1836年10月2日，小獵犬號終於駛進了英國的港口。整整5年了，達爾文不再是當年的達爾文了。祖國迎接他的勝利歸來，呼喚著一位偉大的科學家和一個劃時代的科學學說的誕生。
這一年，達爾文27歲。
最後的達爾文
航海歸來後，達爾文隻在家裏住了幾天，就去了劍橋。他租了一所公寓，專心整理和研究自己的岩石、礦物標本和地質資料。同時，他還埋頭撰寫《觀察日記》和地質學論文。
一直以來，達爾文都忙於自己的工作，無暇顧及自己的婚姻大事。從小，他就和大他10個月的小表姐愛瑪很要好。達爾文從環球考察到回來整理標本、出版書籍，愛瑪時時刻刻地關心著他，等待著他。
1839年1月，達爾文和他的小表姐愛瑪結婚了。他們共同生活了43年，生了10個兒女，家庭生活幸福美滿。但是，由於他們是近親，對生育的兒女的智力有很大影響。
結婚以後，達爾文繼續工作，他開始寫“物種起源”，的筆記，並開始搜集動植物在家養情況下所發生的一切變異事實。他發現各種家養動植物的優良品種，不是上帝造出來的。它是人民群眾經過世世代代人工選擇的結果，說明在人工選擇下，物種能夠發生變異。
接著，他又研究了自然條件下的變異，那是“適者生存”“優勝劣汰”的結果。
從1842年開始，達爾文正式寫《物種起源》的提綱，寫了《1842年概要》，後來又寫了《1844年概要》，其中列舉了很多事實來證明物種是變異的，而他的生物進化論的精華就是自然選擇。
達爾文花了近10年的心血準備《物種理論概要》。1858年，他開始寫作《物種起源》，隻用了一年多的時間，就完成了這部震驚世界的名著。
1859年11月24日，倫敦幾家書店門庭若市門庭若市：門口和庭院裏熱鬧得像市場一樣，形容交際來往的人很多。，人們在爭相購買新出版的《物種起源》，1250冊一天之內銷售一空。整個英國受到了達爾文進化論的衝擊，刮起了“達爾文旋風”。
《物種起源》一書詳細地介紹了達爾文的進化理論。他推翻了上帝創造萬物的宗教學說，認為生物都是從低等到高等逐漸進化而來的。在自然界中，可利用的生存空間是有限的，各種生物為了食物，進行著你死我活的競（jìnɡ）爭，也就是永恒的生存鬥爭。最能適應環境的就能夠生存下去，而其他的就要死亡。這被稱為“適者生存”。但是，隨著時間的推移，環境也隨著變化，因而生物也隨著變化，就是說，從一個種類演化到另一個種類，以便在新環境中生存下去，這被稱作“自然選擇”。
《物種起源》一發表，整個學術界便咆哮了，湧向達爾文的是狂風和暴浪，既有最強烈的支持又有最強烈的反對，不過比例是失調的。每100個讀者中，就有99個最激烈的反對者，而剩下的一個則是最狂熱的擁護者。似乎沒有一個人能在感情上保持中立。
原達爾文的老師和朋友、地質學家塞治威克，在寫給達爾文的信中說：新理論是錯誤的而且非常有害，使他感到真正的痛苦。他警告達爾文說，把人類和動物一起放在一塊板上，人類將到精神瓦解的危險。他還責備達爾文是“理智的腐化”，妄想妄想：狂妄地打算；不能實現的打算。在讀者麵前表現自己是個有獨創性的天才！這封信末尾的署名是：“現在是——猿類的一個後代，而過去是——您的一個老友”。
原“獵犬號”船長菲子洛也加入了保守派的行列，他表示對達爾文怠（dài）慢上帝、“宗師猴子”泫然欲涕（tì），在他看來，“人類是昨天降生的——明晨就要滅亡。我們不是永存的，而是曇花一現的，似乎可以說是偶然發生的。”
緊接著，各種各樣的漫罵和輕蔑（miè）接踵而來。
達爾文最堅定的擁護者是英國第一流的動物學家赫胥（xū）黎，這位年輕的學者表示，為捍衛進化論，“我準備接受火刑”，他還嚴正地宣告，“我正在磨利我的爪和牙以作準備。”植物學家華生，稱達爾文為“這個世界自然史上最偉大的革命家。”