第三，引導形成完善的水資源保護體係。西北民族地區完善的水資源保護體係包括三個方麵的內容，一是在上遊產水區建立以水土保持和水源涵養為中心內容的水資源保護體係；二是在中遊用水區建立起用水和排汙總量控製為主體內容的水資源平衡體係；三是在下遊耗水區建立起生態用水保障和高效利用體係。
西北民族地區河川徑流基本源於山區，山區生態安全是維持流域正常水循環的根本保障，需要無條件地保證山區植被的穩定和安全，嚴格控製山區開墾種植、天然林采伐和山區遊牧，實行天然林草封育，甚至生態移民，增強水土保持和水源涵養能力，以維係“水塔”的水源涵養和調節能力，確保進入到綠洲的徑流性水資源保持穩定，使得人類賴以生存和發展的水資源基礎不致發生大的變化。充分利用藏傳佛教中的“神山”的積極因素，向廣大牧民宣傳山區、山林、山植被的作用，引導牧民不去破壞山區植被，積極保護山區的生態資源，切實保護好維護好山區的水源涵養和調節能力。
內陸河河川徑流在出山口很快被人工引用，在中遊地區二元水循環過程中，地表水地下水不斷轉化，水量不斷被消耗於各種生產活動的同時，水化學特征也發生改變。為保障區域水資源持續利用和下遊基本的生態環境用水，必須建立起中遊地區耗水和排汙總量控製為主體內容的水資源平衡體係，其中中遊耗水平衡包括中遊地區實際耗水總量和允許耗水總量之間平衡、中遊地區內部經濟耗水和生態耗水間的平衡、各經濟部門間的耗水平衡和各行政區耗水平衡。另外由於西北地區水環境容量較小，內陸河流域無外泄區，新疆等地的相當數量的河流為內陸河，因此必需嚴格將地區排汙總量控製在水環境納汙能力之內。
下遊耗水區生態用水保障和高效利用體係建設重點包括兩點：一是製定一定標準條件下生態用水保障措施，包括中遊一定水量的下泄以及下遊生態用水的實現和維係，如黑河流域通過國務院製定的省際分水方案來實現；另外就是下遊地區生態用水高效利用，包括充分考慮立地負荷能力基礎上選取適宜的樹種、草種的選取，合理生態景觀格局的規劃以及發展生態型經濟等措施。
西北民族水資源合理開發利用的保障措施建議。
第一，樹立新型資源和生態價值觀。西北民族地區受自然條件約束，社會總資本構成比例很不協調，目前製定的以生態建設為中心的西部大開發戰略，就是要大力提升區域自然資本的“最短板”，即生態係統服務功能和價值的基礎上，同時實現人力資本和經濟資本的增值，最終達到區域社會總財富的增加和經濟社會的持續發展。因此西部開發戰略中，要充分重視非正式製度的作用，樹立新型的資源價值觀和生態價值觀，充分認識水資源、生態和生態環境用水的價值意義；拋棄落後的發展思路和生態、水資源利用方式。具體作來就是一方麵在水資源配置中預留出必要的生態用水，二是要協調水資源價格與價值的匹配關係。