膠濟路的換文，由於“欣然同意”四個字，成為美英在巴黎和會上搪塞中國的借口[在曹汝霖看來，這四個字，僅僅是通用的外交辭令而已，章宗祥也說是“外交文書上之套語”]，因此，在五四運動中，最為人詬病，但真正對當時的中國構成威脅，或者說當時的國人最擔心的中日密約，卻是中日共同防敵軍事協定。
1917年俄國十月革命爆發後，蘇俄政府很快跟德國簽訂了布列斯特和約，單獨退出了戰爭。但是革命的蘇俄很快陷入戰亂，作為俘虜的、遠在西伯利亞的捷克軍團首先叛亂，各種反布爾什維克的叛軍四起，不僅原來已經被沙俄策動開始分離的外蒙，蘇俄中央政府無暇顧及，就是跟中國接壤的遠東和中亞地區，也處於一片混亂。一個一向欺淩我們的強鄰陷於內亂，對於當時的中國而言，顯然好處更多一點，中國政府得以借機出兵庫倫，收回了外蒙。當然，邊境上也有些小麻煩，俄國境內的戰事，免不了經常會有戰敗者竄入中國境內，導致一些騷亂。在1918年最初兩個月的中國報章上，也出現過對此現象的報道和憂慮。有消息說，在新疆方麵，俄國的回纏[當時泛指信奉伊斯蘭教的民族——筆者注]將與新疆和土耳其的回纏一並起事，新疆督軍楊增新已經實行戒嚴。還有傳聞說，在西伯利亞的德國俘虜不穩，而俄國可能崩潰，因此，德奧可能沿西伯利亞鐵路東來，雲雲。報章甚至打出“俄國既以無條件屈服於德，吉黑邊防日形危急”字樣，很是聳人聽聞。
對此，少數關心時局的人感到憂慮，也是自然，但這種憂慮，多半來自對俄國情況的不清楚，一直到1918年底，中國人都不清楚俄國到底發生了什麼，奪權的人到底是什麼人。德奧勢力會不會趁機與俄國聯合，很難說這種報界的傳聞，會真的引起國人普遍的恐慌，畢竟，真刀實槍的衝突並沒有發生，傳聞帶來的小小波動，很快就會過去，遙遠的俄羅斯，跟中國人有什麼相幹。但是，中國的另一個鄰居日本，想法卻大不一樣，他們的情報部門會告訴他們的當局大體真實的情況，一個陷於大混亂的俄羅斯，無疑是日本的一個機會。
自甲午戰勝中國以來，日本在遠東的對手，主要就是俄羅斯，日俄戰爭戰而勝之，但俄國的實力仍在，雙方對“中國遺產”的爭奪，正未有窮期。俄國的內亂，無疑給了日本又一個“天佑”之機，因此，日本軍方很快做出了出兵西伯利亞的決定，借口是防止德奧東來。事實上，傻子都知道，盡管俄國退出了戰局，但協約國和同盟國之間的戰爭，仍在歐洲激烈地進行，德奧斷無可能騰出手來萬裏遠征遠東。而所謂在西伯利亞的德國戰俘，釋放後對遠東的威脅，也是無稽之談，誰都知道，這些人即使作亂，也是要回家，是往西去，不是向東來，哪裏有力量東來南下。日本出兵，無非出於自家對俄國遠東領土[多半是俄國從清朝搶來的]的野心罷了。從地緣態勢來看，日本已經掌握了南滿，如果順勢拿下俄國的遠東地區，那麼北滿自然就是囊中之物，不勞費心從中國生奪硬搶了。
日本人出兵，還要拉上中國人。1918年2月5日，日本軍部參謀次長田中義一約見中國駐日公使章宗祥，提出中日實現合作，共同防止德國勢力借機東來。進一步，田中提出兩個合作的方式，一是由兩國外交部門協商定約，然後軍事行動細節由雙方軍事部門再商量辦法。一是雙方軍事當局商定軍事布置，然後由外交部門加以認可。中國政府傾向於選擇第二種方式。當時發言權很大的駐日公使章宗祥是傾向於跟日本合作的，他的理由是，日本采取行動，本可以不跟中國商議，而日本國內，也有這樣的聲音，拋開中國，單獨行動。因此他擔心，如果日本單獨行動，勢必重演像日俄戰爭以及不久前日德在青島交戰的情形，“彼時拒之不能，聯之無及，自不如先行籌劃共同，尚得以合意之商榷，行共同之防禦，內政外交，大有裨益”。不僅如此，在雙方換文之後，章宗祥還幾次向中國外交部轉達日方的意思，要中國方麵追查消息走漏的原因[因為英國《泰晤士報》已經刊載中日軍事密約的全文]，別信英方的“挑撥”，進一步打消疑慮。雖然隻是轉達日方意見，但也可看出他的傾向所在。
所謂的中日共同防敵軍事協定，令國人最感憂慮的，是日本軍隊可以借機通過中國領土。人們擔心，這是否會是一個現代版的假途滅虢之計。不過，以當時的情勢而言，日本軍隊還真的就是意在俄國的遠東領土，並非想借機對中國用兵。道理很簡單，當時日本軍隊，已經存在於中國領土上了，東北有南滿鐵路的護路軍[關東軍]，青島和山東也有駐軍，甚至在京津至山海關，日本軍隊也可以憑借辛醜條約賦予的特權駐紮。日本如果打算跟中國動手，就像逼簽二十一條時那樣，直接在三地動員增兵即可，原用不著大費周章，簽這麼一個協定。這個協定的用意，無非是日本要中國當小夥計，提供通過和後勤的便利，當然也不排除適當的時候，讓中國士兵給他們當回炮灰。應該說，日本人真正要的，是中日協定中的這一條：“凡在軍事行動區域之內，中國地方官吏，對於該區域內之日本軍隊，須盡力協助，使不生軍事上之窒礙。”
但是，不幸的是，這種給予日本軍隊公然過境行動權利的軍事密約，跟中國所有的機密政務一樣，根本不可能如日方所願，而保得住密，很快消息就全部泄露，神通廣大的英國《泰晤士報》駐北京記者莫理循搞到了全部文本，迅速在英國刊發。這樣一來，中國消息靈通人士自然也都知道了，迅即激起了一連串的抗議。在那種國人風聲鶴唳的情形下，這種根本無密可保的密約，不可能不陷主導者於賣國之境，白紙黑字，縱有百口也無從辯白。不僅知識界疑竇叢生，連親英美的那部分職業官僚，也心懷不滿。屬於親英美派的職業外交官顏惠慶後來回憶說，當年簽的這個軍事密約，“最為國人所反對，認為日本將乘機在我國境內長期駐兵，經過相當談判之後，終於於民國十年[1921年]元月，以予廢除”。言外之意，此事被親日派弄糟了，是他們的艱苦談判才得以挽回。其實，按當時操辦者章宗祥的意思，跟簽訂膠濟鐵路的換文一樣，無非是日本既已執意要做，攔也攔不住。還是那個思路，弱國外交，承認既成事實，在此前提下以協定形式加以部分挽回，最大限度地減少損失。其實，弱國外交，就是這樣的兩難，不打交道，對強國的作為，概不承認，在道義上，固然沒有問題，但卻無法防止對方實際的蠶食。如打了交道，又等於變相承認侵略。可是，作為擔事的外交官，實際上隻能有前一種的選擇，必須跟強盜談判。
最根本的問題是，自打二十一條之後，中日兩國之間國民的基本信任已經蕩然無存，中國是個大而弱的國家，近代以來，一直飽受欺淩，特別是來自日本的欺淩，二十一條對中國人，尤其是對知識界的刺激實在是太大了，早已風聲鶴唳，任何中日間的交易，都可以向喪失權益的方向解讀。當然，以當時國人的慘痛經驗而言，這樣的解讀，也未必沒有道理。曹、章、陸的悲劇，在很大程度上，就是他們不幸地趕上了那個時代，主持中日間的外交事務，自己卻沒有足夠的政治視野。