李時珍打聽到：當時南京的書坊，一般都是以印50部書為“一帖”，一種書印行到“十帖”，即500部，就算是很高很高的紀錄了。李時珍惆悵惆悵：傷感；失意。地想：“這太少了！五百部能推銷到多少縣份去？能散播到多少省份去？要使這部耗（hào）盡我畢生精力的大書廣布全國，這樣的印法隻能是遙遙無期。”但就是這樣的印數，也沒有什麼人願意承刻。也可以說，唯其印數少，書商對賺錢沒有把握，就更不敢輕易接納這麼大部頭的書了。
也有些書商是懂行的。他們說：“李先生獨立完成這樣的本草新著，真是可欽（qīn）可敬！但是這種大部頭的藥書，曆朝都是由皇帝詔令修撰（zhuàn），命大臣主持其事，由京師刊刻。《唐本草》、《蜀本草》是這樣，宋朝的《開寶本草》、《嘉祐本草》也是這樣。本朝能夠出現李先生這樣的新編《本草》，自是祥和之事。但是這樣的偉業，沒有朝廷的力量，終究是很難辦到的。”
10多年的磨難挫折，10多年的失望難堪，誰也不知道李時珍是怎樣熬過那悠長痛苦的日子的。他的著作的偉大價值終於被一個相當懂得醫藥的書商胡承龍發現了，胡承龍震驚於這部書的偉大，立下宏願，一定要把它刻印出來。
一塊塊木版逐漸被胡承龍的書坊刻了出來，這時，距離李時珍完成書稿的時間已有10多年，李時珍已經是一個73歲的老人了。
由於長年累月著述《本草綱目》，生活極端勞累，書成以後，為了出版的事奔走勞瘁，受到許多打擊，七十五六歲的時候，就顯得日漸衰弱和更加瘦削了。他想到：如果朝廷能加以重視，下一道詔（zhào）書，就可以使全國都風起雲湧，竟相刊刻傳播了。想到這兒，他覺得將來這書出版，是應該獻呈一部給朝廷才好，說不定這樣一來，這部耗（hào）盡他一生心血的書，就可以發揮更大的作用，風行四方了。這樣一想，他就強忍著病痛，起身伏案，執筆沉吟（yín），趕著寫一份“奏表”。
李時珍並沒有纏綿臥榻（tà）經曆過長久的疾病折騰，他是在日漸衰弱中突然去世的。那時是1593年（萬曆二十一年），他76歲。
李時珍的逝世，在蘄州一帶引起很大的震動。他的墓地在雨湖南岸的土耳地，下葬那一天，受過他診治的、仰慕他的仁厚為人的，敬重他的奇才卓（zhuō）識的，親朋鄰裏、四麵八方的人，都懷著哀傷的心情前來送喪，撒下了紙錢，發出了悲聲。
李時珍的墓地是和他父親李言聞、母親張氏的墓地緊緊地依靠著的，他的早已去世的妻子吳氏也和他葬在一起。
《本草綱目》在朝廷裏沒有受到充分的重視，但是在民間卻發揮越來越大的影響。300多年間不同的版本的出版超過了60種，重印的就沒法計算了。
隨著時間的流逝和文明的發展，人們越來越認識到《本草綱目》不但是藥學、醫學的巨著，而且也是博物學的大辭典，李時珍不僅是醫藥學家，而且也是偉大的博物學者、自然科學家。他總結了16世紀中國燦爛文明的成就。中國自漢代至於近古的一係列古代自然科學家中，他的名字現在是被排列在最前頭了。
《本草綱目》17世紀的時候傳入日本，最早的版本是小野藍山翻譯的，它被人獻給幕府首腦（當時的日本君主）德川家康，德川見了如獲至寶，經常置於座右，被稱為“神君禦前本”，它在日本人心目中的地位可想而知。在江戶時代的200多年間，日本學術界研究《本草綱目》的熱潮一直奔騰不息，形成了一項專門的學問。在它的影響下，日本還出現了專門解釋自己國家藥物的《大和本草》。
日本很快有了《本草綱目》的節譯本，到了1934年，又有了嚴格的全譯本。
在亞洲，《本草綱目》還傳到朝鮮、琉（liú）球、越南等國和地區，在朝鮮的影響很大，它成為醫家們的重要參考書。現存的朝鮮醫籍中，依據和引用《本草綱目》的十分普遍。
《本草綱目》中提到的植物達1181種，動物達462種，而且，它又有極其新穎的、在當時是雄踞世界最前列的分類法，因此，又引起了許多博物學家的注意。
達爾文在他的名著《物種起源》、《動物和植物在家養下的變異》中曾十幾次引用和讚美了“中國古代的百科全書”，科學家們考證得出結論，達爾文所稱的“中國古代的百科全書”，有時是指《本草綱目》，有時是指《齊民要術》。他在談到雞的七個品種的資料以及金魚家化後的變異時，都是從其他學者對《本草綱目》的譯文中轉引的。
唯其如此，世界許多國家的圖書館，都藏有各個時期《本草綱目》的各種版本。日本、美國、德國的圖書館中便藏有最先刊印的金陵版。