孟氏的養母聽宣夫人燕氏、尼姑法端與供奉宦官王堅做佛事為孟氏禱祝祈福。劉氏又誣稱孟氏居心險惡，說用道符是在詛咒趙煦，做佛事是為了把五月十六日結婚觸犯忌諱而可能招致的折壽災禍免除掉，並把災禍集中到趙煦頭上。趙煦聽信讒言，廢孟氏貶居瑤華宮，號華陽教主，玉清妙靜仙師，法名衝真。
瑤華宮實際是座落在汴京街坊內的一處隻有幾間破屋的小院子。孟氏的日常生活都受到了嚴密的監視，沒有人敢同她來往；門前冷落，四壁肅然，生活寂苦淒清，連普通庶人的自由都沒有，真個是求為長安一布衣亦不可得了。
4年之後，趙煦病死，徽宗趙佶即位，向太後垂簾聽政，朝廷上再次出現了類似元祐的政治氣氛。公元1100年，向太後早就對孟氏的遭遇不滿，接孟氏回宮，恢複皇後位號，因這時劉氏已稱為元符皇後，孟氏就被稱作元祐皇後。
豈料，孟氏恢複位號剛剛兩年，政治氣候又一次發生了變化：趙佶改元“崇寧”，即崇尚熙寧之意；韓忠彥、曾布被排擠下台；大奸臣蔡京當上了宰相，對元祐大臣進行嚴酷的打擊。孟氏的地位再次受到了衝擊，劉氏趁機推波助瀾。於是，公元1102年，孟氏再次被廢，遷回瑤華宮，名號改為希微元通知和妙靜仙師。
以後的20多年間，孟氏一直在瑤華宮過著淒清的日子。公元1126年，瑤華宮被一場大火燒毀，她遷居到延寧宮，不久延寧宮又發生火災，她徒步回到了位於大相國寺前麵的弟弟孟忠厚家居住。
公元1127年，欽宗趙桓與臣商議，欲再次把孟氏接回宮廷，詔令還沒來得及下達，汴京被金兵攻陷。真是塞翁失馬，焉知非福。就因為孟氏已被貶為庶人，故而她不但幸免了被金兵俘擄的災難，又在以後歲月裏得到了至高無上的榮耀。
靖康二年二月，金人廢掉趙佶、趙桓兩個宋朝皇帝，冊立原先力主投降求和的宰相張邦昌為偽楚皇帝。四月，金兵押著趙佶、趙桓及所有皇族宗室、後妃外戚、近臣總共3千多人撤退北去，隻有孟氏因被廢，康王趙構因出使在外，幸運地留了下來。張邦昌遂迎孟氏回宮，尊為宋太後，請其垂簾聽政，孟氏寫親筆信，請趙構即位。五月初一，趙構在南京（今河南商丘）即皇帝位，是為宋高宗，建立南宋，改元建炎。當天孟氏在汴京撤簾，趙構尊她為元祐太後。因“元”字犯孟氏祖父孟元的名諱，趙構又改尊她為隆祐太後。
趙構不敢抗金，從南京跑到揚州，又跑到鎮江，最後跑到杭州。孟氏隻好隨著他南逃，公元1128年到達杭州。但南宋小朝廷腳跟還沒有站穩就發生了一場驚心動魄的兵變，孟氏被裹脅進變亂之中，經受了又一次嚴峻的政治考驗。
時因高宗用人不當，對立功頗多的將領不獎賞，反而提拔遇敵不戰、平庸無能的王淵主持樞密院（相當於副宰相），並對淩辱將領、作威作福的宦官康履不予過問，使得眾將憤憤不平。此時武將苗傅、劉正彥等人見張浚、韓世忠、劉光世諸大將都領兵在外，杭州城內兵少將寡，就利用軍民的不滿情緒，打著為民除害的旗號，策動兵變。三月九日，先殺王淵，並挑著王淵的腦袋領兵殺到了行宮門外。逼著趙構交出誤國宦官康履，流放奸臣黃潛善、汪伯彥，請孟太後垂簾聽政，讓高宗移居顯忠寺。第二天，孟氏與趙構年僅3歲的兒子趙敷垂簾聽政，頒布大赦令，稱趙構為睿聖仁孝皇帝，顯忠寺改名睿聖宮，隻留宦官15人，其餘全部發配到諸州編管。史稱這次兵變為“苗劉之變”。
之後，鎮守在外的大將張浚、韓世忠、呂頤浩等起兵勤王。殺苗傅、劉正彥，平息兵變。孟氏撤簾，迎接高宗複位，尊孟氏為皇太後。
趙構去建康部署防秋，孟氏隨後也到。自從南宋建立之後，金兵每年秋天都要大舉南侵，春暖後退兵歇夏，成了規律。這年，兀術任統帥，又領兵殺過來了。趙構乘船避於海上，在兀術退兵之後回到陸地，住在越州（今紹興）。公元1130年，孟氏到達越州，趙構親自到行宮門外迎接。
從此孟氏總算是可以安安靜靜地頤養天年了。長期動蕩的遭遇，使她生活節儉，她本可以從有司隨意支取錢帛，但每月隻肯領一千緡。唯一的嗜好就是飲酒，這可能是被迫以酒澆愁養成的習慣吧。在越州時，趙構說越州的酒不好喝，可以讓外地貢來，孟氏就自己派人拿錢去買。她在親戚的待遇上也較為謙謹，親戚有80多人可以靠她的恩蔭當官，她一個也不肯封授。