2009年，奧巴馬當選美國總統，他希望能夠彌補被前總統小布什落下的跨大西洋夥伴關係。當選總統半年的時間裏，奧巴馬到包括德國在內的歐洲國家訪問了兩次，受到了德國等歐洲國家的熱烈歡迎。2009年起，默克爾在第二個任職期內，帶領聯盟黨與自民黨將德美關係推上了一個新的高度，特別是在阿富汗駐軍和利比亞問題上達成了一致。
奧巴馬的對外政策中最為重要的一個目標就是結束阿富汗戰爭，因此他特別希望能夠得到德國等夥伴的聲援。為了維護與美國良好的夥伴關係，德國向美國伸出援手，派兵支援美國對阿富汗的戰爭。2011年，默克爾還宣布，德國會派兵參與在阿富汗的預警行動。雖說這並不是德國民眾希望看到的，但德國的執政黨——聯盟黨和自民黨都對這次行動表示擁護。之後默克爾訪美，奧巴馬對德國派兵參與阿富汗行動和安全工作表達了非常誠摯的感謝。
與此同時，利比亞問題也是廣受關注的國際事件。2011年3月，聯合國安理會對製裁利比亞問題進行表決。聯合國規定，15個安理會成員國中有9個投讚成票，同時得到5個常任理事國的全票同意，一項決策就能夠得以通過，但是在利比亞問題的表決中，德國等3個非常任理事國放棄了投票權利。
最為支持武力打壓利比亞的是英國和法國，美國認為隻有西方國家團結一致，才能夠對卡紮菲產生威懾力，加上自己身上還背著“霸主”的包袱，便同英法一起支持製裁利比亞。德國的這種態度讓美國非常意外，因為德國這是公然地站在西方大國的對立麵。雖說之前德國也曾反對美國攻打伊拉克，但至少還有法國等站在同一陣營，而如今德國沒有和任何一個西方國家站在同一立場，這使得美國非常生氣，對“跨大西洋夥伴關係”的說法產生了強烈的質疑。
回到德國國內，反對默克爾這種做法的聲音此起彼伏，很多人批評默克爾說，她的這個決定可能會葬送掉德國在聯合國的前途，因為這是德國統一以來最差的一個外交政策。
不過，默克爾認為自己的這個決定並不是一時衝動，而是深思熟慮的結果。第一，利比亞國內的局勢並不明朗，在還沒有搞清楚狀況的情況下就發動戰爭，可能帶來更壞的結果；第二，聯合國對於國際安全的規定不夠明確，對利比亞發動戰爭是否正確還有待商榷；第三，利比亞局勢的發展並不會直接影響德國國內的形勢。
當然，雖然默克爾堅持她的判斷，但還是受到國內國際的各種壓力，隻好尋找各種機會改善與盟友和其他國家的關係。默克爾承諾將會援助美國參與利比亞動亂後的重建工作，奧巴馬接受了默克爾的這一示好，稱德國和美國將會成為彼此最信任的盟友之一。
監聽門：從搖擺不定到日益強硬
2013年6月5日，英國《衛報》一則披露“棱鏡計劃”的報道，像一顆重磅炸彈在世界範圍內掀起軒然大波。隨著報道的不斷披露，人們終於知道，自己生活在一個“楚門的世界”裏，美國政府以反恐為名，實施代號“棱鏡”的秘密監視項目，在世界範圍內大規模地監視人們的電話通訊和網絡信息。
美國政府的“棱鏡計劃”秘密項目讓全世界感到憤怒，人們紛紛譴責奧巴馬政府的無良行徑，要求美國政府停止監聽，還自己的隱私和尊嚴。德國民眾也積極參與抗議活動，抗議監聽行動。奧巴馬在6月19日訪問德國時更聲稱德國是美國的夥伴，決不會被監聽，而且監聽的目的是為了拯救生命，打擊恐怖活動。此時，默克爾也與奧巴馬立場一致，認為“棱鏡計劃”有著重要的反恐作用，希望德國民眾保持冷靜。