經處史誌初稿》的編寫就此夭折。
正是由於1949年後趙樸初、呂澂等人對佛教經典整理的關注，使金陵刻經處在1949年重新後成為近現代佛教出版和佛學研究的重鎮，為今日金陵刻經處承擔學術研究、佛典流通、雕版印刷、國際文化交流的重任，成為海內外知名的文化機構奠定了基礎。也正如1994年趙樸初居士再次視察刻經處時題詞所言：“刻經處，墓塔拜仁山，今日版藏過十萬。卅年兩度救頹殘，法寶護龍天。”轉引自周加才：《趙樸初與江蘇宗教》，宗教文化出版社2003年版。改革開放後，金陵刻經處新增佛學研究室，隨著佛教經籍整理出版事業和佛學研究的開展，定能“慧燈巴梵續南傳，學業耀前賢”。
作者單位：上海社會科學院宗教研究所