（二）管理製度不健全。一是對工程項目檔案缺乏相應的管理製度，有的雖有製度但沒有采取積極有效的措施加以落實；二是檔案管理部門對工程項目檔案管理缺乏應有的指導力度；三是監管機製不健全，考核考評不到位，造成具體管理人員缺乏責任感、危機感和事業心，工作沒壓力、不主動，某種程度上滋長了一些項目在檔案資料管理上的違“章”操作。
（三）人員素質不高。工程項目資料管理人員大都是臨時抽調，人員不固定，沒有經過專業培訓，缺乏檔案專業知識，且大多數身兼數職，時間、精力有限，造成資料收集不齊全、整理不規範、歸檔不及時、向相關檔案部門移交檔案的份數準備不足等諸多問題，嚴重影響歸檔質量。
（四）歸檔工作滯後。施工單位不注意施工過程中文件、資料的收集、整理工作，出現工程檔案資料的收集、整理與工程施工進度相脫節情況，忽視非紙質文件（圖紙、數碼照片）的收集、整理，造成工程資料不完整，文件材料不準確（內容缺項、無效文件、圖物不符、載體不合要求）。呈現零散狀態。往往是工程施工快結束了，才突擊搞竣工資料，致使檔案資料的真實性大打折扣。
（五）經費投入不足。受工期緊、協作參建單位多、管理複雜、臨時性機構等特點影響，加之工程資金緊缺，辦公經費緊張，大多數項目部往往不願拿出足夠的資金用於改善檔案保管條件，因而普遍存在無獨立檔案資料室、裝具不足、設施簡陋、檔案“九防”措施難以落實等情況，非常不利檔案資料的利用與安全保管。
綜合分析上述問題的產生原因：
一是認識缺位。由於多數項目部領導始終認為檔案工作是“軟件”、“小事”，因而在日常管理中重“安全、質量、效益”，輕“檔案資料管理”，臨到“急需時”、“謀遠時”才知“缺”恨“少”，但亡羊補牢，為時已晚。
二是管理真空。管理自身有四個基本特征：即管理的載體——組織，管理的主體——管理者，管理的任務——設計和維持一種環境，管理的核心——處理好人際關係。缺少任何一個環節，就會出現管理“盲區”。正是由於“組織領導不力、責任主體不明、管理製度不嚴、溝通渠道不暢”，工程項目檔案管理才會出現這樣或那樣的問題。
三是履職缺陷。新形勢下，對檔案人員如何履職盡責提出了新要求，賦予了新內容。但相當一部分檔案人員難以適應新形勢，無法滿足新要求，表現在：自身素質不高、敬業意識不強，工作作風漂浮，缺乏創新精神。建設一支忠誠於檔案事業，思想好、覺悟高、業務精、作風硬、一專多能、結構合理、身心健康、相對穩定的檔案幹部隊伍任重道遠。
四是檔案文化認同感不足。其實尊重企業檔案就是尊重企業的曆史傳統和勞動創造。企業在生產經營過程中形成的一份份文件、一張張圖表、一件件實物，無不生動鮮明地體現了企業生存發展的軌跡，客觀形成了內涵豐富、特色鮮明、時代感強的企業文化，並為後人留下無盡的曆史回味和創造遐想，構成民族精神的脊梁和國家文化軟實力的重要組成部分，在服務經濟發展、繁榮先進文化、提高精神品質、促進社會進步的進程中發揮著重要作用。但目前相當一部分企業的領導和員工缺乏這樣的認識高度和戰略眼光，檔案工作位居“三線”、坐“冷板凳”成為必然。
三、工程項目檔案管理的實踐與創新