於是，秦始皇令禦史立案查問鹹陽城中的儒生。儒生們相互揭發，犯法禁者460餘人，全部被活埋於鹹陽，其目的是使令天下人知之，用以懲戒後世。
這就是秦始皇一手製造的坑殺儒生一案。
關於殺害儒生一案，除《秦始皇本紀》的上述記載外，《史記·儒林列傳》、《正義》引衛宏《詔定古文尚書序》記載道：
秦始皇既已公布《焚書令》，恐天下人不遵從這一法令，便對來到鹹陽的儒生一律拜作為郎，前後多達七百人。與此同時，秦始皇為謀殺這些儒生，便秘密地在驪山陵墓區的山穀中氣溫暖和的地方種瓜。瓜成熟後，詔令博士、儒生們對於冬季瓜熟進行議論，人人說法不一。於是令他們到穀中觀看這一奇觀，同時在現場暗設機關。當諸生到達現場後，於眾人參觀議論之時，引發機關，土方自上而下，將儒生全部壓於土中，呼救之聲終於因坑平而止。
《文獻通考·學校考》的記載又有所不同，認為始皇與二世皆坑殺過儒生：
秦始皇使令禦史立案查問儒生，儒生們相互揭發，以至於坑殺460餘人。同時，始皇又令人在冬季種瓜於驪山，瓜熟後令博士、儒生們前往觀看，用“伏機”殺死700餘人。秦二世時，陳勝起兵後，召博士、諸生議論此事，以“非所宜言”罪又殺死數十人。
這場相距不到一年的焚書與坑儒，便是後世人們所說的“焚書坑儒”事件。
有關焚書坑儒的記載，表明秦始皇統一六國後，新興的大秦帝國究竟要采用何種政治製度，這在秦國統治集團的上層有著激烈的鬥爭。這種有關國家製度建設問題上的鬥爭，又同意識形態領域裏兩種思想的鬥爭緊密相連，二者往往交織在一起，從而構成了秦王朝統治階級內部鬥爭的主要內容，是秦王朝政治上的一大特色。
所謂郡縣與分封之爭，事關國家政體，關係重大，是秦王朝統治集團內部鬥爭的焦點問題。據史書所載，秦王朝朝堂之上的兩次紛爭，都是由這個問題所引發的。公元前221年，是由丞相王綰的在燕、齊、楚故地封諸侯王的建議所起的，但遭到了廷尉李斯的反駁，而秦始皇讚成李斯的意見，其結果是分天下為36郡。8年以後，博士淳於越再次在朝堂上挑起分封與郡縣的爭論，但遭到了丞相李斯的駁斥，秦始皇讚成李斯的意見，其結果是引發了“焚書”以及“坑儒”。
“焚書坑儒”作為一場浩劫，古今已多有評論。它給社會所帶來的災難，人們已多有認識。這裏，列舉說明以下五點：
第一，秦始皇、李斯的《焚書令》，是商鞅變法中“燔詩書而明法令”政策的繼續，是秦王朝繼續推行以法治國路線的必然結果。這種在意識形態領域所采取的極端措施，是秦國在這一問題上的一貫政策的繼續和發展，是把韓非在秦統一六國之前所提出的“明主之國無書簡之文”理論變成現實。可見，焚書並非是秦始皇、李斯頭腦一時衝動的產物。
第二，焚書坑儒事件結束了春秋戰國以來思想文化界的百家爭鳴局麵，它標誌著封建時代文化專製主義的到來。盡管後世的封建統治者在意識形態領域一般不再采用焚書坑儒這種極端手段，但戰國時代的百家爭鳴局麵，在二千多年的封建時代卻從未再度出現。
第三，焚書坑儒事件的發生，表明秦帝國建立後意識形態領域內新舊兩種思想的鬥爭是何等的激烈。秦始皇、李斯何嚐不知道“焚書”、“坑儒”是一種極端手段，以至於他們在采取這種手段時，不得不通過歪曲事實、顛倒黑白來為焚書坑儒進行辯護，來緩解人們對此的敵對情緒和反抗。然而，秦始皇畢竟是堅決地采取了這種極端手段。這就足以表明，當時意識形態領域裏的鬥爭竟達到何種激烈的程度！
第四，意識形態領域裏新舊兩種思想鬥爭同統治集團內部在製度建設問題上的鬥爭交織在一起，促使秦始皇、李斯最終下定決心在意識領域采取極端手段，一手炮製了焚書坑儒事件。正如李斯一針見血所指出的那樣，儒生們借著談論《詩》、《書》，用“私學”來“道古以害今”、“惑亂黔首”，其目的在於“非上之所立”。指出了非難秦帝同所建立的嶄新製度，是問題的要害所在。靠武力奪取天下的秦始皇，他怎能容忍儒生鼓動口舌來攻擊和動搖他為秦帝國所建樹的各項製度？焚書也罷，坑儒也罷，秦始皇都是為了捍衛他所建立的秦帝國與帝國製度。
第五，秦始皇被他所取得的勝利與成就衝昏了頭腦，這也是促成了他最終采用極端手段實行焚書坑儒的主觀原因之一。秦始皇是用武力統一六國的，他的帝國秩序是靠暴力來維護的。他被自己在政治領域用暴力手段所取得的成功蒙住了眼睛，認為暴力可以解決一切問題，看不到意識形態領域內的鬥爭具有不同於政治鬥爭的獨特特點，因而在新舊兩種思想鬥爭中處於劣勢時，他企圖通過借助於暴力手段來解決意識形態領域的問題，實行焚書坑儒。結果，不僅意識形態領域內的問題沒有解決，而且在政治上加速了秦帝國的滅亡。焚書坑儒與秦帝國的二世而亡，再次向人們昭示了“武器的批判不能代替批判的武器”這一偉大的真理。