在刻經處經費問題上，由金陵刻經處護持會按月撥給經費，直至1957年1月2日，中國佛教協會秘字第1968號函同意刻經處自1557年1月起成為該會事業單位為止趙樸初1957年3月26日作的《中國佛教協會第一屆理事會工作報告》，刊《現代佛學》1957年第5期。。1952年5月至1954年6月，辦公經費由護持會籌給。自1954年7月到1956年12月，由南京市宗教事務處每月給補助費216元。此外還有流通書籍的收入可供運轉。1957年以前，1952年5月至當年12月，刻經處共計流通5245900元，流通經典約78680餘葉見徐平軒：《在政府機關領導協助下金陵刻經處完成經版等整理工作》。。1953年營業額較之去年增加將近一倍，到1954年9月，較1952年增長將近兩倍見徐平珂：《恢複與整理金陵刻經處的經過》。。
二、中國佛教協會領導下金陵
刻經處的組織和人事1953年冬，時任中國佛教協會常務理事的刻經處舊董事會董事呂澂對刻經處關心更切，就刻經處如何鞏固事業的問題，向中國佛教協會致函建議。經中國佛教協會秘書處1953年11月4日公函答複，對刻經處非常重視，並於1956年12月3日下午，國務院宗教事務局何成湘局長、劉處長由江蘇省宗教事務局相關人員和中國佛教協會常務理事呂澂陪同，視察刻經處，認為金陵刻經處護持委員會使命已經完成，應有正式組織的隸屬管理領導辦理業務，應該成為中國佛教協會隸屬下的事業機構，政治上一切和業務上需要解決的問題，則須在南京市宗教事務處領導和監督下辦理。遂於次年1月2日，中國佛教協會秘字第1968號函同意刻經處自1957年1月起成為該會事業單位見趙樸初1957年3月26日作的《中國佛教協會第一屆理事會工作報告》，刊《現代佛學》1957年第5期。。
1958年3月，徐國治將金陵刻經處工作分為總務、整理保管、流通三組，總務組職能為“負責本處全部財產的登記及保管；本處房屋的使用調整、修理、出租、收租及繳稅；文書撰擬、文件收發以及印信和文件保管；建立會計出納製度，並編造本年度預算、決算；衛生、消防、園藝的布置和管理”等七項。整理保管組職能為“編訂見存全部版片分類目錄；檢查全部版片，將不適於流通的版片分別封存，另編流通提要目錄；編訂版片架號，分別標掛部類、書題、卷葉、數字；檢查損壞或殘缺經版，及時分別添補；接收並整理他處移存版片，分別檢查歸類，編入總目和流通目錄；版片的安置及防護；國內各處所刻藏經版的調查和編目；楊仁山居士遺物史料的登記、陳列、保管和征求搜集及塔院影堂之照料”等九項。流通組職能為“印刷裝訂工作的管理、流通的計劃和管理、流通賬冊的建立和稽核、與印刷流通業務有關各方麵的聯係”這四項。根據上述三個部門業務工作計劃，該處工作人員也進行相應調整，設主任一名，主持本處業務；增設秘書一人，協助主任主持本處業務事務；三組各設專任幹事一人；總務外設總務員一人；流通組設印刷製作工人一人至二人，裝訂製作工人一人；“各組外設助理幹事，視實際需要，再行酌取”徐國治：《金陵刻經處各組工作計劃》。。此後，刻經處主任為徐國治，秘書為王潔泉，直至“文化大革命”爆發。
刻經處運作經費來源主要有二，一為撥款，二為營業收入。成為中國佛教協會隸屬下的事業單位後，經國務院宗教事務局核定，按月撥給經費470元。至1960年6月，增加至550元每月。由於業務逐步穩定發展，自1962年4月起，每月撥給經費800元。自1964年1月起，每月撥給經費900元徐平軒：《金陵刻經處組織的隸屬沿革和辦公的經費情況》。。營業額也在不斷攀升，1957年營業額為7256.96元，1958年為5917.57元，1959年為8140.50元，1960年為19688.06元，1961年為8663.01元，1962年為11931.81元。見徐平軒1963年3月4日就金陵刻經處曆史全貌問題致中國佛教協會函。
三、1949年後金陵刻經處對
現代佛教的貢獻金陵刻經處劃歸中國佛教協會領導後，其性質已非個人私有，但在當時體製下，在佛教文獻的保管整理、佛教學術的開展等方麵發揮了巨大作用。
首先，促進了佛教文獻的整理、保管和出版，對現當代佛教文獻的整理和出版事業作出了不朽的貢獻。
由於各地刻經處經版遭受破壞，中國佛教協會決定將見存各刻經處、寺廟經版運往金陵刻經處，統一整理保管。