到1928年左右，當初替洛克菲勒策劃慈善事業的大將都已衰老退休或逝世了。洛克菲勒整個的慈善事業正麵臨一個新時代。老當益壯的洛克菲勒主張將全體合並，他在指示他兒子的信上說：“如果合並是應該今天做的，你應了解我平日的感受，馬上放手去做，應該毫無問題的可以合成一個大機構。”
當時，洛克菲勒基金會中最大的機構尚有“普及教育委員會”、“蘿拉·史貝爾曼基金會”和“洛克菲勒紀念基金會”。“蘿拉·史貝爾曼基金會”是專門從事社會工作的，當時已完全準備隨時並入洛克菲勒基金會。唯有“普及教育委員會”是否要並入基金會，引起洛克菲勒手下人士的爭論。讚成的人認為二者合一會有更和諧完美的行政製度，更一致的政策。但反對的人士卻認為，二者的主旨不同，一旦合並恐怕無法顧及多方麵的活動，而影響工作效果。結果雙方妥協，以很緩慢的步調慢慢地合並，使二者成為一個更協調、更有效率、繼續為社會大眾謀福利的機構。
洛克菲勒幾十年的慈善事業，不但替社會做了許多事情，更使其與下屬的工作人員建立起良好的友誼，宛如一個完整的大家庭。雖然洛克菲勒的慈善事業曾改善教育、醫學及各方麵的環境，但也像其他的慈善機構一樣遭遇到一些麻煩，比如浪費了一些金錢，做了錯誤的決定，或內部行政人員的人事問題等；並也招致一些評議，比如太多研究、太少實際活動，或抱怨活動太散亂，忽略了人性等等。
除了這些普遍的批評外，外人對洛克菲勒慈善事業指責得最厲害的兩點是：第一，洛克菲勒家族完全控製該慈善事業，太過專權。第二，該事業的條例規則太多，不能完全發揮其潛力。
對於外界所傳的洛克菲勒家族完全掌握基金會的一些評語，小洛克菲勒對此曾有一番解釋。他認為他父親做事一向由小而大，小心謹慎地研究考慮之後才慢慢地去做。在這種情況之下，當每一個基金會、研究中心等成立之初，都是由常與洛克菲勒在一起計劃的親密親人及密友所主持，以致基本是洛克菲勒家族或其親信掌握各慈善事業。
其實，每當上軌道後，若洛克菲勒物色到有才幹、有魄力的替代者時，洛克菲勒家族的親信便漸漸退出而讓委員會的人員獨立地處理事件。小洛克菲勒是非常反對眾人認為他們家族獨攬各種慈善事業的。至於外界的評論，他認為更是不公平。因為洛克菲勒在20世紀20年代曾多方麵減少各種不必要的規則和條例，使各慈善事業都能盡力地發揮其潛能，為社會大眾謀福利。
無論外界對洛克菲勒的各項慈善事業如何不滿，他們都不能否認洛克菲勒對社會確有貢獻。他雖有驚人的財富，但他從未因此狂妄，反之，都是以謙虛的態度來對人對事。他從未將他的錢財奢侈地浪費運用於買通任何的權勢，他總是捐給大眾。在創辦慈善事業的整個過程中，洛克菲勒從不任用自己人，或幹涉行政。雖在各項活動成立之初，他都親自參與策劃工作，但一旦由有才能的人接手過去，洛克菲勒就不再發表意見了。所以，總括來說，美國人民和其他國家受益的人民還是應該感激他和他的家族上百年來的善舉。