黃賓虹居上海三十來年，卻始終沒有融入“海派畫家”在他晚年的論述裏，除對“海派畫家”先驅趙之謙、中後期巨擘吳昌碩、以及畫風，相對古典、水墨淋寓居上海漓的蒲華表示過敬意，餘皆極少評說。究其深層原因，當然是藝術思想淵源的相異所致。鑠古鑄今正值辛亥革命前夜，黃賓虹在上海積極參與編刊物、辦報紙，加入“國學保存會”。聞名於時的國粹派組織者和理論家鄧實，因作品兼有唐詩文采風華與宋詩峭健骨格、人稱“唐麵宋骨”的黃節等人，深感外國列強多方盜竊我國曆代文物、書畫，十分痛心，決定成立“國學保存會”。這也可以說是一場“發明國學，保存國粹”的學術救亡運動。黃賓虹擔任“國學保存會”主辦的《國粹學報》主筆，同時，還和鄧實、黃節等人創辦了《政藝通報》《國學叢編》等書刊，這些書報、刊物大都具有愛國主義和民族主義思想，不少屬於清朝“禁書”。清朝自康熙、雍正和乾隆時期的“禁書”開始，亦總是伴隨著血腥鎮壓，這也是清朝禁書的最大特色。
那時影響最大的就是出版後不久，即成為“禁書”的魏源1842年著成的《海國圖誌》，書的宗旨原本是讓中國人“睜眼看世界”，提出“師夷長技以製夷”。而在日本，《海國圖誌》卻成為暢銷書，日本的維新思想家利用《海國圖誌》提供的世界知識，結合日本實際，提出維新改革的主張，繼而掀開了日本明治維新的序幕。黃賓虹與鄧實合編《美術叢書》，全書輯錄美術論著257種，包括書畫、雕刻摹印、瓷銅玉石、文藝及雜記等五類，是近代史最大也是觀念最新的藝術類叢書。他主編的《神州國光集》，則專門發表古代書畫金石影印拓本，且是中國第一次用珂羅版印刷的畫集。在此後民國時期的相當一段時間內，珂羅版影印畫冊之風盛行。魯迅在1913年2月12日的日記中記有：“……赴廠甸閱所陳書畫。買《畫征錄》一部三冊，三角；《神州大觀》第一冊，一元六角半，此即《神州國光集》所改，而楮墨較佳，冊子亦較大。擬自此冊起，聯續買之。”1908年，黃賓虹參加了“海上題襟館金石書畫會”。第二年，經中國第一個“以保存金石、研究印學，兼及書畫”為宗旨的學術團體“西泠印社”首任社長吳昌碩介紹，加入西泠印社。黃賓虹又與柳亞子、陳去病等發起以研究文學提倡氣節為宗旨的“南社”。柳亞子說：“它的宗旨是反抗滿清，它的名字叫南社，就是反對北庭的標幟。”“我們發起南社是想和中國同盟會互為犄角。”南社第一次雅集1909年11月13日在蘇州虎丘張公祠舉行。參加雅集的南社同仁們一個個無不慷慨陳詞。柳亞子賦詩：“寂寞湖山歌舞盡，無端豪俊又重來……登高能賦尋常事，要挽銀河注酒杯。”曾經寫詩哭鄒容、悼秋瑾，當麵斥責蔣介石，把吳鐵城、杜月笙逐出家門的柳亞子，描寫自己和毛澤東的關係，也是：“除卻毛公即柳公，紛紜餘子虎龍從。”可謂狂放不羈。黃賓虹則是揮毫作了一幅《南山雅集圖》，以紀盛會。並且賦詩：“漫天一色亂雲浮，黃葉蕭疏已入秋。卻喜南華剛讀罷，會心濠濮惠莊遊。”此詩後來題在為“江南三名士”之一的胡石予所作的《近遊圖》上。胡石予自謂“四壁縱橫五千卷，一樓坐臥十三年”。其一生可謂“桃李天下”，他的學生有葉聖陶、顧頡剛、餘天遂、王伯祥、吳湖帆、範煙橋、蔣吟秋、江紅蕉、鄭逸梅、顧廷龍等一批日後成名的人物。胡石予一生儉樸，隻穿布衣不穿絲綢，刻“大布之衣”一印以自勵，朋輩多以“胡布衣”相稱。武昌起義後，上海商團攻打滬南高昌廟軍械局時，商團執事提前告知黃賓虹，請他擔任外線的一項傳遞。當商團攻下高昌廟軍械局時，黃賓虹興奮地高懸事先製作好的大幅白旗，慶祝上海光複。當時懸白旗表示正大光明。忽然想到“海派畫家”任伯年，他年少時曾經參加過太平天國，並且在李秀成部擔任“掌軍旗”之職，當時軍旗較大，“戰時麾之，以為前驅。”
1929年教育部第一屆全國美術展覽同人合影。左起第一排為黃賓虹、楊清磐、吳湖帆、張大千、葉恭卓、孟壽春、關伯珩、張善孖等後，流浪至上海，後隨任熊、任薰學畫，以賣畫為生。陰差陽錯，黃賓虹和任伯年一樣，改造舊社會的熱血激情，最終都一筆一筆變成了縱橫開闔的筆墨江山。辛亥革命成功，黃賓虹謝絕了原安徽公學同仁安徽督軍柏文蔚和都督府秘書長韓衍要他前往任職的電邀。1912年，黃賓虹在上海愚園參加南社雅集。作山水立軸，款署“賓虹寫”，這是最早的“賓虹”款。黃賓虹任主編的《神州日報》，因袁世凱為複辟帝製遣人巨款收購，遂辭職。這一年，黃賓虹在上海競雄女學兼職任教。該校乃為紀念秋瑾而創辦，孫中山曾為競雄女學手書“巾幗英雄”橫額。為了生計，黃賓虹還經營了一家名“宙合齋”的古玩店，請書畫家和文物鑒賞家李瑞清寫了副楹聯：“宙有往古來今之訓，合於天工物巧而珍。”古玩店很快就成為了上海文人雅士談詩論畫的場所。據說，喜歡古物的魯迅和一些左翼文人也都經常來這裏論古道今。