小皇子在太監們的引導下，來到憲宗麵前，他依照母親的描述，一眼便認出了他的父親，跑著撲向憲宗的懷抱。皇子出生後，紀氏等人一直不敢給他剪頭發，讓他看起來像個女孩。憲宗緊緊地把皇兒摟在懷裏，望著他那幾乎拖在地上的長發，不禁悲喜交加，潸然淚下。他扳起皇兒的臉細細端詳，一邊流淚一邊說：“是我的兒子呀！長得像我！長得像我！”
這幾年，大臣們一直為皇上沒有皇子而憂心忡忡，不斷為此而上疏奏章。這年五月，乾清宮因雷擊發生了火災，大臣們認為這是上天對皇上沒有繼嗣的一個警告，便借此紛紛上奏，請求皇上為國家利益著想，趕快想辦法生皇子。憲宗閱過奏章，有些按捺不住了，就派司禮太監懷恩前往內閣，宣布：“皇上已有皇子，現已6歲！”大臣們莫名其妙、驚詫不已。等懷恩把原委講了，群臣這才恍然大悟，個個興奮不已。
隨後，憲宗頒詔天下，皇嗣有人，大臣們紛紛入朝祝賀，禮部送上已為皇子擬好的名字，憲宗看了總覺得不甚滿意，便親自為之取名“祐樘”。
萬貴妃聽到這些消息，如雷轟頂。她無論如何也沒想到宮中的妃嬪宮女和太監竟敢和她對著幹，更沒想到一個已經6歲的皇子像從地底下冒出來似的出現在麵前。她知道紀氏的存在對她是一大威脅，一旦紀氏的兒子即了帝位是不會輕饒了她的，她必須先發製人。
大學士商輅為人正直，做事穩健，他知道萬貴妃什麼事都能做得出來，他見憲宗將皇子留在宮中，而紀氏卻仍在安樂堂，他擔心紀氏的安全，也擔心皇子重蹈悼恭太子的覆轍。於是他率大臣上疏說：“皇子為國本之所在。著以貴妃保護，恩諭已出，教養之事仍以其生母紀氏主持為好。但現在皇子之母因病別居宮外，致使母子不能相見，於情於理，均有不妥。請皇上降旨，令紀氏就近居住，使之母子朝夕相見，以便教養。”憲宗欣然準奏，讓紀氏移居永壽宮並召見了她，兩人7年以後重見，相看有淚，無語凝噎。第二天，憲宗冊封紀氏為淑妃。從此，憲宗頻頻召見紀淑妃，與她飲酒作樂。
這年六月二十七日，紀淑妃在憲宗召她飲酒時，突然感到腹痛難忍，告病回宮。第二天，萬貴妃便派太醫院院使方賢、治中吳衡前去診治，不幾時紀淑妃就告薨。其時距憲宗召見皇子朱祐樘隻有42天。這件事又是萬貴妃的傑作，她首先指使人趁憲宗召紀淑妃飲酒之機在她的酒中下了毒，見沒有毒死，便又串通太醫借診治為名將她毒死。
消息傳來，舉朝震驚，多數人都能猜出一二。憲宗想派人調查，但又怕如果是萬貴妃所為不好收場，便息事寧人，說紀淑妃得急病而死，趕忙讓人埋葬了事。大臣們都是敢怒而不敢言。太監張敏聽到紀淑妃的死，心中已經明白了大半，自己撫養皇子的事已經人人皆知，自知不保，吞金而死。
紀淑妃死時，朱祜樘年僅6歲，但幾年來他所處的險惡環境使他體味到了較深的人生艱難，對萬貴妃充滿了憤怒，當他聽到母親的不幸後，“哀默如成人”。這年十一月，他被明憲宗冊立為皇太子。
周太後深知萬貴妃的手段毒辣，她看到憲宗經常無暇顧及年幼的太子朱祐樘，擔心太子也遭到萬貴妃的毒手。便親自把太子接入自己所在的仁壽宮中撫育，飲食起居，照顧得無微不至。