在整頓吏治以後，他又開始著手進行經濟改革，實行均田製，發展社會經濟。長期以來的戰亂給中原地區的社會經濟造成嚴重的破壞，土地大片荒蕪，百姓背井離鄉，人口四處流亡，世家大族又趁機大肆兼並土地，占領山林湖泊。不少人民為了躲避沉重的賦稅和徭役，脫離了戶籍，進入了莊園塢堡，成為豪強宗主的私有戶口。官府掌管的土地和編民逐漸減少，大量荒地無人耕種，國家的財政因此而日益困難。馮太後、孝文帝麵對這種困窘的經濟形勢，於公元485年，采用了大臣李安世的建議，下令在全國實行均田製度。目的在於同豪富之家爭奪土地、戶口，勸課農桑，興富民本業。同時，也是為了緩和“富強者占山擁湖，而貧弱的人無立錐之地”的貧富懸殊的社會矛盾。
孝文帝均田製的主要內容有以下幾個方麵：
（一）十五歲以上的成年男子，受荒田四十畝，桑田二十畝；婦人受荒地二十畝。為了便於休耕輪種，按照各地的具體情況，荒地可以加倍或兩倍授給。荒地不允許自由買賣，但是有多出的荒地必須賣出，有不足的則應該買進。死了或是年滿七十歲而無力耕種的，可以免除課稅，將田地歸還官府。而桑田是世業田，可以傳給子孫後代，按規定，桑田要種植一定數量的桑樹。不適合種桑樹的地方，改受麻田，男子十畝，女子五畝。
（二）奴婢和耕牛也是受田的對象，奴婢受田的數量和辦法與農民相同。壯耕牛每頭受田三十畝，但不給桑田，每戶最多限受四頭牛。
（三）在地廣人稀的地方，可以隨便開墾耕種，不受均田製的限製，但住戶不能隨便遷徙。地窄民稠的地方，允許民戶遷徙，可以到任何空荒之地開墾，但是不得逃避賦役。因為人口增加，而受田又不夠，但又不願遷徙，可以用桑田抵應該得到的荒地的數量。如果相抵還不足，便不給休耕的荒田，還要從家人的田中進行減量分給。
（四）地方官吏依職位高低授給公田，刺史為十五頃，太守為十頃，治中、別駕為八頃，縣令、縣丞六頃。公田是不允許出賣的，官吏在離職時，要把公田如數交給繼任者。
均田製實行以後，雖然土地占有不平衡的狀況有所扭轉，但卻肯定了豪強地主擁有大量土地的合法性，保護了他們的切身利益。但均田製公開將無主荒地分給農戶，招徠流民，使自耕農增加，耕地麵積擴大，同時還規定了民戶占田的數量，並且不準買賣土地，在一定時期內限製了世家大族兼並土地，有利於生產的恢複和發展，使國家征收賦稅和分發徭役也有了保障。
與此同時，北魏政府還建立了三長製，加強了對地方的控製。北魏建國初期，還沒有社會基層的鄉黨製度。隨著世族門閥地主勢力的膨脹擴張，原有的宗主督護已嚴重地阻礙著中央集權的加強，繼均田製頒布以後，公元486年，馮太後、孝文帝又采納大臣李衝的建議，在地方實行三長製，取代宗主督護製。三長製就是五家為一鄰，立一鄰長；五鄰為一裏，設一裏長；五裏又為一黨，設一黨長。三長則挑選鄉裏有辦事能力和謹守法令的人擔任，職責主要是管理鄉裏的田地戶口，征收賦稅，派發徭役，維護地方治安等。三長製的建立，完善了北魏的基層統治機構，也確立了戶籍製度，鞏固了北魏的封建秩序。
三長製實行以後，北魏政府又頒布了新的定額租稅製，即一夫一婦的家庭，每年應交納布帛一匹，粟兩石；十五歲以上未成家的男子，四人出一夫一婦之調；從事耕織半年的奴婢，八人出一夫一婦之調；有耕牛二十頭，出一夫一婦之調。新的賦稅製的推行，廢除了按戶等征收租調的“九品混通”製，調整了過去賦稅征收的混亂狀況，大地主的戶調有所增加，這在一定程度上減輕了自耕農的負擔。這些措施的實行，有力地調動了廣大農民的生產積極性，使北方社會經濟有了很大的發展，使人民生活得以一定程度的改善。北魏的國力也因此而進一步增強。
遷都洛陽
公元49O年，馮太後病逝。第二年，二十四歲的孝文帝親政。公元494年，在孝文帝的主持下，開始了第二階段的改革，其主要內容是遷都洛陽，改變鮮卑人的生活習俗，推進北方民族間的融合。
公元494年11月，孝文帝不顧群臣的反對，毅然將都城從平城遷到洛陽。這是他當政後辦的第一件震驚朝野的大事，也是孝文帝改革總體方案中的一個有機組成部分。
平城是北魏開國後不久便定下的都城，已曆時近百年。拓跋宏統一了北方，進入了黃河流域，生產方式由遊牧經濟為主逐步過渡到以農業經濟為主。而平城地處邊塞，氣候又不好，每年6月，時常雨雪交加，狂風四起，農業生產條件極差，糧食產量也極低，再加上交通運輸又極為不方便，不利於對全國的統治。平城又是鮮卑貴族集中的地方，守舊勢力十分的頑固，嚴重地束縛了鮮卑族封建化的進程。在這種情況下，孝文帝決定遷都洛陽，進一步同漢族地主階級緊密合作，擺脫保守勢力的束縛，移風易俗，實行文治。
孝文帝深知遷都不易，必然會遭到貴族和大臣的反對。他於是先下令太常卿王諶占卜，結果是個十分吉利的“革”字卦。孝文帝於是興奮地說：“此是湯武革命，順天應人的好卦。”於是他精心編導了一幕“外示南討，意在南遷”的“戲劇”。一天，孝文帝召集文武大臣，宣布出兵攻打南齊。不料，任城王拓跋澄率先起來反對，許多官吏也隨聲附和。退朝後，孝文帝單獨留下拓跋澄，坦率地對他說：“今日之行，誠知不易。國家興於北土，徙居平城，雖富有四海，但文軌未一。此間用武之地，非可文治，移風易俗，倍為甚難。崤函帝宅，河洛王裏，因茲大舉，光室中原。任城以為如何？”他意思是說，北魏自北方興起，建立了國家，但都城卻太偏遠，不適合於統治中原，因此應南遷，改變過去的習俗，以適應新的形勢。經孝文帝一點撥，拓跋澄頓時明白了孝文帝的意圖，於是積極擁護南下遷都的主張。孝文帝又問拓跋澄道：“北方的人安於現狀，不思進取，怎麼辦？”拓跋澄說：“隻有非常之人，才能做出非常之事，你就放心幹吧！他們敢怎樣？”聽了拓跋澄的話，孝文帝高興極了，於是決定馬上南征。
公元493年6月，孝文帝命令在黃河上架橋鋪路，準備大舉南征。9月，孝文帝率領二十萬大軍南下，直奔洛陽。到洛陽後，他巡視了洛陽故宮舊基，目睹殘垣斷壁，他感慨萬千，口中不禁詠起《詩經，黍離》中的：“懂得我的人，說我是心裏煩惱；不懂得我的人，說我有什麼好追求的呢？”這之後，孝文帝對挺進中原的信心更加堅定了。當時正逢秋季，淫雨霏霏，孝文帝身披鎧甲，風雨中，躍馬揚鞭，下令部隊繼續南下。大臣們紛紛跪在禦馬前，叩頭哭勸，請求停止討伐南齊。孝文帝看到時機已成熟，於是斬釘截鐵地說：“如果不繼續南征，那麼就應該遷都到這裏，在中土發揚光大，這是大好時機，不知大家如何看待？”並當眾宣布：“立即討論這事，不得有絲毫遲疑，想遷都的站到左邊；反之，則站到右邊。”隨行的貴族自安定王拓跋休以下，幾乎都站到了右邊，表示不願遷都。拓跋澄見此情景不妙，便說：“想成就大業就不必和一般人計較，隻有非常之人才能成就非常的事業！”他同意停止南征，遷都中原。上自貴族、大臣，下至鮮卑族士卒，多不願南遷，但遷都總比南征廝殺要好得多，於是也都勉強同意遷都。公元494年11月，北魏正式遷都洛陽。