“救國會”七君子之一的史良，在“婦指會”裏擔任聯絡委員會主任和宣傳組長，她同宋美齡接觸較多，兩人關係也比較好。史良認為，宋美齡接受了西方民主思想熏陶，“不像蔣介石那麼法西斯”，對抗日民族統一戰線“也較誠懇”，“胸襟也比較開闊”，對部下也很寬厚，但是多疑，經常花樣百出考察部下。張紫葛著述的《在宋美齡身邊的日子》一書中就記載了宋美齡從背景、人品、能力等多方麵對他明察暗訪的事。
1939年1月，國民黨召開五屆五中全會，雖然提出仍要“堅持抗戰到底”，卻把相當精力轉向對付共產黨。會上確定了“溶共、防共、限共、反共”的方針，設立“防共委員會”，通過了《限製異黨活動辦法》。此後，這些不和諧的聲音也在“婦指會”裏產生回響，特別是一般工作人員中，偶有大的意見分歧，便指責別人是“共黨分子”，猶如異類。宋美齡雖然也對共產黨心存戒意，卻秉承“兄弟鬩於牆外禦其侮”的古訓，以開明的態度調處內部意見分歧和矛盾，比較好地堅持了團結抗日的方針。
1939年4月，“婦指會”遷渝後辦的第一期婦女幹部訓練班畢業，宋美齡打算舉行隆重的畢業典禮，最後同中央訓練團的一期黨政訓練班畢業典禮合並舉行，蔣介石親臨現場檢閱了學員的軍訓情況並致訓詞。婦女幹訓班學員在當天的畢業典禮上表現出色，得到宋美齡熱情洋溢的表彰。
沒想到，學員中都為宋美齡引以為豪的畢業典禮的意義發生了強烈爭論，吵得一塌糊塗。幾位大膽的學員提出，隆重的畢業典禮勞民傷財，對抗戰毫無意義，而指導長竟把這誇大成“為全國婦女爭了光”，極為荒唐。她們還認為，絕不能說男女在完成任何曆史任命方麵都一模一樣，不承認性別差異這個客觀事實，將會強婦女之所難，等於坑害婦女。而且，在當代中國談“婦女平等”無異於掩耳盜鈴，“我們指導長如果不是第一夫人，能夠當得上指導長嗎？”這些尖銳的批評自然遭到反對者強烈的駁斥，針鋒相對誰也不甘勢弱時，反對者便拿出了當時政治環境中的“殺手鐧”，指責持批評意見的人是“赤色分子”是“共產黨”。
宋美齡並沒有因為那些尖銳的批評而生氣，她讚揚了雙方為了探討事理坦率自言，提議各人保留自己的意見，在以後的生活、工作中繼續研究。宋美齡強調隻有漢奸言行是必須立即鏟除的，雙方爭論的幾個問題都同漢奸言行風馬牛不相及，應該講民主自由。
學員中的爭論平息之後，做助手的留美同學陳紀彝提醒宋美齡，恐怕那幾個批評者有政治背景，並問她是否放棄反共了。宋美齡輕鬆地表示，隻要不是漢奸就不用多生枝節。她告訴陳自己絕不放棄反共，但現在是中華民族生死攸關的時刻，抗日戰爭壓倒一切，信仰之爭必須暫時不管。“日本侵略者在南京的令人發指的暴行，問過誰是共產黨誰是國民黨，誰信仰什麼主義嗎？什麼也不問，隻要是中國人，他們就肆意奸淫擄掠，殘暴屠殺。事情不是清清楚楚的嗎？”
據張紫葛《在宋美齡身邊的日子》一書記載，關於信仰和黨派之爭，宋美齡和陳紀彝還有一段討論。當時鄧穎超也在“婦指會”工作，同史良關係很好。陳紀彝同她倆都有工作往來，雖然因信仰分歧都沒什麼好感，但相較而言，寧可同鄧穎超打交道，也不願同史良周旋。陳紀彝認為史良麻煩，感歎“閻王好見，小鬼難纏”。
宋美齡立刻糾正道：“史良並不是小鬼，鄧穎超更非閻王。我一向認為，政治、宗教，都該信仰自由，不能把信仰和人性混淆。我們反對異黨異教分子，隻是信仰上的冰炭不容。但不能因為信仰相反，就輕視人家的人格，抹煞人家人性上的真善美之點。”她認為史良是個老好人，並不壞。
陳紀彝若有所思，又問黨派之爭該如何解決。“像美國那樣，全民投票選舉，誰當選了誰任總統，誰執政。”宋美齡不加思索地回答。
宋美齡從小在美國接受教育，對美國的民主政治是十分推崇的。1942年5月，宋美齡曾發表了一篇文章題為《新中國的出現》，明確提出了實行民主政治的主張：
我以為民主政治的意義就是代議政治。而“代議”這個字眼，我以為是代表人民堅定不移的意義，而與一般政客的那種毫不負責、煽惑人心的口號迥然不同。此外在一個真正的民主國家中，少數黨是不能不顧到的。我反對任何一種僅讓一個政黨永久享有絕對權力的製度。這種製度可說是對真正民主政治的否定；民主政治是必須有自由思想和進步的，可是一黨製度就沒有這兩個要件。隻要是少數黨的行動無悖於國家的利益及安全，那麼它是應該得到思想與行動的自由的。