不利的地理位置、人口密度低、運輸成本高、投資回報低、與國內外商業聯係與合作薄弱、難以吸引資金和人才，這些都將是縣域經濟發展需要逾越的障礙。縣域區位劣勢，使低廉的勞動力、低生產成本和較低競爭市場優勢大打折扣。分散的地理環境，弱化了城市之間、城鄉之間的互動功能。甘肅大中城市數量小，聚集和輻射功能差。蘭州作為省會城市，人口規模大，經濟實力較強。但是周圍均是縣以下小城鎮，城市經濟與農村經濟聯係鬆散，經濟差異過大，對縣域經濟的帶動作用有限。地級城市大多是依靠當地資源發展起來的，第三產業不發達，功能單一，實現區域中心城市的目標還有明顯差距，基本經濟功能相當薄弱，沒有發揮應有的集聚效應和輻射效應。縣域區位劣勢還表現在較低的產業聚集度。縣域缺少中小企業集群，具有區域特色的聚集產業規模不大，聚集能力低，難有大的作為。
（六）管理體製改革長期滯後
政府管理體製改革與職能轉變在縣級取得了不同程度的進展，但仍滯後於經濟的發展，在政府與社會、市場、企業的關係上，一係列問題需要解決。審批製度改革尚未完成，審批權與事權的關係沒有理順。縣級審批權限過小，審批效率低下。政府對經濟幹預多於服務，政府單方麵行使權力，對社會的、市場的力量運用不夠，民間組織和行業協會發展遲緩，作用發揮受限，政府與社會互動功能差，隻注重優先發展經濟，難以實現社會公共利益最大化。行政審批、處罰、監管等政府行為的法定化不夠，更多的是以行政措施替代依法行政。
四、加快縣城經濟發展的思路和對策
發展縣域經濟，必須從甘肅實際出發，遵循科學發展觀，堅持統籌協調、全麵發展，促進經濟建設與人口、資源、環境相協調，實現經濟效益、社會效益和環境效益的統一。在工作指導上，以製度創新為動力，深化政府改革，提高縣級政府競爭力。鼓勵、支持、引導民營經濟加快發展，增強經濟自主增長能力。發展產業集群，打造產業鏈，發揮集聚效應。注重資源的組合、升級、擴散，提高對現有資源的利用率。致力於改善發展環境，營造低生產成本、低交易成本的投資環境。堅持分類指導，扶優扶強，實現增強綜合實力，促進農民增收，協調健康發展的目標。
（一）實施強縣戰略．賦予縣市更多自主權
甘肅縣域經濟突出問題就是縣級規模小、整體實力弱，迫切需要實施強縣戰略，擴縣強權，使縣級擁有更多的發展權。擴縣，就是減少縣的數量，增加縣級人口和經濟規模。以2002年末各縣人口為基數，人口在10萬以下的縣與鄰縣合並，使甘肅縣市總數由現在的71個減少到60個左右。減少縣級行政區劃的目的在於提升縣級人口、經濟規模，增強縣域經濟的競爭力；減少財政供養人員，減輕財政負擔，增加財政收入。強權，就是按照城鄉分治的原則，規範條塊管理製度。把省級事務規劃權下放給縣裏，地區一級市和縣一樣接受省統一行政管轄；下放部門管理權，凡是國家、省行政機關延伸到縣一級的，均由縣統一領導，享有與地平等的人事、財政和事務管理權限；下放審批權，凡是有利於縣域經濟發展、法律沒有明確規定不能下放的審批權均下放到縣一級。
（二）深化改革，使製度創新成為縣域經濟的第一推動力
改革開放以來，實行的農業聯產承包責任製和農村辦工業的製度創新，使農業生產潛力在短期內得到最大限度的釋放，鄉鎮企業異軍突起，促進了農村經濟的發展，增強了縣域經濟實力。當前縣域經濟製度創新麵臨新的突破。農村土地流轉製度、訂單農業、農業產業化、鄉鎮企業產權製度改革、土地“反租倒包”製度的完善和農村戶籍製度改革等，如果不能在理論和實踐中盡快解決，將嚴重束縛生產力的發展，也是縣域經濟發展的巨大障礙。麵對製度創新的新任務，甘肅各縣已經進行了不同程度的探索和研究。如嘉峪關進行的土地“反租倒包”促進了農業產業的規模化經營；酒泉、張掖各縣以“公司+農戶”的形式實施的訂單農業，對於實現農業產業化、商品化，化解農業風險，收到明顯成效。從甘肅縣域經濟發展的實際需要出發，製度創新必須以市場化為導向，通過對農業生產製度、土地製度、產權製度和社會製度的係統改革創新，加快推進城鄉商品和勞動力、資本、技術等要素的市場化配置，加快建立統一、開放、競爭、有序的生產要素市場。要克服等政策的錯誤觀念，在製度創新上大膽探索，重點在以下幾個方麵求得突破：完善“反租倒包”製度，實現農業規模化經營；進行鄉鎮產權製度改革，確定民營經濟的主體地位，增強自主增長能力；建立並完善農村土地使用權市場，促進土地流轉；努力消除城鄉二元體製，最低生活保障製度逐步向農村延伸，在就業、戶籍製度、公共財政、稅收等方麵逐步縮小城鄉差別，實現城鄉一體化發展的目標。