工作一天天在進展，一疊疊的原稿連同圖譜，越堆越高。他的書房裏，僅僅是曆代的本草著作，就有好幾十部，加上五花八門的經、史、子、集，還有許多標本；再添上這一疊疊的原稿，簡直就像是一個小圖書館了。
他一輩子都奔波勞碌，從沒有肥胖過，到了越發勞碌的晚年，就顯得更加瘦削了。
李時珍完成《本草綱目》的著述工作以後，又經過三次大規模的修訂，使它更加完善。1578年（明萬曆六年），這部巨著終於大功告成了。他是在1552年，34歲的時候開始執筆寫它的，曆時27年，完成的時候，李時珍已經是61歲、白發蒼蒼的老人了。
《本草綱目》是一部集中國曆代藥物學大成的巨著，它總結了16世紀中國的博物學成就。第一是篇幅巨大，全書52卷，約190萬字，收載藥物1892種，附圖1109幅，附藥方11096個，而舊本附方，不過2935個罷了。第二是內容豐富深厚，所收資料非常廣泛。《本草綱目》引述的書凡八百家，共993種，其中包括曆代諸家本草41種，古今醫家書目361種，古今經史百家書目591種。第三是內容博而不繁，采訂精深。舊本本草中，凡是重複的，都被刪（shān）去，一共刪了200多種，加上了金、元、明時代新補的39種，李時珍自己增補了374種。《本草綱目》近2000種藥物中，大部分都經過他自己的實地考察，或臨床驗證，或向有實踐經驗的人采訪。第四是編纂（zuǎn）合理，《本草綱目》的體例要比它以前出現的任何本草學書籍更係統更先進。它把1800多種藥物分成16個部門，作了介紹。每一部門分成若幹類，一共包括了60類。在解釋工作上，他定下的體例是：用“釋名”一欄確定每一藥物的名稱；用“集解”一欄說明它的出產地帶、形態和采集方法；用“修治”一欄講解它的炮灸（jiǔ）過程；用“氣味”、“主治”、“發明”各欄，分析它的性質和功用；最後以“附方”一欄把它所收集的10000多個藥方分別作為附錄，以供天下醫家參考。
這部巨著對中國，對世界將發生怎樣的影響，李時珍當時還未能充分意識到，但是他確信這將有助於千萬醫生的治病救人，有利於千萬病人的脫離苦海。但是，這樣卷帙（zhì）浩瀚（hàn）的大書，190萬字，1000多幅插圖的巨著，將到什麼地方去尋求出版呢？一個嶄新的難題又出現了。
蘄州雖然是一座名城，也有些大戶名流，把刻書當做一件趕時髦（máo）、揚名聲的雅事，但是他們刻的大都是經、史一類的書籍，並沒有誰認識《本草綱目》這樣的學術著作的偉大意義。他們對出版它毫無熱情。懂得它的價值的人，又沒有什麼實力，幫不了什麼大忙。
李時珍四處訪尋能夠出版的書坊，但是不幸的是多方接頭，卻連連碰壁。一年、兩年過去了，始終一籌莫展一籌莫展（chóu）：一點計策也施展不出；一點辦法也想不出。。
那時的南京，是東南一帶的政治、經濟、文化中心。李時珍不久就前往南京找尋門路。同時，他也想到：他認識的文壇名宿王世貞，就住在南京附近的太倉，何不去找他寫一篇序文，使這部藥書的出版，獲得一些便利的條件呢！
王世貞是當時文壇領袖，聲名很大，他曾任山東副使，後來官至刑部侍郎，頗稱博學。像李時珍這樣的著名醫生，交往的人是很多的。7年前王世貞擔任湖廣按察使的時候，他們就相識了。
王世貞對這位著名醫生從前本就有相當的了解，對他接待得十分親切，並且留他小住幾天，彼此可以海闊天空地傾談。那些日子裏，他們一同飲酒賦詩，縱談經史、山川、聲律、醫理、園藝、民俗，十分投機。王世貞對於這位目光明亮，臉色紅潤，身材瘦長的來客見識淵博、談吐如流暗暗感到驚奇，在他的生活經曆中，碰到這樣熟諳（ān）古今、嫻（xián）習博物的人是極少極少的。因此，當李時珍打開了行囊，把幾十卷《本草綱目》的原稿抄本拿了出來，請求他作序，以便這書能夠更好地流傳的時候，他翻著翻著，對於卷帙（zhì）如此浩瀚，插圖這樣豐富的著作感到十分意外，略一沉吟，就痛快地答應下來了。
有了王世貞答應寫序，李時珍挾著他的著作，在南京訪尋能夠出版它的書坊。